К концу XIV века Вологда становится крупным торговым и промышленным центром: через нее идут товары с Севера, здесь развиваются ремесла, сооружаются церкви и другие постройки.
Вологодские зодчие-древоделы довольно рано получили известность не только в самой Вологде, но и за ее пределами. Свидетельство тому — запись Вологодско-Пермской летописи под 1493 годом: «
С 1397 года начинается новый этап борьбы Новгорода и Москвы за обладание северным краем: московский воевода Андрей Альбердов захватывает Вологду и другие новгородские города. Вологда отныне находится в подчинении московского князя, а новгородцы нападают и разоряют свою бывшую волость.
Одна из самых печальных страниц в истории Вологды связана с двадцатилетним периодом борьбы за великокняжеский стол Василия Темного со своим дядей Юрием и его двумя сыновьями — Василием Косым и Дмитрием Шемякой.
На протяжении 1434–1435 годов Василий Косой два раза занимал Вологду. В 1446 году Дмитрий Шемяка, захватив великокняжеский стол, отдал Вологду в удел Василию Темному, но уже в следующем году Василий Темный возвратил себе свой титул, а Шемяка с остатками разбитого войска бежал в Великий Устюг.
В 1450 году князь Дмитрий Шемяка «
После смерти Василия Темного Вологда переходит к его младшему сыну Андрею, но правит он ею уже в полном согласии с волею великого князя Ивана III.
Сигизмунд Герберштейн — автор известных «Записок о Московии» — пишет о Вологде начала XVI века как о большой крепости.
Как начальный пункт большого водного пути по Сухоне и Северной Двине к Белому морю город играл значительную роль и в общерусской торговле. После установления морского пути между Англией и Россией (договор 1555 г.) Вологда превращается в крупный центр торговли с Западной Европой. Здесь начинает развиваться кораблестроение и связанные с ним ремесла. В 1580 году по указу Ивана Грозного строятся двадцать больших речных лодей, украшенных золотыми и серебряными изображениями драконов, слонов и носорогов. Большой размах получают железоделательные производства и кузнечное дело, выработка металлических изделий для судов, гвоздей, скоб, топоров, а также кос-горбуш, которые даже получили название «вологоцких».
Английский торговый агент и дипломат А. Дженкинсон, посетивший Вологду в 1566 году, характеризовал ее как большой город, который раскинулся уже по обоим берегам реки: «Дома построены из еловых бревен, они квадратной формы, без каких-либо железных или каменных частей, крыты берестой или тесом поверх ее. Все церкви деревянные, по две на каждый приход, одна, которую можно топить зимою, другая летняя».