28 апреля Петр с семью ротами Преображенского и Семеновского полков на 60 лодках отправился вниз по Неве «для осматривания невского устья и для занятия оного от прихода неприятельского с моря». В эту разведку Петр впервые имел возможность познакомиться с местом основания новой крепости и города. Оставив на острове Витусаари (позднее Гутуевский) заставу из трех рот, он 29 апреля вернулся в лагерь под Ниеншанцем. Ко времени возвращения Петра осадные работы были закончены и батареи возведены. 30 апреля Шереметев послал к коменданту Ниеншанца парламентеров с предложением сдаться. После отказа шведов, с вечера 30 апреля началась артиллерийская стрельба, продолжавшаяся до рассвета 1 мая. На рассвете шведы заявили о согласии сдаться. Начались переговоры о сдаче. К полудню они были закончены. По условиям сдачи в руки русских переходили вся артиллерия и военное имущество крепости. Гарнизон и жители города отпускались в Выборг. 2 мая после благодарственного молебна «за оную полученную над неприятелем победу о взятии крепости, а наипаче, что желаемая морская пристань получена», русские войска вошли в крепость и город, а шведский гарнизон и городские жители были выведены из Ниеншанца и поставлены у Невы, откуда 9 мая они были отпущены в Выборг.
Таким образом, вся ниеншанцская операция, начиная с выступления корпуса Шереметева и кончая капитуляцией крепости, заняла всего 8 дней.
Подавляющее превосходство русских сил определило столь быстрый успех. Но легкость, с какой досталась в руки Петра крепость, ни в какой мере не означала, что Нева уже прочно закреплена за русскими. Шведская угроза со стороны моря продолжала висеть над тем сухопутным войском, какое появилось близ устья Невы. Петр это превосходно понимал, что он и доказал своей разведкой взморья, произведенной накануне взятия Ниеншанца. Его опасения подтвердились. Вечером 2 мая к Петру прибыл посланный от начальника заставы на Витусаари с извещением, что на взморье появилась шведская эскадра, состоявшая, как выяснилось впоследствии, из 9 судов под командованием Нумерса. Шведский адмирал двумя пушечными выстрелами дал знать о своем прибытии гарнизону Ниеншанца, о судьбе которого он, конечно, не подозревал.
С целью обмануть шведов Шереметев приказал ответить двумя же выстрелами из русского лагеря и повторять этот сигнал ежедневно утром и вечером. Шведы поддались обману и спокойно оставались на взморье. 6 мая от шведской эскадры отделились бот «Гедан» и шнява «Астрель», направились к Неве и стали в ней недалеко от устья.
Шведы неоднократно посылали матросов за лоцманами. Но всех посыльных ловили русские гвардейцы, специально для этого поставленные.
5 мая прибыл гонец, доложивший, что два корабля из шведской эскадры, подошли к самой Неве и стали на якорях. Было решено плыть на лодках на разведку. Снарядили 30 лодок. На передней лодке плыл сам царь Петр. Вместе с ним был старый рыбак. Старик сообщил, что к взморью есть два пути: по небольшой речке (Фонтанке) и прямо по Неве, мимо Лосьего (Васильевского) острова. Решили разделиться. 17 лодок во главе с Меншиковым пошли по Фонтанке, а остальные 13 во главе с Петром поплыли напрямик, прячась у лесистых берегов Лосьего острова.
Приблизившись к шведским кораблям, «лодочная флотилия» затаилась: стали ждать темноты... Наконец набежала небольшая тучка, закропил дождик. Петр махнул рукой и атака началась.
Часовые на восьмипушечном «Астреле» и десятипушечном адмиральском боте «Гедан» мирно дремали. Стук весел сливался со звуком дождя, поэтому лодкам удалось подойти очень близко, когда их все-таки заметили.
С «Астреля» послышался ружейный залп. Еще один. Но в суматохе шведы не могли как следует прицелиться. Прямо на палубе взрывались гранаты.
Одним из первых на «Астрель» влез «бомбардир-капитан» огромного роста, с топором и гранатой в руках. За ним лезли преображенцы... Жестокая, быстрая схватка и «Астрель» в руках Петра I. А в это время Меншиков захватил «Гедан».