Вскоре в воздух поднялись 27 Ju-87R из III./S1G2 во главе с гауптманом Штееном. Их первой целью был линкор «Марат», который находился в Морском канале[9]
и оттуда вел огонь по немецким позициям. Погодные условия были не лучшими, по маршруту полета висели плотные облака с нижней кромкой на высоте 800 м и верхней на высоте 1800 м. Но над Финским заливом облачность стала немного рассеиваться. Вскоре немецкие летчики заметили внизу крупный корабль, который они идентифицировали как линкор. Штеен немедленно передал приказ об атаке. Ju-87 разделились на две группы, заходя на цель одновременно с носовых и кормовых курсовых углов. В результате в «Марат» попали три 500-килограммовые бомбы. Две из них пробили верхнюю броневую палубу на правом шкафуте и взорвались на нижней броневой палубе, которая была прогнута и вдавлена на 30 см. Третья бомба взорвалась на юте, еще одна срезала ствол 120-мм орудия № 13 и взорвалась у борта.От мощного сотрясения и воздействия осколков была выведена из строя кормовая группа 76,2-мм орудий, повреждены башня главного калибра № 4, несколько 120-мм орудий, дальномеры и визиры, а также дизель-генераторы и несколько вспомогательных механизмов, находившихся в кормовой части корабля. Но самую большую опасность представляло проникновение огня через вентиляционную систему в артиллерийский погреб башни главного калибра № 4. Создалась реальная угроза гибели корабля. Тогда, задыхаясь от дыма, два матроса своими телами закрыли раструб вентиляционной трубы и таким образом преградили доступ пламени к снарядам. Из экипажа линкора погибло 25 моряков.
Сразу после окончания налета «Марат» поднял якоря и своим ходом ушел на Малый Кронштадтский рейд, продолжая стрелять по видимым целям на южном берегу Финского залива. На следующий день линкор перешел на Большой Кронштадтский рейд, и 18 сентября буксиры провели его в Среднюю гавань, где поставили у стенки Усть-Рогатки для исправления боевых повреждений и ремонта.
Вечером 19 сентября группа He-111 из 5./KG4 совершила налет на Кронштадт. Однако на подходе к цели бомбардировщики попали под мощный обстрел с легкого крейсера «Киров», линкоров «Марат» и «Октябрьская революция», береговых зенитных батарей. В результате атака не причинила серьезных повреждений. He-111P-4 W.Nr. 2996 получил осколочные попадания, но смог благополучно вернуться на аэродром.
20 сентября во время новых налетов на Кронштадт были потоплены буксир «Красный флот», портовая баржа «КП-15» и тяжело поврежден грузовой пароход «Мариа» водоизмещением 1485 тонн. Экипаж в течение суток боролся за живучесть судна, но оно все же затонуло.
21 сентября в 11.44 над Кронштадтом появились 25 Ju-87R из HI./S1G2. Зенитчики открыли огонь, первыми начали стрелять орудия эсминца «Стерегущий», стоявшего на Восточном рейде. Однако снаряды рвались далеко в стороне от стремительно приближавшихся пикировщиков. Над целью они сделали круг, после чего моряки и жители Кронштадта могли видеть классическое зрелище. «Штуки» одна за другой делали переворот через крыло и, завывая сиренами, почти вертикально ныряли вниз. Невзирая на бешеную стрельбу зениток, они упрямо шли на свои цели, а потом выходили из пике над самой водой. Затем базу сотрясли мощнейшие взрывы.
Позднее командир эсминца «Стерегущий» капитан 3-го ранга Евгений Збрицкий вспоминал: