Прибывая куда-нибудь, брат сейчас же ставил свой переносной алтарь. Если кающиеся толпились около исповедальни, он оставался в населенном пункте на несколько дней, а иногда поселялся навсегда. Если в местности жило много людей, то к нему присоединялись другие братья. Благочестивые люди щедро одаривали их; они строили скромную часовню, затем монастырь и, наконец, целый ряд зданий, которые затмевали приходскую церковь и привлекали к себе людей. Мало того, умирающие в последние минуты жизни облекались в рясу нищенствующих монахов, завещая свое тело братьям и делая их своими наследниками; отсюда возникали новые ссоры, обострявшиеся все более и более и напоминавшие ссоры хищников над падалью. В Пампелуне в 1247 году несколько покойников оставались долгое время непогребенными из-за горячих споров между канониками и францисканцами. Когда согласились делить бренные останки, доля приходских священников колебалась в пределах от половины до четверти; но это соглашение дало только повод к новым пререканиям. Почти всегда, когда дело доходило до явного разрыва, папа Иннокентий IV решал дело в пользу монахов.
Правда, в конце своего правления в ноябре 1254 года Иннокентий IV неожиданно издал буллу в пользу белого духовенства. Монашествующим орденам запрещалось допускать в свои церкви в воскресные и праздничные дни прихожан других церквей; они не имели права исповедовать без особого на то разрешения приходских священников; они не должны были говорить проповедей в своих церквах перед обедней, чтобы не отвлекать молящихся от приходских церквей; наконец, они не должны были проповедовать в этих церквах, когда там проповедовали сами епископы или кто-либо по их поручению. Для монашествующих орденов эта булла была поистине ужасна, так как одним ударом уничтожала здание, воздвигнутое ценой стольких трудов и лишений.
Смерть Иннокентия стала для них настоящим спасением. Новый папа Александр IV был всецело на стороне орденов. 31 декабря, через десять дней после своего избрания, он обратился к обоим орденам с грамотами, прося их молитв и предстательства за него перед Богом; в тот же день особой энцикликой он отменил «ужасную буллу» Иннокентия и признал ее не имеющей силы. Кроме того, Александр предложил всем проповедникам воздерживаться от нападок на нищенствующих под угрозой потери своих бенефиций.
Победа нищенствующих монахов была полная. Это возбудило против них глубокую вражду всего духовенства, которое боялось за свои привилегии, богатства и авторитет и понимало, что новая папская милиция окончательно подчинит его Риму и лишит последней независимости. При этом нужно сказать, что доминиканцы и францисканцы совершенно не имели высоких добродетелей, которыми отличались их основатели. Лишь только ордены стали распространяться, как появились лжемонахи, смеющиеся над обетом бедности и пользующиеся проповедью как источником для грязных доходов. В 1233 году папа Григорий IX был вынужден строго напомнить главному капитулу доминиканцев, что бедность, проповедуемая орденом, должна быть действительной, а не притворной. Постоянное употребление папами братьев в качестве политических лазутчиков, естественно, отвлекало их от их духовных обязанностей, привлекало в их среду людей честолюбивых и неспокойных и, наконец, наложило на эти ордены светский характер, совершенно противоположный их первоначальной идее.
«Ангельская религия» францисканцев была подвержена всем печальным превратностям человеческой слабости. Это обнаружилось еще при жизни св. Франциска, который сложил с себя обязанности генерала ордена вследствие злоупотреблений, которые начали проявляться; причем он заявил, что согласился бы оставаться генералом ордена, если бы братья следовали по указанному им пути. Столкновения между теми, кто вступал в орден по убеждению, и теми, кто вступал в него из честолюбия, были неизбежны. Св. Франциску не нужно было быть пророком, чтобы предсказать на смертном одре близкие соблазны, междоусобные распри и преследование тех, кто не пожелает разделять заблуждения. Это предчувствие исполнилось с поразительной точностью, равно как и другое предсказание святого — о том, что скоро наступит день, когда орден будет настолько обесчещен, что членам его будет стыдно показываться среди народа. Преемник Франциска Илия сильно подвинул развитие ордена, но в направлении, противоположном тому, которое было дано ему первоначально. Самый ловкий и хитрый политик Италии, он увеличил влияние и деятельность францисканцев до таких пределов, что нарушения устава, ставшие очень частым явлением, так сильно смутили членов братии, что они принудили Григория IX сменить Илию.