Падение Российской империи произвело на П.Я. удручающее впечатление. Особенно возмутила его знаменитая телеграмма, разосланная по железным дорогам от имени какого-то ничтожного думца Бубликова, о том, что-де "власть перешла к Родзянку". "Как осмелился глупый Родзянко принять власть!" – горячился П.Я. – "Да ведь он не соображает, очевидно, что он творит". П.Я., насквозь знавший сухую, бессердечную, меркантильную Западную Европу, любил благостный русский царский режим и считал монархический образ правления необходимым для целости и сохранности России. Он всей душой ненавидел П.Н. Милюкова и людей его типа, легкомысленно мечтавших, по наукам жидов, о республиканской России. П.Я. был слишком умен и практичен, слишком близко изучил Россию во время своих, часто пешеходных, геологических экскурсий, чтобы не понимать, что республика в России – это значит упразднение самой России, как великого государства, осуществлявшего крупные культурно-исторические задачи.
С наступлением революции П.Я. совершенно удалился от общественной деятельности и замкнулся в своем кабинете, желая оставаться только сторонним наблюдателем того сумбура, который принесли так называемые "свободы". Он обрабатывал курс любимой кристаллографии, перечитывал классиков естествознания, углублялся в Святое Евангелие и предавался религиозным размышлениям о мудрости мироздания и о тщете человеческих усилий создать общежитие, противное основным свойствам и требованиям человеческой души. Религиозное настроение П.Я. подогревала и укрепляла жена его Мария Владимировна, пережившая в юности момент высочайшего подъема религиозного чувства. В юные годы она страдала какой-то загадочной болезнью ног, лишавшей ее свободы передвижения. Лучшие парижские врачи не могли добиться никакого улучшения. Однажды М.В. горячо молилась пред домашней иконой Пресвятой Богородицы и почувствовала себя исцеленной. Это чудо сделало ее навсегда глубоко верующей христианкой и направило ее в жизни на путь безропотной покорности воле Божией. Исцелившая М.В. чудотворная икона Богоматери сделалась потом общенародным достоянием и является главной святыней основавшегося в бывшем имении родителей М.В. (Кобелякского уезда Полтавской губернии) Козельщанского женского монастыря.
За два года уединенной жизни П.Я. (с марта 1917 по апрель 1919 года) шесть раз сменились политические декорации в Киеве: 1) Украинская Центральная Рада; 2) советский режим Муравьева и Ремнева; 3) опять Украинская Центральная Рада при германской оккупации; 4) гетманство П.П. Скоропадского; 5) Директория В.К. Винниченка и К°; 6) советский режим Раковского. Германская оккупация сначала казалась П.Я. лучом света, пронизывающим мрак революции, но вскоре он убедился, что германская государственность сама находится уже в периоде разложения и что с ней нельзя связывать никаких надежд. Густая беспросветная мгла спустилась над Киевом 25 января ст. ст. 1919 года, когда большевики овладели городом и открылся красный террор. П.Я. казалось, что раз он замкнулся дома и нигде не показывается, то палачи революции о нем не вспомнят и оставят его в покое. Но он забывал о жидовской мстительности. Даже своему богу, который является непосредственным отображением их души, жиды приписывают такую мстительность, что беззаконие отцов он наказывает в детях до третьего и четвертого рода (Числ. 14, 18). Лейба Бронштейн, посетив Киев в конце апреля ст. ст. 1919 года, нашел, что киевская чрезвычайка слабо работает, и поручил ей расстрелять киевских русских националистов. П.Я. был арестован в ночь на 29 апреля ст.ст. и расстрелян в первых числах мая после утонченных мучений и издевательств. Осиротевшая семья не могла добиться разрешения "власти" на получение его тела для христианского погребения. Нет ни на одном из киевских кладбищ ни могилы его, ни могильного над ней памятника, у которого почитатель П.Я. мог бы помолиться за душу усопшего мученика. Так погиб благороднейший человек, заслуженный деятель науки, учитель длинного ряда поколений киевских естественников, полезнейший гражданин города Киева, которому киевляне обязаны артезианским водоснабжением, славный сын Малороссии, горячо любивший свою ближайшую родину, но чувствовавший себя русским и мысливший Малороссию не иначе, как в виде неразрывной составной части Российской империи; погиб от руки негодяев, не умевших даже правильно написать его фамилию. Гнусный "протокол" гласит: "Слушали: о бывшем профессоре университета Армашове, – обвиняется в контрреволюции. Постановили: подвергнуть высшей мере наказания" (С.П. Мельгунов. Красный террор в России. Берлин, 1924, стр. 110).