Если советское командование могло охарактеризовать обстановку, сложившуюся к середине сентября на подступах к Перекопу, как тяжелую, то германское командование — как весьма непростую. Этот кажущийся парадокс объясняется довольно просто — противники точно не знали планов и сил друг друга и были скорее склонны их преувеличивать, чем преуменьшать. Именно так воспринимал ситуацию новый командующий немецкой 11–й армией генерал пехоты Эрих фон Манштейн, вступивший в должность 17 сентября (бывший командующий генерал-полковник фон Р. Шоберт погиб 12 сентября, случайно приземлившись на самолете «Шторьх» на минное поле). Армия имела всего три корпуса (шесть пехотных, две горнострелковые и одну моторизованную дивизии), которыми одновременно вела и преследование 9-й советской армии, отступавшей в направлении Донбасса, и выдвижение к Перекопу. Непосредственно к перешейку двигался только 54-й корпус, включавший 46 и 73-ю дивизии. По ошибочным данным немецкой разведки, Манштейн считал, что от Днепра к Перекопу отошли три советские дивизии, чего на самом деле не было. Реально позицию на перешейке занимала единственная 156-я советская дивизия, поскольку все свои остальные силы Ф. И. Кузнецов оставил в глубине полуострова или растянул вдоль его побережья для отражения мнимых десантов. Манштейну было трудно поверить в такую глупость, и он считал, что Перекоп защищает как минимум шесть из 11 дивизий 51-й армии. Определяя, в соответствии с директивами Гитлера, задачу по овладению Крымом как важнейшую, Манштейн решил перебросить на это направление и 49-й горнострелковый корпус (1 и 4-я горнострелковые, 170-я пехотная дивизии), в то время как его позиции между Никополем и Meлитополем предстояло занять силами румынского кавалерийского и горного корпусов.
Не менее важным представлялось сосредоточение на избранном направлении мощных сил авиации, тем более что германское командование оценивало сосредоточенную в Крыму воздушную группировку как очень мощную. Впрочем, возможности для маневра соединениями у командования 4-го воздушного флота были довольно скромными — в это время главный удар войск группы армий «Юг» наносился в тыл советскому Юго-Западному фронту, чтобы замкнуть «киевский котел». Фактически к середине сентября IV авиакорпус люфтваффе имел следующий боевой состав: разведывательные эскадрильи 3(F)/121 и З/ObdL на аэродроме Николаева, бомбардировочную эскадру KG 27 в полном составе, штабную эскадрилью и группу II/KG 51 на аэродроме Балта (северная часть Одесской области). Эти бомбардировочные подразделения вели поддержку войск 11–й армии в низовьях Днепра, но, кроме того, совершали большое количество вылетов перед фронтом 4-й армии румын, осаждавших Одессу. Группа I/KG 51 базировалась на румынском аэродроме Zilistea, откуда действовала по советским судам и конвоям на трассе Севастополь — Одесса. Там же базировалась и торпедоносная эскадрилья 1 /KG 28. Штабная эскадрилья эскадры JG 77 и истребительные группы II, III/JG 77 прикрывали войска и переправы через Днепр с аэродрома в Бериславе. Группами командовали довольно известные асы — капитан Anton Mader (19 воздушных побед) и обер-лейтенант Kurt Ubben (36 воздушных побед), а общее число асов в группах достигало десятка. Такими успехами не мог на тот момент похвастаться ни один из противостоявших им летчиков ВВС ЧФ и ВВС 51-й армии. В дополнение к вышеперечисленному с 12 сентября корпус получил в качестве усиления в полном составе эскадру пикирующих бомбардировщиков StG 77 (аэродром Счастливая) и с 14 сентября истребительную эскадрилью 3/LG 2 из состава немецкой авиационной миссии в Румынии. Она прикрыла переправы на Днепре в тот момент, когда все истребители JG 77 перебазировались на аэродром Чаплинка вблизи Перекопа. Всего германская авиагруппировка насчитывала примерно 15—20 разведчиков (без ближнеразведывательных эскадрилий сухопутных войск), около 125 двухмоторных и 75 одномоторных бомбардировщиков, 60—65 истребителей, в общей сложности около 300 боевых самолетов. Это была грозная сила, однако малочисленность истребительной авиации не позволяла немцам установить безоговорочное господство в воздухе, что не могло не отразиться на общем итоге боев.