Во все концы России было разослано «высочайшее распоряжение» с приказом срочно прислать в Петербург по типичной молодой паре представителей всех перечисленных выше народностей. Академии наук было поручено составить подробное описание этих народностей: «их платья, в чем ходят, и гербов на печатях или на других на чем и на каких скотах ездят», а также их оружия, музыкальных инструментов и национальных кушаний. Кроме того, Академии предлагалось срочно представить описание и зарисовки следующих народов, персонажей и животных: «пастуха с его убором, из народов кроме России и Европы», «одного осла, одного оленя», «индейского, епонского, монгольского, китайского воинов с копьем, в их приборах», «музыкантов, со описанием их игры, от тех же народов», «водолаза одного», «Бахуса изобразить», «эпонцев, манзуров, мунгальцев, контошинцев, киргисцов, калмык, каракалпаков и жен их по одному написать», «лошака», «осинского народа, которые под владением Грузи, по одному мужской и женской персоны и музыкантов их», «малых детей манжуров, одетых в пестрых странных одеяниях», «купидку одну плачущую», «сатирку, во всем изображении» и т. д. Все эти описания и зарисовки производились в Кунсткамере и по ее материалам.
Из музея было затребовано большое количество костюмов, музыкальных инструментов, оружия и различной утвари, главным образом сибирских народностей.
В эти костюмы, переделанные без учета этнографических особенностей придворными художниками, были наряжены приехавшие «инородцы», которые и должны были составить шуточный свадебный поезд. Для этого они были рассажены попарно в фантастические сани и колымаги, запряженные верблюдами, волами, оленями, собаками и даже свиньями, которые двигались под различную национальную музыку за женихом и невестой, восседающими в железной клетке на слоне.Несколько месяцев спустя Кунсткамера получила лишь часть выданных ею коллекций в попорченном и измененном виде. Целый ряд экспонатов, в частности 8 чувашских и мордовских костюмов с вышивкой, 1 «птичья шуба», колпак лапландский, так же как и многие другие, были безвозвратно утеряны.
К началу 1740-х гг. в Кунсткамере оказалось сосредоточенным громадное количество всевозможных экспонатов, насущно требовавших классификации. Еще в бытность в Кикиных палатах коллекции суммарно разделялись на 3 группы: Кунст-кабинет, Натур-кабинет и Мюнц-кабинет. С переездом в новое здание появились еще два отделения: Императорский кабинет и Физический кабинет с обсерваторией. Последний по существу являлся хранилищем физической и астрономической аппаратуры, предназначенной для научных опытов, однако одновременно считался и отделом или, вернее, подотделом музея, так как при описании его вошел в состав Кунсткамеры. При посещении Кунсткамеры почетными посетителями им обычно показывали обсерваторию и Физический кабинет, где академические профессора демонстрировали различные «куриозные эксперименты».
Однако несмотря на то что коллекции с каждым годом возрастали, а систематизация, каталогизация и экспозиция производились крупнейшими учеными, сдвиги, происшедшие в русской науке, получили отражение в экспозиции музея не ранее конца 60-х — начала 70-х годов XVIII в. Виной тому был пожар, уничтоживший часть коллекций и затормозивший дальнейшее развитие этого музея более чем на два десятилетия.
В декабре 1747 г., в 5-м часу утра, дежурный часовой при Кунсткамере Евсей Ленин заметил огненные языки под кровлей здания.
Занялась и быстро запылала башня и западное крыло, где были сосредоточены музейные коллекции. Вызванные на подмогу солдаты из гарнизонного и лейб-гвардейского пехотного полков, академические служащие и василеостровские жители всю ночь работали по спасению книг и экспонатов. Они выносили их через окна и двери, с верхних этажей спускали на веревках, а небьющиеся предметы и книги просто кидали в снег перед зданием. Таким путем была спасена большая часть библиотеки и музейных экспонатов, хранившихся в нижних этажах, на которые пожар не распространился. Из коллекций верхнего этажа сохранился лишь Императорский кабинет.
Работы по восстановлению здания проводились по проекту и под руководством архитектора С. Чевакинского, откомандированного Сенатом из Адмиралтейского ведомства по просьбе Академии наук.
В первую очередь была перестроена башня в соответствии с требованиями астронома Гришова. Затем был разобран старый и устроен новый карниз, большие фронтоны заменены малыми с деревянными резными вставками, были установлены вазы и фигуры амуров наверху здания.
За исключением башни, все работы, в том числе и лепные работы Джани, были выполнены в 1757 г,
В 1758 г. основные строительные работы по восстановлению и реконструкции здания Кунсткамеры были закончены.
Сохранившиеся после пожара экспонаты и собранные в течение последних одиннадцати лет, в период восстановления здания, были опять помещены в Кунсткамеру и стали доступны для изучения.