Интерес к вопросу о роли Генерального штаба обусловливался в Советском Союзе тем, что кадрово-территориальная Красная Армия небольшой численности, позволявшая на первых порах делить функции планирования и руководства между Штабом РККА и Главным управлением РККА, в конце 20-х годов вступала в новый период своего развития. По мере увеличения численности Красной Армии, усложнения ее организации, появления технических родов войск, и особенно в предвидении дальнейшего роста, маломощный Штаб РККА, лишенный функций руководства мобилизационной работой в стране и контроля за боевой подготовкой войск, не мог уже реально планировать стратегическое развертывание вооруженных сил на случай войны и их обучение. В свою очередь, Главное управление РККА, оторванное от планирующего органа, в ряде случаев оказывалось некомпетентным в руководстве боевой подготовкой войск, отставало от требований времени. Иными словами, разделение функций военного руководства между этими двумя органами уже не отвечало требованиям времени. Это было очевидным для многих советских военачальников и теоретиков.
Борис Михайлович теоретически обосновал и показал необходимость иметь в вооруженных силах единый рабочий орган военного руководства — Генеральный штаб Рабоче-крестьянской Красной Армии.
В труде Б.М. Шапошникова четко определена компетенция центрального аппарата военного командования. При решении вопроса о его организации он исходил из руководящей роли Коммунистической партии в военном строительстве. Автор широко использовал труды В. И, Ленина, а также его выступления на съездах РКП(б) и в периодической печати.
Анализируя роль военного командования, Б.М. Шапошников ясно показал, что такое лицо, как начальник Генерального штаба, должно уметь искусно составлять различные военные планы. Необходимо, чтобы его планы находились в соответствии с политикой государственной власти данной страны. Роль начальника Генерального штаба в определении правильной линии стратегического планирования исключительно велика, и поэтому подбор такого лица чрезвычайно важное дело.
Основные мысли, высказанные Б.М. Шапошниковым в труде «Мозг армии», нашли отражение в ряде его докладов командованию Красной Армии и советскому правительству о реорганизации центрального военного аппарата, в проектах переустройств Генерального штаба РККА накануне и в ходе Великой Отечественной войны, в директивах об организации полевого управления войск. Ими он руководствовался при подборе кадров для Генерального штаба и воспитании у них необходимых качеств советского штабного работника.
В течение своей службы — сначала начальником Штаба РККА, а спустя несколько лет начальником Генерального штаба РККА — Б.М. Шапошников настойчиво проводил идею о необходимости централизации в руководстве вооруженными силами и осуществления четкой регламентации штабной службы на всех уровнях. Борис Михайлович был последовательным сторонником объединения управления вооруженными силами в Генеральном штабе. В этих вопросах он выступал не только как военачальник, предлагающий реализовать какую-либо частную идею в боевой подготовке или в организационной структуре того или иного войскового организма, а как государственный деятель, пекущийся о необходимом пересмотре взглядов на структуру рабочего аппарата верховного командования и его роль в руководстве жизнью и боевой деятельностью вооруженных сил в целом.
Мы затронули лишь некоторые, на наш взгляд, основные вопросы многопланового труда Б.М. Шапошникова.
Более сорока лет прошло после выхода в свет трех книг «Мозг армии». Многое, конечно, за это время изменилось, жизнь внесла немало коррективов и в положения, изложенные в данном труде. Но главные проблемы, затронутые Б.М. Шапошниковым, в своей принципиальной постановке не устарели и в наше время.
Надо прямо сказать, что начало централизации военного руководства в Штабе РККА, постепенного превращения его в подлинно Генеральный штаб Рабоче-крестьянской Красной Армии было положено не кем-либо, а именно Борисом Михайловичем.
Касаясь вопроса о руководстве боевой подготовкой, он отмечал, что планировать и контролировать боевую подготовку войск в мирное время должен Штаб РККА, ибо именно он будет организовывать боевую деятельность войск в случае войны и поэтому сам должен их готовить в мирное время.
Ненормальность отмечалась в организации мобилизационной работы, от руководства которой штаб был фактически отстранен, тогда как только он, разрабатывая планы стратегического развертывания, мог оценить состояние мобилизационного дела в целом и руководить им. Главное управление РККА должно было считаться со штабом и при решении вопросов назначения высшего командного состава, особенно работников штабов.
Выход из создавшегося положения Б.М. Шапошников видел в передаче управления войсками из ГУРККА в штаб: мнение начальника штаба по тому или иному вопросу должно выслушиваться обязательно, а управлениями Народного комиссариата по военным и морским делам — учитываться как одно из главных.