Сила новой армии в войне Святого престола с его светскими врагами подверглась испытанию в борьбе пап с Фридрихом II. В 1229 году всех францисканцев изгнали из Неаполитанского королевства как папских лазутчиков, возмущавших подданных императора. В 1234 году в Англии они собирали деньги для папы на продолжение борьбы с Фридрихом. Когда Григорий на Пасху 1239 года отлучил императора от церкви, он поручил донести свой эдикт до народа францисканцам. А когда Лионский собор в 1244 году низложил Фридриха, то огласить это решение было поручено доминиканцам. Фридрих всегда утверждал, что заговор на его жизнь в 1244 году был делом францисканцев, которые тайно проповедовали крестовый поход против него в его же собственных землях. Когда папе разными интригами удалось в 1246 году избрать вместо Фридриха римским королем Генриха Распе Тюрингенского, Иннокентий IV повелел францисканцам всемерно защищать его интересы. В 1248 году братья обоих орденов были снова посланы сеять смуту среди подданных Фридриха. Император ответил на это повелением не изгонять, как прежде, а сжигать нищенствующих. Однако нищенствующие монахи продолжали проповедовать крестовый поход против Фридриха, а после его смерти против его сына Конрада.
Со временем нищенствующие монахи начали вместо епископов сообщать народу папские распоряжения или приводить их в исполнение. Они представляли сеть невидимой полиции, охватившую всю Европу. Раньше, когда поступала в Рим жалоба на злоупотребления какого-либо прелата, составляли комиссию из двух-трех епископов или местных аббатов и поручали ей произвести следствие и представить отчет или реформировать церковь или монастырь, где было обнаружено злоупотребление. Вскоре эти важные обязанности стали поручаться одним только нищенствующим монахам, через которых папская власть давала знать о себе во всех епископских дворцах и во всех аббатствах Европы.
Нетрудно понять, что эта роль следователей, навязанная нищенствующим монахам, вызвала столкновение между новыми орденами и старым строем, который они стремились изменить. Впрочем, это было одним из незначительных поводов к антагонизму, проявившемуся в скором времени. Гораздо более серьезной причиной к несогласиям было предоставление нищенствующим монахам права проповеди и исповеди. Ленивые и чувственные, всецело поглощенные увеличением своих доходов, священники не заботились о душах своих прихожан и в то же время не допускали никакого постороннего вмешательства, которое могло бы сократить их доходы. В многолюдном Монпелье была всего только одна церковь, где можно было исповедоваться. В Иперне, имевшем до двухсот тысяч жителей, в 1247 году было только четыре приходские церкви.
В уставе доминиканцев 1228 года было обусловлено, что никто из братии не может проповедовать в епархии без согласия местного епископа и что проповедник не должен обличать пороки духовенства. В уставе св. Франциска это было также предусмотрено. Но когда в 1227 году Григорий IX ознаменовал свое вступление на папский престол предоставлением обоим орденам права проповедовать, исповедовать и отпускать грехи повсеместно, странствующие монахи, вопреки своим уставам, постепенно захватили все приходы и взяли на себя все заботы о душах людей к великому неудовольствию местного духовенства, которое из-за этого теряло свои главные доходы и влияние.
Еще более увеличивало поводы к столкновениям то обстоятельство, что миряне повсюду оказывали самый лучший прием пришельцам и предпочитали их своим священникам. Горячность их проповеди и слава их святости привлекали народ толпами и к кафедре, и к исповедальне. Они были несравненно более ловкими руководителями душ, чем их нерадивые соперники из белого духовенства, и народ думал, что наложенная ими епитимия более приятна Богу, а данное ими отпущение грехов более действенно. Духовенство утверждало, что они были обязаны своим успехом индульгенциям, но монахи не без основания возражали на это, что миряне приглашают их, а не священников к себе и своим женам главным образом потому, что приходские священники — пьяницы и развратники.