Сознавая это, с самого начала агрессии против православия население тянулось к России и стремилось к воссоединению с ней. Тяготение это было тем сильнее, чем сильнее было давление этой агрессии, тяжесть которой не одинаково испытывали на себе разные слои населения. Крестьянство, казачья и городская беднота и низшее духовенство терпели от агрессии значительно больше, чем зажиточные горожане и казацкая старшина. Еще меньше — старшинская верхушка, шляхта и магнаты. Соответственно этому были и стремление к освобождению (которое мыслилось в воссоединении с Россией), и непримиримость к Польше.
Вся история освободительной войны показывает, что магнаты и высшее духовенство, несмотря на свое православие, были склонны к сосуществованию с Польшей в ее государственных границах; казачья верхушка была неустойчива и легко шла на компромиссы с поляками; и только крестьянство, казачья и городская беднота и низшее духовенство жертвенно и бескомпромиссно вели борьбу за освобождение — воссоединение. Это различие настроений и недостаточная устойчивость и целеустремленность высших слоев населения в значительной степени содействовали тому, что, так успешно начатое в 1648 году, восстание закончилось половинчатым «вечным миром» 1686 года, который разрезал Приднепровье на русское и польское.
Война со Швецией за Украину
После Бахчисарайского мира с Турцией (1681 г.) и «вечного мира» с Польшей (1686) Левобережье с Киевом осталось окончательно в составе Русского государства.
Население на нем начало жить спокойной жизнью, не опасаясь постоянных набегов поляков, татар и турок; разрушенные города и села начали отстраиваться и расти численно благодаря многотысячной волне беженцев с Правобережья, спасавшихся от ужасов польско-католической реакции.
Гетман Иван Самойлович поддерживал с Москвой хорошие отношения и пользовался ее полным доверием. Дочь свою он выдал за видного боярина Шереметьева, и на ее свадьбе, как передает семейное предание Самойловичей (до революции помещиков Черниговской губернии), он сказал: «Да будет мир и согласие в вашей, Господом Богом благословленной, жизни так же свято и нерушимо, как совместная жизнь Великой и Малой Руси под высокой рукой его царского величества, царя Московского и всея Руси». За эти слова он удостоился особой царской благодарности. (Шереметьев был воеводой в Киеве и всецело поддерживал своего тестя.)
У себя, на Украине, Самойлович показал себя неплохим администратором и быстро налаживал расстроенную военными событиями эпохи Руины жизнь.
Но при этом он проявлял излишний непотизм (покровительство родственникам). Все высшие должности были заняты его близкими и дальними родственниками, начиная с генерального судьи Черныша и кончая полковниками (три сына и зять).
Кроме того, «Летописец» обвиняет Самойловича в том, что он «сначала был очень склонен и ласков к людям; когда же разбогател, чрезмерно возгордился не только против казаков, но и против духовного чина. Старшины казацкие и знатнейшее духовенство принуждены были стоять в его присутствии. Когда выезжал гетман из дому, вменял себе в несчастье, если сам встречался с духовною особою, несмотря на то, что сам был попович. Не только за город, но даже перед войском выезжал в карете, что делали и сыновья его. Ни один сенатор не имел столько гордости. Для собственного обогащения вымышлял он налоги, разоряя народ…».
Если не все, о чем пишет «Летописец», было правдой, то все-таки многое соответствовало действительности и вызывало недовольство обиженной или обойденной в чем-нибудь старшины, которая его единогласно выбрала гетманом после устранения, по проискам той же старшины, неполадившего с ней гетмана Демьяна Многогрешного (17 июля 1672 г., в Казацкой Дуброве под Конотопом).
Интересно отметить то, что одним из первых подписавшихся на доносе на него царю был Иван Самойлович. В этом доносе, сохранившемся в архиве, Многогрешный обвиняется во всем том, в чем впоследствии обвинялся гетман Самойлович, с добавлением только, что Многогрешный намеревается «податься Турецкому Султану». Уместно будет здесь отметить и то, что Многогрешного арестовали и препроводили в Москву вовсе не «москали», как, извращая факты, утверждают сепаратисты, а сами украинцы: недовольная им старшинская верхушка совершила переворот, арестовала гетмана и, с доносом на него, препроводила его в Москву с просьбой «карать Многогрешного смертною казнью как изменника и клятвопреступника».
Москва оказалась гуманнее казацкой старшины и не казнила Многогрешного, а сослала с семьей в Селенчинск (Сибирь), где он с сыном своим Петром «исправлял всякую городовую и уездную службу наряду с детьми боярскими и принимал участие в усмирении табунтутов и мунгалов, a дочь его вышла замуж за сибирского дворянина Ивана Бейтина» (Бантыш-Каменский, История Малой России, ч. II).