Морское министерство, неправильно оценивавшее обстановку на Дальнем Востоке, не пожелало прислушаться к разумному совету С.О. Макарова. Положив на его письмо резолюцию: «Хранить весьма секретно, копий не снимать»3, руководители Морского министерства во главе с генерал-адмиралом великим князем Алексеем Александровичем оставили его без всякого внимания и положили под сукно.
Несмотря на опасность стоянки кораблей на внешнем рейде, адмиралы Алексеев и Старк, непосредственно отвечавшие за безопасность Тихоокеанской эскадры, не только не перевели ее на внутренний рейд Порт-Артура, но, оставив эскадру на внешнем рейде, установили для нее совершенно неудовлетворительную диспозицию, по которой наиболее ценные броненосцы были поставлены мористее всех кораблей. В случае внезапной атаки противника они подвергались наибольшей опасности.
Оставив эскадру на внешнем рейде, русское командование приняло некоторые меры предосторожности на случай нападения противника. На всех кораблях вводилось затемнение и ряд других мер. Однако все это не всегда выполнялось. Так, корабли, производившие погрузку угля в ночное время, ярко освещались, чем нарушалась светомаскировка, выставленный на подходах к Порт-Артуру корабельный дозор не обеспечивал обнаружения подхода противника с моря. Разведка на театре не велась. Использование береговых батарей для отражения внезапной атаки противника не предусматривалось. Между эскадрой и береговой артиллерией даже не было установлено связи, равно как и общего сигнала тревоги. Поэтому принятые меры по охране якорной стоянки больше создавали атмосферу самоуспокоенности и понижали бдительность личного состава эскадры, чем обеспечивали безопасность ее стоянки на внешнем рейде.
В военно-морской исторической литературе по Русско-японской войне, и в частности в труде военно-исторической комиссии при Морском генеральном штабе, пишется о том, что русское правительство запретило принимать какие-либо меры, которые могли быть расценены японцами как подготовка к войне и послужить поводом для ее начала. Однако указания правительства, носившие общий характер, не снимали ответственности с командования эскадрой за обеспечение надежной обороны кораблей на внешнем рейде Порт-Артура и состояние боевой готовности эскадры. Бытовала и другая версия: при нападении на порт-артурскую эскадру в ночь на 27 января японцы якобы застали ее врасплох, и весь офицерский состав эскадры в это время находился на берегу, на балу у жены начальника эскадры адмирала Старка. Это утверждение опровергается как общим ходом событий по отражению атаки японских миноносцев, так и заявлениями многих участников этих событий. М.И. Костенко в своих воспоминаниях, посвященных Русско-японской войне, пишет: «По примеру прежних лет, 26 января у начальника эскадры Старка был раут по случаю именин его жены. Одни говорят, что раут был днем, а вечером все были на своих местах; другие же утверждают, что ночью, в момент нападения, некоторые из офицеров задержались на рауте и не могли попасть на свои суда. Многие высказывали и такое мнение, что японцы, зная по примеру прежних лет, как весело праздновался моряками этот день у Старка, именно и выбрали его днем нападения. Тем не менее, мною положительно было установлено, что раут окончился около 4-х часов дня (16), а в 6 часов вечера (18) состоялся совет на „Петропавловске“ из старших морских начальников, для обсуждения мер к охране флота и его действия на случай войны»4.
Другой участник этих событий, начальник дипломатической канцелярии наместника на Дальнем Востоке Е.А. Плансон, в своем дневнике пишет: «У нас вся эскадра вышла на рейд — более двадцати вымпелов, не считая миноносцев. После спуска флага никого не отпускают на берег. Адмирал Старк встретился в сумерки. Идет домой обедать (жена именинница), говорит мне, что „контрабандой“, т. е. особо доверительно, спрашивает: „Ну, что, господа дипломаты, как дела?“ Я отвечаю: „Наше дело кончено, теперь начинается Ваша роль“»5. Заявление М.И. Костенко и Е.А. Плансона о том, что в ночь с 26 на 27 января офицеры эскадры были на своих кораблях, а не на балу у жены адмирала Старка, а последний вечером 26 января проводил совещание на броненосце «Петропавловск» с начальником штаба временного морского штаба наместника и командиром Порт-Артура, которое закончилось за полчаса до начала атаки японских миноносцев, подтверждается и официальными материалами по Русско-японской войне6.
Утром 25 января (7 февраля) Алексеев получил телеграмму о разрыве дипломатических отношений с Японией. Редактор газеты «Новый край» просил разрешения опубликовать эту телеграмму, но получил отказ, «чтобы не волновать общество».
26 января (8 февраля) 1904 г., за несколько часов до нападения японских миноносцев на русскую эскадру, начальник штаба Тихоокеанской эскадры контр-адмирал В.К. Витгефт подписал и разослал циркуляр «Об изготовлении минных аппаратов и мин к действию».