Самым сильным фактором, влиявшим на состояние работы с офицерскими кадрами, являлось снижение уровня их социальной защищенности. В этом отношении некоторые меры принимались (в частности, было повышено денежное содержание), но положение продолжало ухудшаться. Все более острыми становились проблемы жилья для офицеров, жилищного строительства. Активные попытки приостановить начавшееся массовое увольнение молодых офицеров желаемого результата не приносили.
Все эти процессы и явления не могли не отразиться на обеспечении и поддержании высокой боевой готовности войск, состоянии воинской дисциплины и порядка. Назревала потребность в осуществлении радикальной военной реформы, ход которой, как в дальнейшем показала практика, неоправданно затянулся.
После свободного несанкционированного пролета весной 1987 г. молодого западного немца Матиаса Руста на самолете «Цессна» сквозь советскую систему ПВО и посадки его на Красной площади, который повторил тем самым пролет немецкого военного самолёта «Юнкерс-52», нарушившего воздушное пространство СССР 15 мая 1941 г. по маршруту Белосток — Минск — Смоленск — Москва с благополучным приземлением на московском аэродроме [291, с. 43-46], Генеральный секретарь ЦК КПСС М.С. Горбачев получил возможность проведения «чистки» среди старшего и высшего состава Вооружённых Сил страны. С должностей были сняты не только министр обороны Маршал Советского Союза С.Л. Соколов и несколько генералов, но и достаточно большое количество офицеров более низшего уровня, проходящих службу в Войсках ПВО страны.
В течение последующих двух лет были проведены радикальные преобразования среди высшего руководящего состава Вооружённых Сил СССР, в результате которых по тем или иным причинам произошли их перемещения, увольнения и снятия с должностей. Так, с момента прихода М.С. Горбачева к власти в 1985 г. на своей должности удержался лишь заместитель министра обороны по вооружению. В числе замененных должностных лиц были министр обороны, его заместители, начальник Генерального штаба и два его первых заместителя, Главнокомандующий ОВС Варшавского договора и начальник штаба ОВС, все четверо главнокомандующих войск стратегических направлений, все командующие группами войск (в Германии, Польше, Чехословакии и Венгрии), все командующие флотами, все командующие военными округами. В некоторых случаях, особенно это касается командований военных округов, командующие заменялись по 3 раза. Вскоре после объявления М.С. Горбачевым о 500-тысячном сокращении личного состава Советских Вооружённых Сил, ушел в отставку маршал С.Ф. Ахромеев, занимавший пост начальника Генерального штаба.
Несмотря на заявление М.С. Горбачева, что в мирное время в Вооружённых Силах СССР не должно быть маршалов, новый министр обороны Д.T. Язов первые три года в должности оставался генералом армии, что было необычно (с 1935 г. все главы военного ведомства были Маршалами Советского Союза, за исключением И.В. Сталина, (который, став наркомом обороны в 1941 г., до 1943 г. не имел никакого звания). Но 28 апреля 1990 г. Президент СССР М.С. Горбачев изменил свою установку, присвоив Д.T. Язову звание Маршала Советского Союза. Такое положение среди высших военных руководителей ни в коем случае не является какой-то аномалией перестройки. Подобная и равная по размаху радикальная чистка была проведена и среди высшего партийного аппарата Советского государства.
К концу 1980-х гг. в Вооружённых Силах, с учётом внутренних и пограничных войск, проходили службу 6200 тыс. человек. На их оснащении находилось 63 900 танков, 66 880 артиллерийских орудий и миномётов, 76 520 боевых машин пехоты и бронетранспортеров, 12 200 боевых самолётов и вертолётов, 435 боевых кораблей. В то время Министерство обороны и Генеральный штаб исходили из конкретных расчетов необходимого соотношения сил по поддержанию превосходящего боевого потенциала страны в условиях, когда потери могли значительно превысить объем возможного производства оружия и военной техники.
С 1989 г. в связи с изменением военно-политической обстановки в мире и принятием новой военной доктрины Вооружённые Силы СССР вновь стали сокращаться. К 1990 г. их численность уменьшилась на 260 тыс. человек. По постановлению Верховного Совета СССР из армии и флота были уволены 173 тыс. студентов. После ликвидации ракет и пусковых установок меньшей дальности началась ликвидация ракет средней дальности. Численность центрального аппарата Министерства обороны и военных округов сократилась на 20-40 %. Были упразднены Среднеазиатский и Уральский военные округа, расформированы 3 общевойсковые армии и 6 танковых дивизий. Начался вывод советских соединений и частей с территорий Венгрии, Польши, Чехословакии и Монголии. Из всех групп войск выводились тактические ядерные боеприпасы, десантно-штурмовые и десантно-переправочные соединения и части.