Джерардо Беккер стал одним из организаторов роялистского заговора в Неаполе. Накануне выступления заговорщиков, в начале 1799 г., Беккер вручил Луизе специальный "билет", который должен был служить ей охранной грамотой во время контрреволюционного восстания. Тревожась за судьбу Ферри и желая спасти его, Луиза передала этот документ ему. Ферри поспешил сообщить о заговоре членам Временного правительства. Во время допроса Луиза не назвала имя Беккера, но "билет" помог открыть участников заговора. Все они были арестованы и многие из них вскоре казнены. В одной из самых влиятельных республиканских газет вскоре появилась восторженная статья о Луизе Сан Феличе, которая неожиданно для нее самой принесла ей славу пламенной революционерки. Луизу стали называть "спасительницей Республики" и "матерью Отечества".
После падения республики Луиза Сан Феличе была схвачена неаполитанскими лаццарони и заключена в тюрьму, подвергнута суду и 13 сентября приговорена к смерти. Ее просьба о помиловании была отвергнута, однако сомнения в правильности толкования королевского приказа привели к отсрочке исполнения приговора. Смысл депеши Фердинанда IV был предельно ясен, и 28 сентября Луиза снова оказалась в часовне, куда помещали приговоренных к смерти, но и на этот раз ей удалось избежать казни: ее спасло заявление о беременности, которая была подтверждена проявившими милосердие врачами. Однако обман был разоблачен, когда она по настоянию отца казненного Д.Беккера и по приказу короля была доставлена в Палермо. Попытка невестки Фердинанда IV Марии Клементины добиться прощения Луизы кончилась неудачей: ее просьба была решительно отклонена. 1 сентября 1800 г. Луиза была возвращена в Неаполь и 11 сентября казнена.