С 1977 г. служил в управлении Комитета государственной безопасности (КГБ) СССР по Ленинграду и Ленинградской области. Начинал на посту оперуполномоченного в одном из райотделов КГБ в Ленинградской области.
В 1987–1988 гг. находился в командировке от КГБ в Афганистане в составе группы сотрудников советских спецслужб, действовавших под наименованием «Каскад». В Афганистане получил медаль «За боевые заслуги».
Последняя должность в управлении КГБ по Ленинграду и Ленинградской области — начальник отдела по борьбе с контрабандой.
С октября 1990 г. — директор Фонда делового сотрудничества «Базис» (соучредители — Юрий Новолодский, Сергей Першин, Максим Кренин).
В декабре 1990 г. стал директором малого предприятия «Блок», учрежденного им совместно с Борисом Грызловым и Валентином Чуйки-ным (МП «БЛОК»; учредители: Фонд «Базис», Грызлов, Иванов, Чуй-кин). Чуйкин — офицер КГБ, близкий друг и личный пилот Николая Патрушева, впоследствии управделами ФСБ, погиб в 2004 г.
В октябре 1994 г. уволился в запас в звании полковника.
По рекомендации вице-мэра Санкт-Петербурга Владимира Путина в октябре 1994 г. мэр Санкт-Петербурга Анатолий Собчак назначил. Иванова начальником управления административных органов мэрии.
В апреле-мае 1995 г. участвовал (вместе с В.Путиным) в создании Санкт-Петербургского отделения Движения «Наш дом — Россия» (НДР), но в состав совета петербургского отделения НДР (председатель совета — В.Путин) не вошел.
После избрания Владимира Яковлева губернатором города был в июле 1996 г. освобожден от должности начальника управления административных органов мэрии.
В 1996–1998 г. — генеральный директор ЗАО «Телеплюс». Официальными соучредителями ЗАО «Телеплюс». «Телеплюс» занимался организацией трансляции 30 спутниковых телеканалов, в том числе CNN и Euronews.
После назначения в июле 1998 г. Владимира Путина директором Федеральной службы безопасности (ФСБ) был назначен начальником управления собственной безопасности ФСБ (сменив на этой должности Николая Патрушева, назначенного начальником Главного контрольного управления администрации президента).
С апреля 1999 по январь 2000 г. — заместитель директора ФСБ — начальник департамента экономической безопасности (директор ФСБ — Путин, затем Патрушев).
5 января 2000 г. и.о. президента Владимир Путин назначил Иванова заместителем руководителя администрации президента РФ (руководитель АП — Александр Волошин). В этой должности курировал кадровую политику.
3 июня 2000 г. указом президента Путина был вновь назначен заместителем руководителя администрации президента РФ по кадровым вопросам. В администрации якобы получил прозвище «наш Борман»[47]
.В первые два года официального кураторства Ивановым кадровой политики администрации в нескольких регионах выставили свои кандидатуры на посты губернаторов (глав республик) и победили на выборах выходцы из КГБ: Владимир Кулаков в Воронежской области, Мурад Зязиков в Ингушетии, Виктор Маслов в Смоленской области; в Курской области предпринял попытку избраться генерал-майор ФСБ Виктор Суржиков, однако, несмотря на снятие в судебном порядке с выборов действующего губернатора Александра Руцкого, новым главой области был избран не поддерживаемый Кремлем Суржиков, а коммунист Александр Михайлов.
Виктор Иванов курировал комиссию по вопросам помилования при президенте РФ. В 2001 г. в специальном докладе президенту обвинил комиссию в «недостаточной проработке материалов по помилованию, в неоправданно широком, в большинстве случаев недостаточно обоснованном применении на практике, что искажает смысл помилования, как гуманного факта исключительного порядка». Иванов предложил изменить ситуацию, «разбавив» входящих в комиссию на добровольных началах общественных деятелей профессионалами. С начала проверки деятельность комиссии была приостановлена[48]
. Председатель комиссии писатель Анатолий Приставкин выразил сомнение, что подготовленные им проекты указов о помиловании доходят до президента через «фильтр», созданный Ивановым[49]. В декабре 2001 г. комиссия по вопросам помилования была упразднена.В сентябре 2001 г. распоряжением председателя правительства Михаила Касьянова Виктор Иванов был назначен представителем государства в советах директоров концерна «Антей» и ЦКБ «Алмаз». Компании являлись конкурентами в выпуске систем ПВО типа С-300. 22 ноября 2001 г. Иванов был избран председателем совета директоров ЦКБ «Алмаз». Был инициатором создания «Концерна ПВО «Алмаз-Антей», который был образован в результате слияния «Антея» и «Алмаза». По вопросу создания этого концерна Иванов конфликтовал с тогдашним министром промышленности и науки Ильей Клебановым. Проект Клебанова предусматривал вхождение в состав концерна также и ОАО «Оборонительные системы» (объединяло тогда несколько предприятий, разрабатывающих и производящих системы ПВО). Однако предложения Клебанова не были учтены[50]
.