Штаб МПВО города включает Адмиралтейство в число объектов, подлежащих маскировке. Небольшая бригада архитекторов: Н. Навроцкая, Ю. Гремячинская, Ф. Олейник и художник К. Фантгоф в августе 1941 г. предложили проект, по которому хорошо знакомые сверху очертания плана Адмиралтейства должны были быть искажены до неузнаваемости.
«Длинная сторона фасада Адмиралтейства, обращенная к саду, декорируется под парк: на крыше проводится дорожка, дымовые трубы и слуховые окна декорируются под кусты и деревья, силуэту крыш в плане, путем набивки дополнительных козырьков, придается извилистая форма, а сама крыша и стены здания раскрашиваются под зелень пятнами из зеленой, желтой и черной красок, которые на расстоянии читаются аллеей деревьев, подобно существующему саду. Башня маскируется в конусообразную форму зелени, которая сверху может быть принята за большую клумбу, а для аналогии в парке фонтан декорируется аналогичным башне образом под клумбу, равную по размеру в плане — башне.
…Павильон, обращенный в сторону Зимнего дворца, маскируется под жилой дом, который сливается в ряд существующих жилых домов».
Однако висячие и нарисованные «сады» на месте Адмиралтейства вряд ли могли замаскировать этот объект, на который ведут три луча главных улиц города и место которого безошибочно может быть определено на рисунке дельты Невы.
Поэтому здание Адмиралтейства решено было не маскировать, но нужно было немедленно убрать блеск золотого шпиля и купола. Ведь Адмиралтейский и Петропавловский шпили, купол Исаакиевского собора, благодаря своим ослепительным, горящим золотом бликам, загоравшимся в солнечных лучах и мерцавшим на сером фоне пасмурного неба, видны были за десятки километров. А немцы подходили всё ближе к Ленинграду. По этим ясным шпилям и куполам им легко было корректировать свою стрельбу по городу, створы высотных точек давали немцам возможность точной ориентировки.
Штаб МПВО города поручил маскировку шпилей и куполов города Государственной инспекции по охране памятников. Архитектор С. Давыдов сумел организовать группу альпинистов, которые, подобно Телушкину, взялись одеть Адмиралтейский шпиль в маскировочный халат без всяких лесов.
Инициатива архитектора О. Шилиной не красить поверхность шпиля, а покрыть его маскировочным чехлом из мешковины спасла позолоту и сберегла ее до победного дня завершения войны.
Первая задача — укрепление блока на вершине шпиля — была решена остроумно с помощью воздушных шариков-попрыгунчиков. На таких шарах поднялся к вершине шпиля верхолаз, лейтенант В. Судаков, и прочно укрепил блок, перекинув через него канат. Ну а дальше, когда был из мешковины в Адмиралтейской швальне сшит чехол, — им и были обтянуты грани золотого шпиля и купола ловкими руками верхолаза О. Фирсовой, бесстрашно сидевшей на высоте на тонкой доске, подвешенной на петлях к блоку.
В декабре 1941 г. на крышу и дворы Адмиралтейства было сброшено с вражеских самолетов несколько зажигательных бомб, к счастью не давших ожидаемого эффекта. В Адмиралтействе не возникло пожаров. Тогда же в вестибюль главного подъезда попал снаряд и повредил фигуру Афины.
Днем 4 апреля 1942 г. вражеская бомба, сброшенная с самолета, попала в угол парапета башни. Две фигуры из числа двадцати восьми уничтожены и две искалечены до неузнаваемости, десять других изранены осколками.
Бомбы, сброшенные ночью 25 января 1943 г. вблизи Адмиралтейства, привели к разрушению части живописных плафонов зала Адмиралтейского Совета.
Снаряд в декабре 1941 г. попал внутрь вестибюля Главного подъезда и ранил чудесную фигуру Афины, гордо возвышавшуюся на своем пьедестале у лестницы.
За все дни блокады города на Адмиралтейство и территорию, непосредственно его окружающую, было сброшено 18 фугасных бомб с самолета и 58 снарядов дальнобойной вражеской артиллерией. Значительный ущерб, нанесенный зданию, мог бы быть еще значительней, если бы не самоотверженная работа аварийно-восстановительной группы Адмиралтейства. Сотни квадратных метров разрушенных стропил и кровли восстанавливались, несмотря на стужу, зимой, и работа продолжалась в долгие белые вечера летом, дабы весенние или осенние дожди не погубили потолков десятков ценных помещений. Флот строил Адмиралтейство, и Флот его оберегал.
Особенной заботе подвергалось художественное убранство. Известный и старейший реставратор, художник В. Щербаков, в застывших громадных залах Адмиралтейства, высоко, на примитивно сколоченных лесах, обогревая руки об электрическую лампочку, в 1942 и 1943 гг. снимал на кальку всю старинную роспись, дабы сохранить точные очертания контуров.
На цветовых эталонах — фрагментах росписи в натуральную величину в цвете — запечатлевались подлинные цвета живописных плафонов. Кальки росписи были важнейшим документом при последующей реставрации живописи в 1944 г.