Но, учитывая мужество и стойкость захваченных разведчиков, провал мог бы и не иметь роковых последствий для оставшихся на свободе, если бы немцы не захватили шифрованные тексты, которые радисты не успели уничтожить. Несколько месяцев упорной работы немецких дешифровальщиков привели к тому, что ими были выяснены адреса и имена, содержавшиеся в телеграммах от 10 и 11 октября 1941 года.
Пока немцы занимались расшифровкой радиограмм, ГРУ и НКВД предприняло еще несколько попыток связаться с агентами, находящимися в Берлине, но все они закончились неудачей.
В августе 1942 года гестапо начало аресты советских агентов в Германии. В ходе следствия, за которым лично следили Гитлер. Геринг и Гимлер, гестапо арестовало 130 человек, а чтобы дело «Красной капеллы» не получило огласки, оно было объявлено совершенно секретным.
21 декабря 1942 года Гитлер утвердил приговоры Имперского военного суда: от 14 декабря 1942 года, вынесенным «бывшему легационному советнику Рудольфу фон Шелия и журналистке Ильзе Штебе» и от 19 декабря 1942 года, вынесенный «оберлейтенанту Харро Шульце-Бойзену и другим».
Всего по приговору суда казнили 49 антифашистов. Мужчины были повешены, женщины обезглавлены на гильотине. В ходе следствия от пыток погибли семь человек, еще трое покончили жизнь самоубийством. Более 30 человек были приговорены к каторжным работам и к тюремному заключению. Восемь заключенных были направлены для «искупления вины» на фронт.
Помощник Ильзы Штёбель, Кегель избежал ареста, так как, несмотря на жестокие пытки, она не выдала его имени. В ноябре 1944 года он был направлен на Восточный фронт, где при первой же возможности перешел на советскую сторону. После войны он занимал ответственные должности в ГДР.
О деятельности «Красной капеллы», может быть, несколько преувеличивая ее значение, бывший начальник 5-го Управления (внешняя разведка) РСХА (Главного управления имперской безопасности) бригаденфюрер СС Вальтер Шелленберг писал в своих мемуарах: «Русские благодаря регулярно поставленной информации были лучше осведомлены о нашем положении с сырьем, чем даже начальник отдела военного министерства, до которого такая информация не доводилась вследствие бюрократических рогаток и трений между различными ведомствами…. Фактически в каждом министерстве рейха среди лиц, занимавших ответственные посты, имелись агенты русской секретной службы, которые могли использовать для передачи информации тайные радиопередатчики».
Через 25 лет после гибели героев-антифашистов и через 16 лет после смерти Сталина их подвиг был высоко оценен в СССР. Указом Президиума Верховного Совета в октябре 1969 года «группа немецких граждан за активное участие в борьбе против фашизма, помощь Советскому Союзу в период Великой Отечественной войны и проявленные при этом мужество, инициативу и стойкость» награждались боевыми советскими орденами. Отмечены высокими наградами 32 человека, из которых 29 — посмертно. Около половины из них — члены организации «Старшины» — «Корсиканца».
Фактически к январю 1943 года все французские, бельгийские и голландские резидентуры были также разгромлены. Всего во Франции, Бельгии и Голландии гестапо арестовало более 100 человек, из которых 70 принимали участие в работе на советскую разведку.
Проводя операции против советской агентуры, немецкие спецслужбы преследовали несколько задач: арестовать всех советских агентов, действовавших в Западной Европе; посредством радио-игры дезинформировать советское руководство; наконец, вбить клин между СССР и союзниками по вопросу о заключении сепаратного мира. Шелленберг писал по этому поводу: «По нашим сведениям, в это время, в августе 1942 года, Сталин был недоволен западными союзниками… Сталин ожидал не только поставок, но и эффективной помощи в виде открытия реального второго фронта… (У Германии) имелся весьма реальный шанс завязать переговоры о сепаратном мире…. Поэтому было важно установить контакт с Россией одновременно с началом переговоров с Западом. Все усиливавшееся соперничество между союзными державами должно было укрепить наши позиции. Однако к реализации этого плана следовало подходить с величайшей осторожностью».
К началу Второй мировой войны в Швейцарии работали три нелегальных резидентуры советской военной разведки, которыми руководили Р. Дюбендорфер (Сиси), Урсула Кучински (Соня) и Шандер Радо (Дора), принявший в 1938 году от Леонида Анулова швейцарскую группу агента Пакбо (О. Пюнтера). Немцы назвали их «Красная тройка» — по числу передатчиков.
В декабре 1940 года У. Кучински выехала в Англию, оставив Шандору Радо своего радиста Фута, который в марте 1941 года наладил устойчивую связь с Москвой.