В начале 1659 г. Выговский пытался с помощью польских войск подчинить себе Левобережье, сильно тяготевшее к Московской Руси, но, наткнувшись на ожесточенное сопротивление верных Переяславскому акту казаков и русских отрядов, вернулся на правый берег Днепра. Во второй половине года Выговский снова двинулся на Левобережье, на этот раз с сильной татарской армией. Под Конотопом татары во главе с Выговским внезапно напали на русское войско кн. Трубецкого, которое совместно с верными казаками осаждало засевшего в Конотопе сторонника Выговского, Нежинского полковника Гуляницкого.
В битве под Конотопом (с. Сосновка) Трубецкой был разбит наголову, два воеводы попали в плен к татарам, а остатки войск кн. Трубецкого ушли в пределы Русского государства.
Конотопская победа отдала всю Украину в руки Выговского. Но использовать победу и осуществить статьи Гадячского договора ему не удалось. Население почувствовало, к чему клонится дело, и стихийно поднялось против Выговского и его союзников — татар и поляков. Запорожцы, во главе с новым кошевым Иваном Сирко, сподвижником Богдана Хмельницкого, полковник Иван Богун, уманский полковник Михаил Ханенко, возглавили всенародное выступление против Выговского. Оставленный всеми, Выговский в сентябре 1659 года бежал с кучкой единомышленников в Польшу, а на его место, на старшинской раде, был выбран гетманом Юрий Хмельницкий. Так бесславно кончилась попытка польского агента Выговского возвратить Украину под власть Польши.
Сепаратисты и вся «школа» Грушевского, замалчивая неопровержимые факты предательства Выговского и искажая действительность, пытаются его представить как украинского патриота, стремившегося к автономии, а потом и к полной независимости Украины. Немногочисленных приверженцев Выговского сепаратисты называют «украинскими автономистами». В действительности же это была группа шкурников, преследовавших только свои классовые интересы, ради которых она пошла на сговор с Польшей. Статьи «Гадячского договора» красноречиво подтверждают это.
Но Трубецкой, стоявший с русскими войсками в Переяславе, не согласился с этим избранием гетмана только группой старшины и пригласил Ю. Хмельницкого прибыть в Переяслав, где, при участии старшины, представителей казаков и населения, и состоялись формальные выборы гетмана Ю. Хмельницкого. Тут же были подтверждены статьи Переяславского акта 1654 года.
По настоянию Трубецкого к тем статьям было добавлено несколько пунктов: казакам ни с кем не воевать без согласия царя; посылать войско по требованию царя туда, куда он сочтет нужным; не смещать гетмана; очистить казачьи войска и администрацию от сторонников Выговского; установить постоянные гарнизоны русского войска кроме Киева также в Чернигове, Нежине, Переяславе, Умани и Брацлаве.
Учитывая недавнюю измену Выговского, его сотрудничество с татарами и поляками, вызванные этим кровопролития и разорения, добавления этих пунктов были весьма разумны. Они диктовались потребностями успешного продолжения дальнейшей борьбы за освобождение и необходимостью установления единства управления войском и краем.
Сепаратисты при изложении событий изображают эти добавления как «нарушение» «Переяславского договора» (как они называют Переяславский акт), совершенно замалчивая, что эти добавления соответствовали желаниям широких масс населения, не доверявшего казацкой старшинской верхушке. Добавления пунктов были внесены по просьбе самих казаков, не желавших повторения кровавой антинародной авантюры Выговского. В архивах сохранилось достаточно доказательств, что инициаторами добавлений были полковники левобережных полков и представители запорожцев, которые тогда были в Переяславе.
Закончив с избранием гетмана и приведя в порядок казачьи войска, расстроенные авантюрой Выговского, в начале 1660 г. объединенные русско-казачьи силы предприняли двумя отдельными армиями наступление на Польшу, в направлении Галиции. Казаками командовал Юрий Хмельницкий, а русскими полками — воевода Шереметьев. Навстречу им, также двумя отдельными армиями, двинулись поляки и союзные с ними татары.
В армии Ю. Хмельницкого не все было благополучно. Слабый, безвольный, он был игрушкой в руках старшинской верхушки. Когда обе армии встретились, полякам удалось найти общий язык с антинародной группой казацкой старшины, окружавшей Ю. Хмельницкого. Эта часть казацкой старшины думала о своих сословных интересах, и, как уже упомянуто выше, мечтала об установлении социального порядка, подобного существовавшему в Польше, при котором магнатами и шляхтой стала бы старшина, при полном бесправии остальной массы населения. Эта старшина надеялась теперь осуществить неудавшийся «Гадячский договор», а поляки не скупились на обещания.
Они обещали Ю. Хмельницкому, что он будет оставлен гетманом при условии возвращения всей Украины в состав Польши. Хмельницкий без боя капитулировал перед поляками.