О характере и размерах репрессий в Красной Армии и Военно-Морском Флоте в 30—40-х годах можно судить по выступлению К. Е. Ворошилова на заседании Военного совета при наркоме обороны СССР 29 ноября 1938 года. Он заявил: «Весь 1937 и 1938 годы мы должны были беспощадно чистить свои ряды, безжалостно отсекая зараженные части организма до живого, здорового мяса, очищаясь от мерзостной предательской гнили». И далее: «За это время мы вычистили больше четырех десятков тысяч человек… мы можем теперь с уверенностью сказать, что наши ряды крепки и что РККА сейчас имеет свой до конца преданный и честный командный и политический состав».
Комиссия Политбюро при ЦК КПСС по дополнительному изучению материалов, связанных с репрессиями, имевшими место в период 30—40-х и начала 50-х годов, установила, что И. В. Сталин не только давал указания об арестах безвинных людей, но вместе с Молотовым, Ворошиловым, Кагановичем и Ежовым они решали вопросы о расстреле большого количества советских граждан, в том числе и видных военных деятелей.
В первую очередь были обезглавлены: Военный совет при наркоме обороны СССР. Из 85 членов совета было репрессировано 76 человек, 68 из них — расстреляно; затем «мозг армии» — Генеральный штаб, штабы округов и особенно военная разведка всех степеней; руководство всех служб наркомата обороны, ВВС, ВМС, ПВО и военных академий — всего 408 осуждено, из них 401 приговорен к расстрелу. Даже на С. М. Буденного органы НКВД сфабриковали показания о принадлежности его к военно-фашистскому заговору.
Осенью 1938 года Ворошилов решил собрать совещание ответственных работников Разведывательного управления Генерального штаба и узнать их мнение о возможности назначения начальником Разведуправления комдива Орлова, бывшего военного атташе в Германии, он, кстати, с ноября 1937 года временно исполнял обязанности начальника Разведупра. На совещании присутствовал и сам Орлов. Все было как «выборы» в Гражданскую войну. Маршал задал этот вопрос, но зал молчал. Вдруг поднялся полковник С. Степанов и сказал: «Орлов высокообразованный человек, свободно владеющий тремя языками, отличный информатор, но он никогда не занимался агентурными и военно-диверсионными делами. Поэтому целесообразнее на эту должность назначить одного из работников Разведуправления или начальников разведотделов штабов Ленинградского или Дальневосточного округов».
Ворошилов согласился с этим и добавил: «Подумаем и в ближайшие дни решим».
Фактически начальником Разведывательного управления Генерального штаба был назначен комдив Гендин из НКВД. Его рекомендовали как «одного из лучшик учеников Дзержинского». Его основной задачей было как можно быстрее завершить «чистку» Разведывательного управления от «врагов народа» и создать новую высокоэффективную агентурную сеть. Через девять месяцев он сам был арестован как «враг народа» и расстрелян.
Как говорится в народе, пути Господни неисповедимы. В армейских же условиях дальнейший жизненный путь каждого служилого человека зависит от приказа высшего начальства. Так случилось, что после окончания Великой Отечественной войны жизнь Николая Григорьевича Ляхтерова протекала в стенах Военно-дипломатической академии. Туда он был назначен в апреле 1946 года на должность заместителя начальника, одновременно ему было поручено исполнять должность начальника кафедры истории международных отношений и военной дипломатии. Не знал тогда Николай Григорьевич, что служба в академии продлится у него целых пятнадцать лет и что ему придется поработать и начальником совершенно новой кафедры — военно-дипломатической службы (ВДС) и начальником спецкафедры (№ 1), а затем заместителем начальника по учебной работе. Много сил и знаний отдал он воспитанию и обучению молодых военных разведчиков, но в декабре 1956 года его работа в академии прерывается почти на три года — он назначается начальником Четвертого управления Второго Главного управления Генерального штаба. В сентябре 1959 года Николай Григорьевич возвращается в академию на прежнюю должность и работает там до июля 1963 года. Болезнь помешала ему продолжать службу, он увольняется в запас в звании генерал-майора с правом ношения военной формы.
Кандидат военных наук, доцент, Н. Г. Ляхтеров лично разработал полный курс военно-дипломатической службы (еще до создания кафедры военно-дипломатической службы) — свыше сорока лекций, десятки семинаров, практических работ, летучек; организовал подготовку слушателей по специализации с привлечением крупных специалистов с большим опытом зарубежной работы (А. А. Трояновский, В. В. Червяков, А. А. Игнатьев, И. Суслопаров, Коровин и другие).
Ляхтеровым разработаны и изданы с грифом «СС» («Совершенно секретно») два тома пособия по ВДС и книга «Из опыта военно-дипломатической работы» (1948 г.).