Так больше года длилась эта «болезнь» Мазепы, которая дала ему возможность откладывать открытый разрыв с Петром. Но в то же время «болезнь» эта помешала Мазепе сосредоточить войска, ибо Петр, не ожидая выздоровления Мазепы, требовал немедленную присылку отдельных отрядов в 2–3 тысячи казаков для совместных действий с отрядами русских войск, а Мазепа, понятно, не мог не исполнить приказаний Петра, чтобы не вызвать у него подозрений.
В результате осенью 1708 года, когда Карл занял Могилев и переправился через Днепр, у Мазепы в Батурине было всего около 5 тысяч войска, преимущественно не реестровых казаков, а наемных «компанейцев» и «сердюков».
Оставивши сильный гарнизон в Батурине, Мазепа с группой старшины и отрядом около 3–4 тысяч войска (точных данных нет) отправился через г. Короп навстречу Карлу, который уже вошел в пределы Стародубского полка и имел квартиру в селе Горки, южнее Новгорода-Северского. Откладывать и медлить было нельзя, ибо с севера приближался с большим отрядом Меншиков и, если бы он успел застать Мазепу еще в Батурине, весь план Мазепы пропал бы. «Даже в походе из Батурина в Горки, к Карлу, войско Мазепы не знало, куда и зачем его ведет Мазепа, предполагая, что их ведут против шведов», — так рассказывал Петру перебежавший от шведов компанейский полковник Игнатий Галаган.
Узнавши об измене Мазепы, Петр немедленно принял решительные меры: приказал Меншикову взять Батурин, обратился к старшине и всему населению с манифестом, призывающим не идти за Мазепой, а тех, кто пошел — вернуться; созвал старшину в Глухов для выбора нового гетмана.
Меншиков 3 ноября взял Батурин приступом, жестоко расправился со всеми его жителями, а город сжег и разрушил. Бантыш-Каменский в своей «Истории Малой России» (ч. III, стр. 98) говорит, что Меншиков «предал острию меча всех тамошних жителей, не исключая младенцев».
Комендант Батурина полковник Чечель был ранен, взят в плен и впоследствии казнен, как изменник, в Глухове, а начальник артиллерии Кенигсек (пруссак) был убит. Огромные запасы продовольствия и военных припасов достались победителям. Только незначительному числу защитников Батурина удалось бежать и скрыться в лесах. По преданию, успешному штурму Батурина содействовал полковник Нос, который указал Меншикову тайные ходы в Батурин.
Население Мазепу не поддержало и отдельные старшины начали прибывать к Петру с изъявлением верности. Одними из первых был полковник Стародубский Иван Скоропадский, Черниговский — Полуботок и много других. Некоторые полковники, например, Галаган, Апостол и другие, вначале пошедшие было за Мазепой, возвращались к Петру, который их не только не наказывал, но еще и щедро награждал.
6 ноября в Глухове был торжественно выбран гетманом Стародубский полковник Иван Скоропадский. При этом находившимся в Глухове Петром была подписана и оглашена царская грамота, подтверждающая «сохранение вольностей и преимуществ Малороссийских».
А 12 ноября, когда в Глухов прибыл Киевский митрополит Иосиф Кроковский и съехались архиепископы и епископы, в особой церемонии был предан вечному проклятию Мазепа и его помощники. Вот как описывает эту церемонию «История Русов»: «Государь со всею свитою слушал в соборной Троицкой церкви божественную литургию и молебен, по окончании которого собравшееся в Глухове первейшее малороссийское духовенство предало вечному проклятию Мазепу и его приверженцев. На площадь вынесли набитое чучело Мазепы. Был прочитан приговор о преступлении и казни его, разорваны князем Меншиковым и графом Головкиным жалованные ему грамоты на гетманский уряд, чин действительного тайного советника и орден святого апостола Андрея Первозванного и снята с чучела орденская лента. Потом бросили палачу сие изображение изменника; все попирали оное ногами, а палач тащил чучелу на веревке по улицам и площадям городским до места казни, где и повесил».
Мазепа же в это время находился в походе со шведским войском, которое двигалось к городам Ромнам и Гадячу на зимние квартиры, где для шведов Мазепой было заранее заготовлено продовольствие и возведены укрепления.
Не будучи уверенным в победе Карла и зная настроение и поведение народа, Мазепа попытался через полковника Апостола вступить в сношения с Петром, обещая ему содействовать поражению и даже пленению Карла. Петр обнадежил Мазепу и обещал даже возвращение прежнего положения, но предложению Мазепы не поверил и продолжал усиленно готовиться к решительному столкновению с Карлом. Кроме того, он назначил особые денежные награды за взятие в плен шведов: две тысячи рублей за генерала, тысячу за полковника, пять рублей за солдата и три рубля за мертвого шведа. Многие казаки и крестьяне ловили шведов, особенно когда они небольшими отрядами отдалялись для поисков фуража. Сохранилось немало расписок о выплате за это наград, но все мелких. По-видимому, ни один генерал или полковник изловлен не был.