В 398 году Златоуст был призван на Константинопольскую кафедру. И был призван именно как признанный пастырь и учитель. Такова была воля и клира, и церковного народа, и двора. В Константинополе Златоуст продолжал проповедовать. Созомен отмечает, что Златоуст имел обыкновение садиться среди народа на амвоне чтеца, и слушатели теснились вокруг него. Это были беседы скорее, чем речи… К этому времени относятся толкования Златоуста на Деяния, на псалмы, на многие Послания апостола Павла. Многие из его бесед были стенографически записаны за ним, это сохранило всю живость устного слова. Задача нравственного перевоспитания общества и народа встали перед Златоустом в это время с особою силою. У него было впечатление, что он проповедует людям, для которых христианство стало лишь модной одеждой. «Из числа столь многих тысяч, — говорил он, — нельзя найти больше ста спасаемых, да и в этом сомневаюсь». Самая многочисленность христиан его смущала, — «тем больше пищи для огня». И с горечью говорил он о наступившем благополучии: «Безопасность есть величайшее из гонений на благочестие, — хуже всякого гонения. Никто не понимает, не чувствует опасности, — безопасность рождает беспечность, расслабляет и усыпляет души, а диавол умерщвляет спящих. И голос проповедника становился суровым и обличающим, — кругом себя он видел сено, годное только для огня… Златоуста смущал нравственный упадок — не только разврат, но больше всего молчаливое снижение требований и идеалов не только среди мирян, но и в клире… Златоуст боролся не только словом обличения, но и делом, делами любви… «Никто не остался бы язычником, если бы мы были действительными христианами», — говорил он… Он заботился о благотворительности, учреждал больницы и убежища. Он старался привлечь все силы к созидательной работе, требовал подвига ото всех. Это вызывало противодействие и недовольство не только в Константинополе, но и в других диоцезах. Вражда к св. Иоанну прорывалась не раз. И столкновение с императрицею Евдоксией было только последним поводом для взрыва. Враги у Златоуста были везде. Прежде всего в среде клира, особенно среди бродячих монахов. Затем при дворе и среди богатых. Слишком сложно рассказывать всю мрачную историю низложения и осуждения Златоуста на позорном соборе «под Дубом». Нашлись предатели среди епископата, во главе их стоял Феофил Александрийский. Среди других активно враждовали оскорбленные Златоустом Акакий Верийский, Севериан Гавальский, Антиох Птолемаидский. Обвинений против Златоуста было много, среди них и подозрение в оригенизме. Златоуст был низложен, и император утвердил приговор. Ссылка Златоуста была недолгой. Очень скоро был он возвращен и встречен народом с ликованием. Однако, вражда не улеглась. И против Златоуста был обращен самый факт его возвращения без отмены соборного приговора. За это по IV-му правилу Антиохийского собора следует лишение прав, если бы даже приговор был несправедлив. Златоуста не признавал судивший его собор законным, не признавал (и не он один) и Антиохийского правила, но требовал собора для оправдания. Епископы вторично осудили Златоуста. Он продолжал свое служение. Волнение возрастало. И в июне 404 года Златоуст был изгнан вторично и отправлен сперва в Кукуз в Малой Армении, затем в Пициунт. Он не вынес тяжести пути и в дороге почил 14-го сентября 407 года. Очень скоро открылась вся неправда осуждения Златоуста. В 417 году Константинопольский епископ Аттик восстановил его имя в диптихах, ссылаясь на голос народа. Кирилл Александрийский резко протестовал: «Если Иоанн в епископстве, почему Иуда не с апостолами. И если есть место для Иуды, то где Матфей». В 419 году уступили и в Александрии. А в 438 году останки Златоуста были перенесены в Константинополь и положены в храме св. Апостолов. Приговор собора «под Дубом» был отменен общим свидетельством церкви.