В тот же день, 21 ноября 1908 г., Лопухин написал три одинаковых по содержанию письма: одно — на имя Председателя Совета Министров гофмейстера Столыпина, другое — на имя бывшего тогда товарищем министра внутренних дел сенатора Макарова и третье — на имя директора Департамента полиции Трусевича. Назвав, прежде всего, в письмах этих Явно Азефа агентом Департамента полиции в то время, когда сам он был директором этого Департамента, Лопухин описывает затем подробно посещения его Азефом и Герасимовым, их просьбы не открывать роли Азефа судилищу революционеров, и усматривая в сопоставлении цели этих посещений с намеком генерала Герасимова об его будущей осведомленности в этом деле прямую, направленную против него, Лопухина, угрозу, просит оградить его "от назойливости и нарушающих его покой, а может быть и угрожающих его безопасности действий агентов политического розыска".
Затем в обвинительном акте приведено было письмо Азефа к Герасимову, в котором он писал, как его окончательно разоблачили на суде партии и как он тогда, пользуясь перерывом, скрылся. Далее шли показания ротмистра Андреева, которого Департамент полиции командировал в Париж со специальным поручением выяснить роль Лопухина в деле Азефа, после чего, когда уже не оставалось никакого сомнения, что Лопухин вступил в непосредственные сношения с членами социал-революционной [партии] и изобличил перед ними Азефа, против него возбуждено было уголовное преследование с привлечением его в качестве обвиняемого, в квартире же его произведен обыск, во время которого Лопухин представил одно полученное им от Бурцева письмо, в котором тот благодарил его от всего сердца и просил не сердиться за то, что случайную беседу их он, Бурцев, передал третьему лицу, чего нельзя было избегнуть в его положении.
Произведенным следствием все изложенные данные нашли себе подтверждение, но Лопухин не признал себя виновным в приписываемом ему преступлении. Об активной же роли Азефа в терроре показал следующее. В сентябре 1908 г., возвращаясь из прирейнского курорта в С.-Петербург, он, Лопухин, в поезде между Кельном и Берлином случайно встретил Бурцева, который зашел к нему в купе и стал рассказывать о тех разоблачениях в Партии социалистов-революционеров, которыми он занят в последнее время, изобличая провокаторов в различных партийных организациях, причем Бурцев сказал, что главной задачей его в данный момент является изобличение некоего Азефа, состоящего членом Центрального Комитета Партии социалистов-революционеров, для чего у него и имеется уже достаточно улик. Перечисляя эти улики, Бурцев, между прочим, рассказал, что после ареста Гершуни Азеф, по его сведениям, стал во главе Партии социалистов-революционеров и Боевой ее организации, что будто все решения, выбор жертв, выбор исполнителей и способы исполнения исходили от него, а убийства Плеве и великого князя Сергея Александровича были даже непосредственно им организованы, что тем же Азефом летом 1908 г. было организовано покушение на жизнь Государя императора, и все было уже подготовлено, но не удалось это злодеяние только вследствие обстоятельств случайных. Как ни трудно было поверить этому рассказу Бурцева, но он успел убедить его, Лопухина, тем, что никакие доказательства предательства Азефа не действовали на Центральный Комитет Партии социалистов-революционеров, у которого было одно возражение, что не может быть предателем человек, не только задумывающий убийства, но непосредственно выполняющий такие акты, как убийства великого князя и Плеве. После этого Бурцев спросил его, Лопухина, знал ли он, что Азеф состоит агентом, причем оговорился, что нужно ему это знать не для ссылок перед Центральным Комитетом Партии социалистов-революционеров, а для его, Бурцева, нравственного убеждения в своей правоте, при этом предупредил, что если ответ последует отрицательный, не соответствующий истине, то все последующие жертвы террора и казни будут на его, Лопухина, совести. Тогда он, Лопухин, дал ответ утвердительный, но потребовал от Бурцева, чтобы тот, без предупреждения, не ссылался на него перед революционным трибуналом и чтобы Азеф не был убит партией. Получив такой ответ, Бурцев заявил, что он имел в виду разыскать его, Лопухина, для того, чтобы поставить тот вопрос, который он теперь поставил. На этом и окончилось свидание его с Бурцевым, 10 ноября, будучи уже в С.-Петербурге, он, Лопухин, получил от Бурцева письмо, произведшее на него впечатление обращения человека, совершенно потерявшего голову: в письме этом не говорилось прямо, но по содержанию его не оставалось сомнений в том, что Бурцев сослался на него, Лопухина, перед Центральным Комитетом Партии социалистов-революционеров и требовал немедленного его приезда в Париж. Письмо это он, Лопухин, уничтожил и оставил без ответа.