Одновременно Борис Михайлович, как начальник Штаба РККА, много внимания уделял планированию дальнейшего развития вооруженных сил. По существу, эта работа составляла основу его деятельности. Ему пришлось включиться в руководство разработкой вопросов военного строительства, планов стратегического развертывания на случай войны и других важных проблем, связанных с укреплением обороноспособности нашей страны. Сплотив коллектив Генштаба, он энергично направлял его усилия на успешное выполнение задач Коммунистической партии и советского правительства, поставленных перед командным составом и политорганами нашей армии. Характерной чертой стиля работы Б.М. Шапошникова было то, что он не прибегал к так называемым «ударным» методам мобилизации усилий подчиненных, проявлял постоянную заботу о четкой, хорошо продуманной во всех деталях организации труда личного состава Генерального штаба, о повышении культуры его работы, о тесном взаимодействии между управлениями и отделами Генштаба. Изучая военные труды, научно-теоретическое наследие Б.М. Шапошникова, мы полнее и глубже представляем себе широкий комплекс сложных военных стратегических и оперативных проблем. Стратегические взгляды Бориса Михайловича в известной мере раскрыты в его полемике с известным военным ученым А.А. Свечиным. Эта полемика развернулась в марте 1930 года. Она охватила вопросы, связанные с определением характера будущей войны и плана действий, если война начнется. Свои предположения о характере будущей войны против СССР Свечин строил не на основе реальной политической обстановки, а на стратегической модели Крымской войны 1853–1856 годов. Обладая техническим превосходством, западная коалиция, как известно, нанесла поражение отсталой русской армии. Исходя из предпосылки, что Советское государство в ближайшие годы не сможет переоснастить Красную Армию совершенным вооружением, Свечин утверждал, что в случае нападения на СССР необходимо применить стратегию «измора», «стратегию кружных путей» к цели. Он считал, что, руководствуясь этой концепцией, Красная Армия сумеет продержаться до того момента, когда на Западе начнется революция, которая подорвет изнутри коалицию империалистических государств.
Борис Михайлович доказал, что такое предположение Свечина не имеет под собой твердого реального фундамента.
Хорошо зная военную историю, внимательно изучая военные доктрины основных армий капиталистических государств, Б.М. Шапошников тонко улавливал тенденции развития военного дела и ясно сознавал, что прогноз Свечина ошибочен и потому его надо отбросить. Если же согласиться с этим прогнозом, то можно нанести серьезный вред делу обороноспособности нашей страны.
Будучи начальником Штаба РККА, Б.М. Шапошников больше, чем кто-либо другой из военачальников, знал плюсы и минусы боевой подготовки Красной Армии, ее сильные и слабые стороны. Он считал, что нет никаких оснований приравнивать боеспособность Красной Армии — армии нового типа, армии рабочих и крестьян — к той боеспособности, которой обладала старая русская армия в период Крымской войны.
Борис Михайлович соглашался со Свечиным в той части прогноза, где он, Свечин, утверждал, что будущая война против СССР может быть войной только коалиции враждебных государств и что новые военно-промышленные комплексы целесообразно создавать не на юге страны, а за Волгой и на Урале. Вместе с тем он не считал возможным следовать тем предложениям Свечина, которые касались главной стратегической группировки наших войск для наступления. Свечин предлагал иметь эту группировку на южном направлении. Борис Михайлович, наоборот, предвидел, что главная стратегическая группировка должна создаваться на западном направлении. Если же осуществлять стратегическое развертывание войск на южном направлении, то неизбежно потребуется провести решительные операции не против главных, а против второстепенных членов империалистической коалиции. С точки зрения влияния на исход войны такие действия, по мнению Б.М. Шапошникова, были бы бесперспективными.
Не нужно забывать, писал Б.М. Шапошников, что достижение победы в войне зависит не только от военных успехов, важно получить политический успех, т. е. одержать победу над политически сильным противником и заставить его подчиниться нашим условиям. В противном случае только через длительный период, сопровождаемый даже военными успехами, мы вынуждены будем прийти к той же борьбе с главным противником, против которого сначала бы только оборонялись…
Полемизируя со Свечиным, Б.М. Шапошников подчеркивал важность следующих положений: иллюзорными успехами войны не выигрывают; войну нужно начинать разгромом наиболее сильного и опасного противника, а не увлекаться успехами над слабым, оставляя на шее у себя более сильного.