В отличие от Хидэеси, Иэясу был практикующим буддистом, но, как и его предшественник, питал недоверие к политическим пристрастиям христианских миссионеров. К тому же появление с 1609 г. в японских водах голландцев стало дополнительным источником оружия и других западных товаров, и примирение с португальцами казалось уже необязательным. В результате начались спорадические преследования христианских общин. Большинство японских феодалов, принявших крещение, отреклись от христианской веры, а некоторые лишились своих владений. Однако представители отдельных низших слоев общества оставались непоколебимыми христианами даже перед лицом растущих преследований. Такое упорство вызвало сильные опасения третьего сегуна Токугава, усматривавшего в религиозном рвении японских христиан открытый вызов его власти. В 1637 г. вспыхнуло восстание на острове Кюсю, подтвердившее опасения сегуна и предопределившее полный разгром христианства в Японии. Больше года потребовалось войскам сегуна, чтобы захватить последний оплот христиан. Борьба сопровождалась массовыми убийствами и травлей христиан по всей Японии. Иностранных миссионеров пытали и казнили вместе с обращенными в их веру японцами, а отношения с португальцами были полностью разорваны. С этого времени торговля с другими странами была сведена к минимуму и находилась под жестким контролем, чтобы предотвратить повторение нарушения европейцами вообще и римскими католиками в частности политического порядка, созданного в Японии династией Токугава.
Высокоразвитая японская культура XVI-XVII вв. претерпела такие же резкие изменения, как и те, что сотрясали общественную арену. Крупные военачальники, объединившие Японию, в общественном плане были выскочками, мало ценившими тонкую и неброскую чувственность китаизированной традиции придворного искусства. Хидэеси был великим строителем, и возводившиеся по его приказу строения отличались огромными размерами и яркостью украшений. Однако при сегунах Токугава вновь утвердилась прежняя эстетическая сдержанность. Моральный кодекс воина — бусидо -получил письменное закрепление в официальном эдикте 1615 г., и постепенно этические каноны придали деяниям, приличествующим самураям, некоторую дополнительную элегантность. Ритуалы, наподобие чайной церемонии, в центре которых лежали использование и восхищение древней и прекрасной посудой для угощения чаем, или стилизованный театр «Но» задавали тон этой поновому оформившейся самурайской эстетике.
А кричащая вульгарность эпохи Хидэеси сохранилась в развивающихся городских центрах, где профессиональные артисты — гейши, кукольники, мимы театра «Кабуки», акробаты и другие угождали прихотям богатых горожан. Поэзия, проза, драматургия и живопись принимали новые формы, отражая роскошь и распущенные нравы растущих городов. Традиционные моральные нормы редко открыто отвергались, хотя искусство и литература отличались духом непочтительности, веселья, а порой явной сексуальности, плохо сочетавшихся со сдержанной благопристойностью старой аристократической Японии. Такие развлечения легко соблазняли самураев, отвлекая их от строго дисциплинированной жизни людей, чьим ремеслом было насилие.
Правительство сегуна с подозрением относилось ко всем этим новшествам и прилагало усилия к тому, чтобы с помощью соответствующих законов и цензуры ограничивать наиболее яркие проявления нового духа. Правительство поощряло неоконфуцианские взгляды, и немало известных ученых пытались — не без определенного успеха — популяризировать идеи Конфуция. Буддизм, политически выведенный из строя в войнах XVI-XVII вв., погрузился в культурную спячку, в то время как древняя религия богини солнца синто стала почвой для сплочения неортодоксальных ученых, отвергавших принятые официально неоконфуцианские доктрины. Но поскольку в синтоизме превозносилось положение императора как потомка богини солнца в ущерб власти сегуна, то такие мысли вполне могли бы вызвать официальный отпор. Они, однако, высказывались с такими учеными предосторожностями и так замысловато, что нужда в жестких преследованиях отпадала.
Таким образом, после изгнания европейцев и уничтожения христианства Япония вошла в период любопытной культурной двойственности. Официальный мир бусидо, неоконфуцианства и китаизированных стилей в искусстве столкнулся с новой, нерелигиозной, городской культурой, несдерживаемая чувственность и стихийная сила которой отчетливо противостояли официально поддерживаемой благопристойности и сдержанности. Столь явные различия не помешали хитросплетенному балансу японского общества и культуры, установившемуся при первых сегунах Токугава, сохраняться на протяжении более трех столетий.