В дополнение к переводу ГАДУ из Генштаба в УПВОСО ГКО учредил во фронтах и армиях отделы автотранспортной и дорожной служб. Кондратьев остался начальником ГАДУ, получив в качестве заместителя А. А. Славина – бывшего начальника автодорожного отдела Генштаба.101 На протяжении оставшейся части 1941 года ГАДУ курировало массовую мобилизацию военных и гражданских автомашин, формировало многочисленные автотранспортные бригады, полки, батальоны и роты, начало строительство сети военных автомобильных дорог (ВАД).102
Однако эти попытки разрешить транспортные трудности Красной Армии путем централизации управления не привели к успеху – в основном потому, что ответственность за перевозку войск и военного имущества по-прежнему оставалась разбросанной по самому широкому кругу служб снабжения и управлений, а рода войск Красной Армии и управления НКО по-прежнему планировали всю работу автотранспорта раздельно.103 Помимо напрасной траты времени и ресурсов, их работа большей частью оставалась неэффективной. В результате НКО принялся перестраивать УПВОСО с целью сделать его лучше отвечающим требованиям военного времени. Например, 19 августа НКО сформировал в нем специальный отдел, который должен был распределять транспорт по типу грузов, а в сентябре – отдел медицинской эвакуации. Одновременно в рамках УПВОСО создавались особые группы, ведающие грузами, идущими на снабжение действующих фронтов и армий.104
Тем временем ГКО попытался улучшить работу железнодорожного транспорта. Например, 16 сентября он отдал НКПС приказ преобразовать строительный отдел его Военно-мобилизационного управления в полноправное управление, одновременно создав во фронтах и фронтовых тылах 19 военно-восстановительных служб с собственными подвижными восстановительными соединениями.105 Однако когда зимой 1941–1942 годов Красная Армия перешла в наступление, железнодорожные войска оказались слишком слабы и плохо оснащены для быстрого восстановления железнодорожных путей, а структура железнодорожного транспорта УПВОСО показала себя равно неадекватной.106
3 января 1942 года ГКО попытался решить эту проблему, возложив на НКПС ответственность за восстановление и расчистку поврежденных и уничтоженных железнодорожных путей и передав все железнодорожные войска НКО под управление НКПС.107 Этим же постановлением ГКО в составе НКПС учреждалось
Кроме Управления железнодорожных войск, в ГУВВР также входили передовые базы снабжения и региональные управления военно-восстановительных и заградительных работ, известные как УВВР. Они контролировались представителями НКПС и отвечали за выполнение всех восстановительных и заградительных работ в действующих фронтах.109 Хотя начальники УВВР обычно подчинялись фронтам, в случае особых операций они были подчинены начальнику ГУВВР. В свою очередь, отделы передового строительства, подчиненные фронтовым УВВР, контролировали ход всех восстановительных работ на уровне армий.
По существу, хотя за все железнодорожно-восстановительные работы отвечали совместно командующие фронтами и руководство НКПС, железнодорожные полки НКПС в действующих фронтах контролировались оперативными управлениями фронтов, а не ГУВВР или УВВР, в то время как представители НКПС надзирали за всеми железнодорожно-восстановительными и железнодорожными операциями. Таким образом, железнодорожные войска НКПС стали регулярными войсковыми частями Красной Армии, подчиненными всем обычным уставам Красной Армии.110 И наконец, ГКО запретил командующим фронтами использовать железнодорожные войска и специальные соединения НКПС для выполнения любых иных задач, кроме восстановления железнодорожных путей.111
В феврале 1942 года ГКО принял меры для внесения ясности в структуру управления железнодорожно-восстановительными работами, упразднив представителей НКПС при фронтах. После этого, хотя начальники фронтовых УВВР официально продолжали подчиняться ГУВВР НКПС, в действительности они перешли в подчинение фронтов. Однако НКПС все еще определял объем требуемых фронтами ресурсов, устанавливал квоты работ УВВР и регулировал выделение ресурсов НКПС в соответствии с планами командующих фронтами. Эта мера улучшила управление и техническое качество железнодорожно-восстановительных работ и привела к постепенному росту темпов и качества восстановления железнодорожных путей.112