У св. Епифания был особый вкус и ревность к преследованию и обличению ересей. Раскрытие лжеучений он ставил своею главною задачей, считал своим призванием. Главные сочинения св. Епифания посвящены ересеологии. Прежде всего, это — «Панарий», «Книга противоядий» (дословно «ящик с противоядиями»), составленная в 375–377 годах. Это обзор всех ересей, сопровождаемый не столько разбором, сколько обличением. В своем труде Епифаний собрал все об ересях из прежней обличительной литературы (у Иустина, Ипполита, особенно у Иринея), — и к этому он многое прибавил из личного опыта. К сожалению, пользовался своим богатым материалом св. Епифаний без проверки и разбора, и слишком часто поддавался подозрительности и страсти. В греческой философии он плохо разбирался, и смешивал, например, пифагорейцев и перипатетиков, Зенона Элейца и Зенона Стоика… К дурным слухам он был слишком доверчив. Догматическая ограниченность заставляла его настораживаться при всяком разногласии даже в мелких вопросах. К великим богословам IV-го века он относился с недоверием, и в особенности неприязненно смотрел на александрийцев. К Оригену Епифаний относился с ужасом и отвращением и в его учении видел заблуждение, «худшее всех ересей»… Многое он пишет по памяти и по слухам. Отсюда постоянные неточности, особенно в хронологии. Обличительная часть творений св. Епифания всего слабее. Он совершенно лишен исторического чутья. В древнейшие времена не было ни ересей, ни язычества, ни иудейства, — отсюда он заключает, что «вера первых людей имела образ христианства, была такою же, как открылась впоследствии». Адаму и всем праведникам до Авраама он приписывает ведение св. Троицы. И потому еще до потопа Епифаний начинает счисление христианских лжеучений, превращая всех нечестивцев в еретиков. Ересей должно оказаться ровно восемьдесят, ибо ο них говорится в «Песни песней», — «есть у меня шестьдесят цариц и восемьдесят наложниц и девиц без числа» (см. 6:8.). Первая ересь — варварство, огрубение нравов перед потопом. Вторая — скифство, до столпотворения Вавилонского. Затем — эллинизм (с его философскими сектами) и иудейство… Теоретические взгляды еретиков у Епифания изложены неясно, главное внимание обращено на нравственную сторону, причем обычно образ жизни еретиков представлен мрачно и вряд ли без пристрастия. «Панарий» очень важен, как свод ересеологических фактов; но пользоваться сообщениями св. Епифания нужно с большой осторожностью. — Еще раньше Панария Епифаний составил книгу «Анкорат», Άνκυρωτός (374), названием которой хотел выразить мысль об истинной вере, как надежном якоре при плавании по житейскому морю среди прельщений бесовских и еретических. Изложение правила веры направлено здесь против современных лжеучений, но нередко затрагиваются и взгляды древних еретиков. Всего подробнее Епифаний говорит ο Троическом догмате, особенно ο божестве Св. Духа. В заключении приведено два изложения или символа веры, — один из них, обозначенный как «вера, преподаваемая в церкви во святом граде» (т.е. в Иерусалиме), почти буквально совпадает с Константинопольским символом. История этого последнего символа до сих пор остается неясной.
К последним годам жизни Епифания относятся его библейские работы. Во первых книга «о мерах и весах» (древних евреев). В действительности это опыт библейского введения, — Епифаний говорит здесь ο ветхозаветном каноне и переводах, о географии Палестины, «о мерах и весах» он говорить между прочим. По-гречески сохранилась только часть книги, остальное известно только в сирийском переводе. Во-вторых, аллегорическое рассуждение «о двенадцати камнях» (в нагрудии ветхозаветного первосвященника), посвященное Диодору Тирскому (не Тарсскому). Греческий текст короче сохранившегося латинского перевода, Может быть, Епифаний и еще писал на библейские темы, но эти произведения до нас не дошли. Эти работы Епифания представляют известный интерес для археолога и библеиста. Как библеист, Епифаний не был сторонником буквального толкования; он скорее склонялся к символизму, если и не к аллегоризму, в объяснении ветхозаветных текстов.