В целях дальнейшего улучшения организации и координации работы транспорта после зимней кампании 1941–1942 годов Политбюро 14 февраля учредило при ГКО специальный Транспортный комитет, составленный из ключевых хозяйственных и военных руководителей, чья деятельность касалась вопросов транспорта и коммуникаций. Задача этого комитета, работавшего под председательством Сталина, заключалась в координации действий всех видов транспорта, обеспечении более действенного планирования и регулировании как военного, так и всесоюзного хозяйственного транспорта путем мобилизации и рационализации всех видов транспорта, усовершенствовании управления транспортными ресурсами и изменении работы УПВОСО для укрепления его связи с Генеральным штабом.113
После этого У ПСОВ О в дополнение к планированию и управлению всеми военными перевозками стал еще и рабочим органом Транспортного комитета ГКО, отвечающим за организацию и ведение военных перевозок, разработку транспортных сообщений и реагирование на требования о выделении транспорта, подаваемые от других наркоматов. Как представитель ГКО, начальник УПВОСО Ковалев мог теперь более эффективно организовывать транспортировку военных грузов.
В начале 1942 года ГКО также привел в более рациональный виду свою дорожно-транспортную систему, покончив с двойной ответственностью НКО и НКВД за охрану и ремонт дорог. Сделал он это 8 мая, реорганизовав Главное автодорожное управление (ГАДУ) УПВОСО в
В 1943 году ГКО и Ставка продолжали совершенствовать транспортные сообщения Красной Армии. Наиболее важный шаг в этом процессе был сделан 31 января, когда Ставка реорганизовала УПВОСО в
После этой реорганизации ЦУП ВОСО стало отвечать за подготовку планов военных перевозок для НКПС, а также согласование их с планами Генштаба и начальника тыла Красной Армии, приводя эти планы в исполнение, если они были одобрены. Кроме того, когда Транспортный комитет ГКО предвидел какие-то трудности с переброской войск, ЦУП ВОСО готовило предложения по устранению этих трудностей.
В целом эта новая структура управления серьезно улучшила систему военных перевозок Красной Армии. ЦУП ВОСО выполняло важнейшую задачу планирования и регулирования военных перевозок, обеспечивая точное и успешное исполнение существующих оперативных планов, а ГКО и НКО постоянно контролировали его работу и оказывали ему помощь, обязуя все органы перевозок быстро и безусловно выполнять все требования ЦУП ВОСО по перевозке войск. ГКО также запрещал начальникам служб тыла в прифронтовых зонах вмешиваться в управление последовательностью отправки военных составов и транспортов.118
Поскольку в 1943 году наиболее важную роль в поддержке операций Красной Армии играл железнодорожный транспорт, УП ВОСО и ЦУП ВОСО приходилось тесно сотрудничать с НКПС, который управлял всеми железными дорогами и регулировал движение по ним. Поэтому для оказания текущей и общей помощи железным дорогам фронтов, поддерживающим крупные операции, представители ЦУП ВОСО и НКПС формировали совместные оперативные группы, возглавляемые обычно начальником ЦУП ВОСО или его заместителями и руководителями сравнимого ранга.119 Их совместные усилия тоже значительно повысили эффективность переброски войск и военных грузов.