За обеспечение идеологической чистоты и соблюдение партийной дисциплины в рядах Красной Армии отвечал прежде всего такой орган ГКО, как
Политбюро ВКП(б) и ГКО возложили на ГлавПУ ответственность за очень многое – от учреждения в войсковой структуре Красной Армии политических органов и управления ими и ведения постоянной воспитательной работы и идеологической обработки до обеспечения верности и высокого боевого духа солдат и офицеров Красной Армии.177 Словом, ГлавПУ, как цербер партии, было причастно ко всем сторонам жизни солдат и офицеров Красной Армии.
Действуя через ГКО, ЦК ВКП(б) на протяжении всей войны определял и совершенствовал организационную структуру ГлавПУ. Первоначально оно состояло из подчиненных управлений и отделов, отвечающих за организационную работу, политическую работу, пропаганду и агитацию, политические кадры, комсомол и другую партийно-политическую работу. Однако в конце 1941 года ГКО добавил к ГлавПУ отдел, отвечающий за политработу среди партизан и гражданского населения на оккупированных территориях, а в 1944 году – отдел спецпропаганды. Кроме того, в 1942 году он также сформировал в составе в ГлавПУ особый Совет военно-политической пропаганды. Этот совет, состоящий из начальника ГлавПУ секретаря ВКП(б) А. С. Щербакова, секретаря ВКП(б) А. А. Жданова и членов ЦК ВКП(б) Д. 3. Мангульского и E. М. Ярославского, отвечал за собрание и обработку военного опыта, способствующего повышению общей эффективности управления.
ГлавПУ также формировал и использовал особые группы постоянных и непостоянных агитаторов (лекторов), в которые зачастую входили видные государственные, общественные и культурные деятели. В задачу таких групп входило вести агитацию по всей командной иерархии Красной Армии.178 В июне 1942 года Сталин назначил начальником ГлавПУ А. С. Щербакова, являвшегося секретарем ВКП(б) и кандидатом в члены Политбюро. Произведенный в 1943 году в генерал-полковники, Щербаков оставался начальником этого управления до конца войны.179
Разведка
Одним из наиболее важных управлений НКО являлось Главное разведывательное управление (ГРУ), которое этот наркомат напрямую контролировал только с октября 1942 года. Еще задолго до войны, 22 ноября 1934 года, наркоматом обороны было сформировано Разведывательное управление (РУ), оно же Пятое управление, ставшее «центральным органом организации и управления разведывательной службой Красной Армии». Однако 26 июля 1940 года НКО передал Разведывательное управление в подчинение Генерального штаба, где оно продолжало находиться к моменту начала войны.180
Поскольку сбор и обработка разведданных становились делом все более важным и сложным, НКО 16 февраля 1942 года, не выводя РУ из-под управления Генштаба, преобразовал его в Главное разведывательное управление, поставил перед ним задачу вести стратегическую, оперативную и войсковую разведку и существенно усилил его организационную структуру. Однако, поскольку эта реорганизация не повысила эффективности ГРУ, НКО 23 октября 1943 года вновь реорганизовал ГРУ, на этот раз изъяв его из ведомства Генштаба и подчинив своему прямому руководству. С этого момента НКО освободил ГРУ от всякой ответственности за
По новой организации ГРУ подразделялось на Первое управление, отвечавшее за агентурную работу за границей, и Второе управление, отвечавшее за агентурную работу на территории, временно оккупированной войсками противника. В то же время НКО перевел дешифровальный отдел Второго управления в ведение НКВД и преобразовал бывшее Главное управление военной цензуры ГРУ в отдельное и независимое управление в его структуре.
Поскольку эта реорганизация не привела к улучшению сбора и обработки разведданных до желаемой Ставкой степени, НКО 19 апреля 1943 года вновь реорганизовал центральные органы военной разведки страны, преобразовав УВР Генштаба в Разведывательное управление и возложив на него ответственность за «руководство войсковой и агентурной разведкой фронтов, регулярную информацию о действиях и намерениях врага и проведение дезинформации противника».182