29 апреля дело Лопухина слушалось в суде. Речь прокурора явилась повторением обвинительного акта, ничего нового он не сказал. Защита была слабая. Лопухин в последнем слове сказал, что все шаги, которые он совершил, были исключительно вызваны побуждениями человечности. На другой день, 30 апреля, вынесен был приговор — 5 лет каторжных работ с лишением всех прав состояния. Лопухин спокойно выслушал суровый приговор и обратился к суду с просьбой об освобождении его под залог на несколько дней, мотивируя необходимостью ликвидации целого ряда дел, ему доверенных. "Для меня каторга легче эмиграции, — сказал он, — я не убегу, тем более, что залог внесен не мною, а посторонним лицом, я не украду". По рассмотрении этого ходатайства в распорядительном заседании оно было отвергнуто.
Процесс не удовлетворил публику, так как два кардинальных пункта не были освещены в полной мере. Что Лопухин поступил преступно, нарушил тайну, которой он обладал по своему служебному положению, стоя во главе политической полиции — это не подлежало сомнению, но чтобы он действительно "примкнул" к социал-революционной партии, как говорил прокурор, чтоб он вступил в эту преступную партию — этого суд не установил и даже не осветил. Суд также не осветил и роли Азефа, не устранив подозрений, которые возбуждала его двойственная роль. Ибо, если допустить, а противное тому процесс не доказал, что Азеф, оказывая услуги политической полиции, в то же время сам организовывал террористические акты, то по крайней мере моральная вина Лопухина была бы другая. Но насколько на суде подчеркивалась активность Азефа, настолько слабо коснулись его революционной деятельности — суд как будто уклонялся от этого вопроса, боялся углубиться в него.
Дело Лопухина — Азефа осталось недостаточно выясненным. Одно было ясно, что Лопухин явился предателем, главным образом в моральном значении, проявив нравственную дряблость и моральную распущенность, упадок чувства долга и сознания ответственности. Только находясь в таком состоянии, Лопухин мог выдать служебную тайну при случайной встрече с Бурцевым в вагоне заграничного поезда. Он не мог не знать, кто такой Бурцев, и своею откровенностью он отдал себя в руки его партии. После этого "фатальная необходимость", как выразился сам Лопухин, превратила его в раба и сотрудника партии.
22 мая Сенат рассматривал апелляционную жалобу по делу Лопухина и вынес определение: изменить приговор в смысле лишения прав и ссылки на поселение10. Этот приговор, конечно, более соответствовал вине Лопухина, которым не руководил злой умысел.
24 февраля мне пришлось вновь обратить внимание полиции на неуместность подготовки мне встреч при моих поездках по губернии. Я издал следующий приказ:
"Приказом от 7 ноября 1907 г. за № 105 я поставил на вид бывшему дмитровскому исправнику бестактные действия пристава, старавшегося подготовить мне встречу местного населения. К сожалению, истекший год убедил меня в том, что случай этот не единичный и что некоторые чины полиции и ныне при поездках моих по губернии прилагают усилия к устройству мне торжественных встреч с приветственными кликами. Мне крайне грустно говорить даже о возможности столь недостойного угодничества и непростительной бестактности. Предупреждаю всех чинов полиции, что подобный образ действия я буду рассматривать впредь как доказательство полной непригодности виновного лица к полицейской службе. Господам уездным исправникам предлагаю принять все меры к тому, чтобы в подведомственных им чинах до низших должностей включительно, вкоренилось твердое убеждение, что случаи отмеченного мною угодничества роняют достоинство должностных лиц и колеблют авторитет высшей власти, внушая населению ложную мысль, что начальник губернии может придавать цену приветствиям, искусственно подготовленным подчиненной ему полицией".
Свирепствовавший в г. Москве и губернии сыпной тиф не миновал и Бутырскую тюрьму, среди арестантов коей заболевания увеличивались с каждым днем. Этому способствовали, главным образом, пересыльные арестанты, которые все обязательно проходили через Бутырскую тюрьму. Принимаемыми энергичными мерами удавалось несколько ослабить заболеваемость, но потом вдруг вновь эпидемия усиливалась. К началу марта тюремная больница была переполнена тифозными больными, причем сыпняк принял весьма острозаразную форму, почти весь персонал, врачи, фельдшера, сиделки, санитары — все переболели. Получая такие тревожные сведения о положении больницы, почти лишенной своего персонала, я отправился лично, чтобы обсудить создавшееся положение.