Находясь в Москве в момент свержения царевны Софии (в 1689 году), Мазепа сумел войти в доверие к Петру, представив ему донос на Голицына с подробным перечислением всего, что, по словам Мазепы, Голицын от него получил в виде взяток, вымогая последние. С тех пор, почти 20 лет, Мазепа пользовался исключительным доверием и расположением Петра.
Во внутреннем управлении Мазепа продолжал политику своего предшественника Самойловича, щедро раздавал универсалы на потомственное владение землями, селами и деревнями, а крестьян обременял все новыми и новыми повинностями, до барщины включительно. Универсалом 1701 года он обязал всех крестьян, даже живущих на собственных землях, еженедельной двухдневной барщиной (панщиной) в пользу старшин-помещиков. Казачьи же полки старался держать подальше и охотно посылал их в разные походы, которые предпринимало русское правительство. Взамен их заботливо формировал наемные полки «сердюков» и «компаненцев» и постоянно настаивал на присутствии на Украине российского войска.
О том, как к этому относился народ, скажем словами Грушевского, которого нельзя заподозрить в пристрастно-отрицательном отношении к Мазепе. В своей «Истории Украины» (стр. 366) Грушевский пишет: «Разумеется, эта новая барщина страшно возбуждала крестьянство, у которого еще были свежи в памяти времена беспомещичьи, когда оно хозяйничало на вольной земле. Горькая злоба поднималась в нем на старшину, которая так ловко и быстро сумела взять его в свое подчинение. Особенным гневом дышали люди на гетмана Мазепу, подозреваючи, что это он, как шляхтич и «поляк», как его называли, старался завести на Украине польские панские порядки. С большим подозрением относился народ ко всем начинаниям его и старшины».
Далее Грушевский, тенденциозно желая свалить всю вину на Москву, пишет, что крестьяне «не подозревали в этом руки московского правительства и даже готовы были верить, что все это делается против его воли». Но никаких доказательств, что это была «рука Московского правительства», конечно, не приводит, ибо их не существует и во все действия Мазепы в деле раздачи своим сторонникам имений Москва не вмешивалась. Ни в одном историческом документе об этом не сохранилось никаких, даже косвенных, упоминаний. Но зато сохранился другой документ, из которого, видно, кто притеснял, а кто защищал крестьян Украины. Это приказ царя Петра Мазепе — «надзирать за малороссийскими помещиками, удерживать их от жестокости, поборов, работ излишних». (Архив Кол. Малоросс, дела, 1693 года, № 39).
Приведенные выше слова Грушевского заслуживают особенного внимания, ибо они характерны и для него, и для всей его «исторической школы». Поставивши историческую правду в подчиненное положение сепаратистической пропаганде и внедрению вражды к России, он старается все отрицательное, что было в жизни Руси-Украины, приписать Москве.
Так и в приведенном случае: не имея возможности опровергнуть нелюбовь населения к Мазепе, Грушевский довольно сомнительным приемом, совершенно бездоказательно, утверждает, что причина этой нелюбви лежит в том, что Мазепа проводил непопулярные мероприятия под давлением Москвы. А нежелательные для себя факты замалчивает.
О настроениях народа Мазепа, конечно, знал, и особенно его беспокоило обвинение, что он «поляк», то есть униат или католик. Ненависть же против униатов и католиков была всеобщей. В этом вопросе весь народ был единодушен. Если в вопросах социальных Мазепа мог рассчитывать на поддержку некоторых высших классов и наемного войска, то в вопросе религиозном господствовало редкое единодушие. Одного подозрения в униатстве было достаточно для самого жестокого самосуда. В церковных книгах бывшего сотенного местечка Карабугова сохранилось описание расправы с одним родственником сотника, свояком, заподозренным в униатстве. Его били «киями» (палками), а потом повесили перед церковью. Интересно отметить и то, что это осталось безнаказанным. На следствии, которое производил судья Нежинского полка, выяснилось, что повешенный «намовляв (подговаривал) пидкоритись папи Римському». Этого было достаточно для прекращения дела.
Учитывая такие настроения, Мазепа строил церкви и богато одарял монастыри, чтобы доказать свое православие. Свято-Николаевская церковь в Киеве, Вознесенская церковь в Переяславе, «Святые Ворота» в Киевской Лавре и много других церквей построено, обновлено или украшено Мазепой. К этому надо еще добавить богатые дары деньгами и имениями монастырям, в том числе и Киевскому женскому, где игуменьей была мать Мазепы, Мария-Магдалина.