Известия о переброске значительных сил на подавление Донского восстания обсуждали самые влиятельные люди империи. Один из фаворитов Екатерины II граф Петр Завадовский писал российскому послу в Англии Семену Воронцову: «…у нас надеются, что дурь на Дону скоро пресечется: средства к тому вынудил гр. Н. И. (президент Военной коллегии Николай Иванович Салтыков. —
Сосредоточив под своей командой 10 тысяч солдат и рассчитывая на резерв (Брянский пехотный полк начал спешный марш из Калуги на Дон), князь Щербатов той же зимой перешел в наступление. Пять восставших станиц могли совместно выставить не более 3 тысяч казаков. В Есауловской и других мятежных станицах не сразу узнали о кратном численном превосходстве правительственных отрядов. Рубцов планировал идти на Черкасск, а в случае, если регулярные войска пойдут на Есауловскую, встретить их на подступах к столице восстания и разбить. Но среди восставших не было главного — единства. Хотя казаки пяти станиц и выбрали общего военного вождя — есауловского атамана Загудаева, восставшие разделялись на небольшие отряды, которые действовали по своему усмотрению. Заручиться сколь-нибудь массовой поддержкой казаков из других станиц Рубцову, Загудаеву и их сторонникам не удалось.
В феврале 1794 года в восставших станицах уже знали о приближении крупной, хорошо вооруженной армии, вел которую опытный боевой генерал. Многие донцы засомневались. Зажиточные станичники покинули Рубцова и бежали в ранее замиренные станицы. Щербатов умело маневрировал, ему удалось блокировать восставших в отдельных станицах, не дать казакам объединить разрозненные силы, а затем взять мятежные селения по отдельности.
В шесть часов утра 24 февраля правительственные войска, отрезав Есауловскую со всех сторон, стремительно вступили в столицу мятежа. Рубцов понял, что оказался в безвыходном положении, и не стал сопротивляться. После падения Есауловской пятиизбянские и верхнечирские казаки, которые ранее преградили регулярным войскам путь в свои станицы, также сложили оружие.
Утром 11 августа 1794 года у пороховой казны (арсенала) Черкасска было очень людно. Столпившиеся казаки с волнением чего-то ждали. Особняком держалась группа в расшитых золотом мундирах, сопровождаемая внушительной охраной. Человек в центре принимал поздравления и выслушивал славословия в свой адрес. Было видно, что он вдоволь насытился подобными речами, а потому отвечал кратко, а чаще безмолвным кивком. Это был князь Алексей Щербатов — усмиритель казачьего бунта. Скоро на площадь вывели связанного человека. По толпе пробежало волнение: именно ради него все собрались. Это был есаул Иван Рубцов — государственный преступник и изменник, вина которого заключалась в том, что он хотел жить свободным донским казаком. В руках палача засвистел кнут. Рубцову достался 251 удар, а после казака заклеймили. Он потерял сознание и умер в тот же день около полуночи.
«Главными сообщниками» Рубцова были объявлены 146 казаков, из них пятерых (по одному из каждой станицы) били кнутом и отправили в Нерчинск, еще десятерых (по два казака из каждой станицы) обратили в крепостное рабство, каждого десятого сослали в Сибирь, а всех остальных отправили с Дона на далекую чужбину — Оренбургскую линию.
Побег с Кубани, а затем упорное неповиновение пяти станиц самими казаками не воспринимались как дезертирство или антиправительственный бунт. Восставшие донцы вовсе не отказывались от государевой службы, они противились изгнанию с родной земли. Донской казак был тесно связан со своим домом. Неспроста Григорий Мелехов так резко отвечал Аксинье, уговаривавшей его уехать: «От земли я никуда не тронусь. Тут степь, дыхнуть есть чем, а там?»