Точной биографии Мазепы и данных о его происхождении не имеется. Одни историки считают его природным поляком (Вольтер, Леклерк, Голиков, Симоновский, Лэсюр) и называют «польским шляхтичем»; другие (Город, Шафронский), а также его современник, знаменитый церковный деятель Феофан Прокопович, утверждают, что он происходит из шляхты Правобережья и родился около 1640 года в селе Мазепицах, около Белой Церкви. Вопрос о том, была ли вся его семья православной, униатской или католической, не выяснен, хотя мать его была православной. Образование он по тому времени получил очень хорошее: в совершенстве владел не только польским, но и латинским, и немецким языками. С юности находился при дворе польского короля, где воспринял манеры, обычаи и взгляды польских придворных кругов и делал карьеру в польском высшем свете. Неожиданно карьера эта была прервана. В результате неосторожного романа с одной замужней женщиной Мазепа очутился далеко от Варшавы, в той части Приднепровья, которая тогда находилась под властью Дорошенка. Предание говорит, что обманутый Мазепой муж наказал его плетьми и приказал привязать его к лошади, которая и принесла его на Украину.
В начале 1674 года мы встречаем Мазепу уже в роли казацкого старшины и в окружении гетмана Дорошенко. Последним он был послан в Крым просить у татар помощи, но по дороге его поймали запорожцы и, по приказанию кошевого Серка он, как агент враждебного к Москве и запорожцам Дорошенка, был доставлен к Самойловичу, а потом в Москву. По ходатайству гетмана Самойловича Мазепа не был сослан или наказан и ему было разрешено вернуться и поселиться на Левобережьи.
Мазепе быстро удалось завоевать доверие Самойловича, у которого он был учителем и воспитателем его сыновей.
Через несколько лет Мазепа уже Генеральный есаул, то есть один из высших сановников и ближайших сотрудников гетмана. Своим быстрым выдвижением Мазепа был обязан своему хорошему образованию, незаурядным способностям и большому дипломатическому опыту, приобретенному при дворе польского короля. О его же моральных качествах, отношении к религии, любви к Руси-Украине, бескорыстию — мнения историков расходятся.
Грушевский и все сепаратистические историки воздвигают Мазепу на пьедестал и приписывают ему все возможные гражданские и человеческие добродетели. В их изложении он не только высокообразованный и очень умный человек (чего никто не оспаривает), но и идеалист, отдавший все свои силы и способности делу свободы, блага и процветания Руси-Украины и прадедовской православной веры. Строитель и покровитель православных церквей и монастырей, попечитель наук и искусств, борец за свободу и благоденствие своего народа.
Совсем другой портрет Мазепы дают его противники. Известный историк Бантыш-Каменский в своей «Истории Малой России» (часть III, 1830 год) приводит такую характеристику Мазепы, данную одним украинским летописцем, современником Мазепы: «Одаренный от природы умом необыкновенным, получив у иезуитов отличное образование, Мазепа кроме малороссийского языка знал латинский, польский и немецкий; имел дар слова и искусство убеждать. Но с хитростью и осторожностью Выговского он соединял в себе злобу, мстительность и любостяжение Брюховецкого, превосходил Дорошенка в славолюбии; всех же их — в неблагодарности».
Характеристика, диаметрально противоположная утверждениям сепаратистов.
Истина же лежит где-то посередине, скорее даже ближе к последней характеристике, чем к тому идеальному портрету Мазепы, который дают сепаратисты.
Несомненно, Мазепа был образованнее и умнее большинства своих современников. Но ум его с юных лет был отравлен понятиями той шляхетской среды, откуда он вышел, и извращен в придворной атмосфере польского королевского двора, полной лести, притворства и искательства. Для народа он был чужой и благо народа для него вовсе не было целью жизни. О Мазепе можно с полным основанием сказать то, что без всякого основания сказал Грушевский о Богдане Хмельницком: «народ для него был средством для достижения своих целей». Цели же эти были — власть и богатство.