Он слишком мало обращал внимания на общественное мнение и редко отвечал на клевету, которая так безжалостно умножала реальность его недостатков. Он был полон решимости построить сильное государство и считал, что это невозможно сделать христианскими средствами. Его использование традиционных инструментов государственного управления — пропаганды, обмана, интриг, дисциплины, войны — должно было оскорбить тех, кто предпочитал христианскую церковь сильной, и тех, кому было выгодно, чтобы папство и папские государства были дезорганизованы и слабы среди римской знати и итальянских держав. Изредка Александр останавливался, чтобы оценить свою жизнь по евангельским стандартам, и тогда он признавал себя симонистом, блудником и даже — через войну — губителем человеческих жизней. Однажды, когда казалось, что его счастливая звезда внезапно упала, и весь его гордый и счастливый мир был разрушен, он потерял свой макиавеллистский аморализм, признался в своих грехах и поклялся исправить себя и Церковь.
Своего сына Джованни он любил даже больше, чем дочь Лукрецию. Когда Педро Луис умер, Александр позаботился о том, чтобы Джованни получил герцогство Гандия в Испании. Мальчика было легко полюбить, он был так красив, добродушен, весел. Влюбленный отец не понял, что юноша создан для Эроса, а не для Марса; он сделал его генералом, а молодой полководец оказался некомпетентным. Джованни считал, что красивая женщина дороже захваченного города. 14 июня 1497 года он ужинал со своим братом Цезарем и другими гостями в доме своей матери Ваноццы. Когда они возвращались, Джованни расстался с Цезарем и остальными, сказав, что хочет навестить одну знакомую даму. Больше его никогда не видели живым. Когда его исчезновение было замечено, встревоженный Папа поднял тревогу. Лодочник признался, что видел тело, брошенное в Тибр в ночь на 14-е; на вопрос, почему он не сообщил об этом, он ответил, что за свою жизнь видел сотню подобных случаев и научился не беспокоиться о них. Реку переплыли, нашли тело, проткнутое в девяти местах; очевидно, на молодого герцога напали несколько человек. Александр был так сломлен горем, что закрылся в отдельной комнате и отказался от еды, а его стоны были слышны на улице.
Он приказал найти убийц, но, возможно, вскоре смирился с тем, что дело так и останется загадкой. Тело было найдено неподалеку от замка Антонио Пико делла Мирандола, чью хорошенькую дочь якобы соблазнил герцог; многие современники, например мантуанский посол Скалона, приписывали смерть бандитам, нанятым графом; и это объяснение до сих пор остается самым вероятным.49 Другие, в том числе флорентийский и миланский послы в Риме, приписывали преступление какому-то члену клана Орсини, в то время враждовавшему с Папой.50 Некоторые скандалисты утверждали, что Джованни занимался любовью со своей сестрой Лукрецией и был убит прислужниками ее мужа Джованни Сфорца.51 В то время никто не обвинял Цезаря Борджиа. Двадцатидвухлетний Цезарь, очевидно, был в лучших отношениях с братом; он был кардиналом и двигался по своей собственной линии; только через четырнадцать месяцев он обратился к военной карьере; он не извлек никакой выгоды из смерти брата; он вряд ли мог предположить, что Джованни оставит его по дороге домой из Ваноццы. Александр, не подозревая Цезаря, назначил его душеприказчиком Джованни. Первое известное упоминание о Цезаре как о возможном убийце встречается в письме феррарского посла Пиньи от 22 февраля 1498 года, через восемь месяцев после события. Только после того, как Цезарь показал свой характер во всей его безжалостной силе, народное мнение связало его с преступлением; тогда Макиавелли и Гвиччардини согласились возложить вину на него. Возможно, он был способен на это на более позднем этапе своего развития, если Джованни противостоял ему в какой-то жизненно важной политике; но в этом конкретном убийстве он был почти наверняка невиновен.52