Даже в Палестину послал Мазепа свой дар: художественной работы серебряную доску-антиминс. И сейчас она употребляется вместо антиминса при богослужении в Храме Гроба Господня в Иерусалиме. На доске этой выгравировано следующее: «подаянием ясновельможного его милости пана Иоанна Мазепы, российского гетмана». Как видно, сам Мазепа называл себя «гетманом российским». Надо полагать, он лучше знал, как себя назвать, чем его почитатели — сепаратисты, посмертно переименовавшие его в «Гетмана Украинского».
Но даже все это не вызвало у народа симпатий и доверия к Мазепе. Для народа он всегда оставался чужим, «паном» и «поляком», и когда он попытался опереться на народ при переходе к шведам — народ за ним не пошел.
Народное недовольство не раз открыто проявлялось во время правления Мазепы, но ему всегда удавалось выходить победителем, нередко прибегая к помощи российских войск.
В самом начале правления Мазепы появилась для него опасность с отошедшего к Польше Правобережья. Новый польский король, Ян Собесский, желая использовать казаков в своих войнах, разрешил формирование нескольких казачьих полков и утвердил в звании гетмана над правобережными казаками выбранного в г. Немирове Мигулу. Мигула не удовольствовался защитой польских рубежей от турок и татар, а вступил в сношения с запорожцами, намереваясь с их помощью распространить свою власть и на Левобережье. Мазепа перехватил гонца Мигулы с письмом к кошевому Григорию Сагайдачному, донес обо всем в Москву, которая немедленно послала к границам Сечи войско и предупредила таким образом возможность совместного выступления запорожцев с Мигулой, который вскоре был убит в одном сражении с татарами.
В 1692 г. от Мазепы бежал его канцелярист Петрик, сначала на Запорожье, а потом к татарам, и начал выпускать и распространять универсалы с призывом к свержению власти гетмана и старшины, «превратившихся в панов и вводящих польские порядки». Универсалы эти имели немалый успех среди крестьян и низшего казачества и вызвали глухое брожение, с которым Мазепа боролся путем строгих репрессий. С помощью части запорожцев и отряда татар Петрик вторгся в пределы южных полков (Полтавского и Миргородского), но был кроваво отбит верными Мазепе войсками. Четыре года беспокоил Петрик Мазепу, интригуя против него в Сечи и среди татар и подвергая нападениям подвластную Мазепе территорию. Только в феврале 1696 г. эта опасность для Мазепы была окончательно ликвидирована. Крымский хан с белгородскими татарами и Петриком неожиданно ворвались в Полтавский и Миргородский полки, и только совместными усилиями полковников этих полков — Апостола и Боруховича, казаков Мазепы и русских войск Шереметьева, они были разбиты и почти полностью изрублены или потоплены в Ворскле и в Днепре. Погиб при этом и Петрик, зарубленный казаком Вечоркою.
Не успел Мазепа справиться с Петриком, как с Правобережья появилась для него новая неприятность: заменивший убитого гетмана Мигулу гетман Самусь и его сподвижник полковник Фастовский Палий своими успешными действиями против татар и защитой населения от польско-католических притеснений снискали необыкновенную популярность не только на Правобережьи, но и на подвластном Мазепе Левобережьи. Особенно Палий, которого народная молва делала легендарным героем.
Ликвидировать Палия вооруженной силой было не так просто. Мазепа использовал для этого донос и, в результате длительной и тонкой интриги, ему удалось добиться того, что Палий (как уроженец г. Борзны на Левобережьи) очутился в 1705 году в ссылке в Сибири.
Так, удачно и ловко выходя из всех затруднений, неизменно подчеркивая свою преданность России, Мазепа правил Левобережьем, принимая участие в походах, предпринимаемых Петром, как на юге, так и на западе и в Прибалтике. Петр осыпал Мазепу подарками и наградами, дал ему в потомственное владение целую волость в Великороссии, а когда учредил орден Андрея Первозванного, то Мазепа получил этот орден раньше самого Петра.
Кроме того, Петр неоднократно награждал Мазепу деньгами, соболями, атласами, бархатом, парчой, драгоценностями (о чем сохранились подробные списки в Московском архиве Малороссийской Коллегии). А кроме того, посылал ему из дворцовых запасов вино и другие продукты. В деле № 36 за 1699 год перечислены посылаемые Мазепе продукты: две бочки рейнского вина, 10 ведер орехового масла, 500 лимонов, бочка новгородского уксуса, белуга большая и двадцать малых, десять семг, сто стерлядей. Все это посылалось регулярно ежегодно до самой измены Мазепы.
Так продолжалась ничем не омрачаемая дружба и доверие Петра к Мазепе и верная служба Мазепы Петру до появления в северо-восточной Европе Карла XII и его блистательных побед над всеми противниками.