Имевшиеся к концу войны 4 фронта, а также 3 отдельные армии ПВО (все на Дальнем Востоке) к маю 1946 г. были реорганизованы в три округа противовоздушной обороны страны: Центральный (с 01.11.1946 г. Северо-Западный), Юго-Западный, Дальневосточный. На базе двух армий ПВО – Ленинградской и Бакинской — были созданы соответственно 16-й и 17-й корпуса ПВО. Оставшиеся с войны 15 корпусов и 18 дивизий ПВО в большинстве своем были или переформированы в дивизии и бригады ПВО, или расформированы. В итоге к концу 1946 г. в составе 3 округов ПВО осталось 4 корпуса, 6 дивизий и 4 бригады ПВО [396, с. 12-13].
В это же время резко сократилось количество зенитно-артиллерийских и зенитно-пулеметных соединений и частей, формирований ВНОС и аэростатов заграждения. При этом за счет изменения организационно-штатной структуры количество зенитных средств в оставшихся частях увеличилась. Так, в Войсках ПВО к концу 1946 г. имелось 1415 зенитных орудий среднего калибра (76 мм, 85 мм, 90 мм), 468 зенитных орудий среднего калибра (25 мм, 37 мм, 40 мм), 100 радиолокационных станций системы BHOC [396, с. 14-15]. При этом ещё следует отметить наличие в составе 4 флотов ВМФ четырех дивизий ПВО (не считая морских истребительных авиационных частей), на которые были возложены задачи по прикрытию военно-морских баз.
Что же касается частей и соединений истребительной авиации ПВО, то они, практически полностью сохраненные, были подчинены Войскам ПВО. К концу 1946 г. в истребительной авиации ПВО имелись 2 воздушные истребительные армии (19-я в Горьком, затем переведена в Москву, и 21-я в Харькове), 4 авиакорпуса (1-й в Приморье, 2-й гвардейский в Ленинграде, 6-й в Москве, 8-й в Баку) и 15 дивизий (2-я гвардейская, 106-я, 120-я, 121-я, 122-я, 123-я, 125-я, 126-я, 127-я, 142-я, 147-я, 148-я, 149-я, 297-я, 328-я), объединявших 59 авиаполков [396, с. 16-17]. На их вооружении состояли как истребители отечественного производства (в основном, Як-9 и Ла-7), так и поставленные в годы войны по ленд-лизу (Р-39 «Аэрокобра», Р-63 «Кингкобра», Р-40 «Томагавк» и «Киттихаук», Р-47 «Тандерболт», «Спитфайр», «Харрикейн») [396, с. 10].
В июне 1948 г. Политбюро ЦК ВКП(б) и Совет министров СССР определили новую структуру системы и Войск ПВО, которые организационно были выделены в самостоятельный вид Вооружённых Сил СССР, Согласно приказу министра Вооружённых Сил СССР № 0023 от 7 июля 1948 г., противовоздушная оборона страны была возложена на Войска противовоздушной обороны страны, включающие в себя истребительную авиацию, зенитную артиллерию, зенитные прожектора, аэростаты заграждения, службу ВНОС и другие вспомогательные службы. В соответствии с этим округа, армии ПВО подлежали расформированию, на их базе создавались районы ПВО 1-й, 2-й и 3-й категорий. Вся территория страны в отношении противовоздушной обороны разделялась на приграничную (прифронтовую) полосу и внутреннюю часть (тыловые районы страны). Ответственность за ПВО объектов, расположенных в тыловых районах, и за их подготовку в противовоздушном отношении была возложена на командующего войсками ПВО страны — заместителя министра Вооружённых Сил. Ответственность за ПВО объектов в приграничной полосе была возложена на командующих войсками военных округов, а за ПВО военно-морских объектов (базы, порты) – на командующих военно-морскими флотами [78. Д. 90. Л. 71-74]. Внутренняя территория оборонялась Войсками ПВО страны, которые стали мощным и надежным средством прикрытия важных центров страны и группировок войск.
Командующим Войсками ПВО страны 7 июля 1948 г. был назначен заместитель министра Вооружённых Сил Маршал Советского Союза Л.А. Говоров с оставлением за ним должности главного инспектора. С этой даты Войска противовоздушной оборони страны вышли из подчинения командующего артиллерией Советской Армии [357].
По мере развития средств воздушного нападения и необходимости усиления противовоздушной обороны продолжился процесс совершенствования организационной структуры Войск ПВО страны. Так, с началом 1950-х гг. в Вооружённых Силах СССР были созданы части и соединения Войск противовоздушной обороны, включающие различные рода Войск ПВО страны. Уже 9 августа 1950 г. Совмином СССР принимается Постановление № 3389-1426 сс/оп «О разработке управляемых снарядов-ракет и новейших радиолокационных средств управления ими с целью создания современной наиболее эффективной ПВО городов и стратегических объектов» (разрабатываемая система получила наименование «Беркут» или С-50). А уже с июня 1951 г. вокруг Москвы началась планирование и строительство площадок для размещения 56 ракетных баз (полков) системы С-50, которая была завершена в июле 1955 г. с включением е боевой состав Войск ПВО 1-й (Московской) армии Особого назначения ПВО, вооружённой новой зенитно-ракетной системой С-25 [396, с. 115-116, 120].