Из прокурорского протеста вытекает, что предварительное следствие по делу «правотроцкистского центра» производилось с грубейшими нарушениями социалистической законности. Многие протоколы допросов обвиняемых, очных ставок и другие процессуальные документы фальсифицировались. Путем угроз, насилия и обмана обвиняемых принуждали давать ложные показания на себя и других лиц, протоколы допросов и объяснения заранее составлялись и произвольно корректировались.
Бывший заместитель наркома внутренних дел СССР Фриновский, осужденный 3 февраля 1940 года за фальсификацию уголовных дел и массовые репрессии в заявлении от 11 апреля 1939 года указал, что работники НКВД СССР готовили арестованных к очным ставкам, обсуждая возможные вопросы и ответы на них. Подготовка заключалась в оглашении предыдущих показаний, данных о лицах, с которыми намечались очные ставки. После этого арестованного вызывал к себе Ежов или он сам заходил в комнату следователя, спрашивал у допрашиваемого, подтвердит ли он свои показания, и как бы между прочим сообщал, что на очной ставке могут присутствовать члены правительства. Если арестованный отказывался от своих показаний, Ежов уходил, а следователю давалось указание «восстановить» арестованного, что означало добиться от обвиняемого прежних ложных показаний.
Какими способами это достигалось, можно судить по заявлению профессора Плетнева, находившегося после присуждения двадцатипятилетнего срока во Владимирской тюрьме. В заявлении, датированном 10 декабря 1940 года и адресованном тогдашнему наркому внутренних дел Берии, говорилось: «…Весь обвинительный акт против меня — фальсификация. Насилием и обманом у меня вынуждено было «признание»… допросы по 15–18 часов подряд, вынужденная бессонница, душение за горло, угроза избиением привели меня к расстройству психики, когда я не отдавал ясного отчета в том, что совершил. Я утверждал и продолжаю утверждать, что ни в каких террористических организациях я ни в какой мере не повинен… За что я теперь погибаю? Я готов кричать на весь мир о своей невиновности. Тяжко погибать, сознавая свою невиновность…»
В заявлении на имя Прокурора СССР А. Я. Вышинского от 26 мая 1940 года Д. Д. Плетнев писал: «Когда я не уступал, следователь сказал буквально: «Если высокое руководство полагает, что вы виноваты, то хотя бы вы были правы на все сто процентов, вы будете все… виновны». «Я осужден по делу Бухарина на 25 лет, — в отчаянии обращался он к Ворошилову 15 января 1941 года, — то есть фактически на пожизненное заключение в тюремную могилу… Ко мне применялась ужасная ругань, угрозы смертной казнью, таскание за шиворот, душение за горло, пытка недосыпанием, в течение пяти недель сон по 2–3 часа в сутки, угрозы вырвать у меня глотку и с ней признание, угрозы избиением резиновой палкой… Всем этим я был доведен до паралича половины тела… Я коченею в окружающей меня лжи и стуже среди пигмеев и червей, ведущих свою подрывную работу. Покажите, что добиться истины у нас в Союзе так же возможно, как и в других культурных странах. Правда воссияет».
Она таки и воссияла. 4 февраля 1988 года пленум Верховного суда СССР отменил приговор Военной коллегии Верховного суда СССР от 13 марта 1938 года в отношении Бухарина, Рыкова и других подсудимых, включая «врачей-отравителей» Левина, Казакова, а также бывшего секретаря Куйбышева Максимова-Диковского. Новым рассмотрением дела установлено отсутствие в их действиях состава преступления.
Для чего же понадобилась Сталину версия об отравлении Куйбышева, Менжинского, Горького и его сына? Бывший генерал НКВД А. Орлов в книге «Тайная история сталинских преступлений» излагает следующую точку зрения на сей счет. По его мнению, процессом антисоветского «правотроцкистского блока» Сталин дал ответ тем зарубежным критикам, которые все упорнее ставили один и тот же каверзный вопрос: как объяснить тот факт, что десятки тщательно организованных террористических групп, о которых столько говорилось на двух первых московских процессах, смогли совершить лишь один-единственный террористический акт — убийство Кирова?
Действительно, факт одного лишь убийства был слабым местом всего грандиозного судебного спектакля. Чтобы достойно ответить на вызов, Сталин должен был указать поименно тех руководителей, которые погублены заговорщиками. Сталинский мозг действовал изощренно, он разрешил и эту проблему. Между 1934 и 1936 годами в Советском Союзе умерло естественной смертью несколько видных политических деятелей. Самыми известными из них были член Политбюро Куйбышев и председатель ОГПУ Менжинский. В тот же период умерли А. М. Горький и его сын Максим Пешков. Сталин решил использовать эти четыре смерти. Хотя Горький не был членом правительства и не входил в Политбюро, Сталин и его хотел изобразить жертвой террористической деятельности заговорщиков, надеясь, что это злодеяние вызовет возмущение народа, направленное против обвиняемых.