В январе 1500 года Цезарь со своей армией перевалил через Апеннины и подошел к Форли. Имола сразу же сдалась его наместнику, и жители Форли распахнули ворота, чтобы приветствовать его; но Катерина Сфорца, как и двенадцать лет назад, мужественно удерживала цитадель со своим гарнизоном. Цезарь предложил ей легкие условия, но она предпочла сражаться. После непродолжительной осады папские войска прорвались в рокку и предали защитников мечу. Катерину отправили в Рим и поселили как невольную гостью в Бельведерском крыле Ватикана. Она отказалась сложить с себя право управлять Форли и Имолой; попыталась бежать, и ее перевели в Сант-Анджело. Через восемнадцать месяцев ее освободили, и она поступила в женский монастырь. Она была храброй женщиной, но весьма вирагообразной.62 «Она была феодальной правительницей худшего типа, и в ее владениях, как и в других местах Романьи, Цезарь считался мстителем, которому Небо поручило исправить вековой гнет и несправедливость».63
Но первый триумф Цезаря был недолгим. Его иностранные войска взбунтовались, потому что у Цезаря не хватало средств на их оплату; их едва удалось успокоить, когда Людовик XII отозвал французский отряд, чтобы помочь ему вернуть Милан, который на мгновение отвоевал Лодовико. Цезарь повел оставшуюся армию обратно в Рим и получил почти все почести победоносного римского полководца. Александр радовался успехам сына; «Папа, — сообщал венецианский посол, — весел как никогда».64 Он назначил Цезаря папским наместником в завоеванных городах и стал с любовью прислушиваться к советам сына. Поступления от юбилея и продажи красных шапок пополнили казну, и теперь Цезарь мог планировать вторую кампанию. Он предложил Паоло Орсини убедительную сумму, чтобы тот присоединился к папским войскам со своими вооруженными людьми; Паоло пришел, и несколько других вельмож последовали его примеру; этим ловким маневром Цезарь увеличил свою армию и защитил Рим от набегов баронов на время отсутствия папских войск за Апеннинами. Возможно, с помощью подобных же уговоров и обещания добычи он заручился услугами и солдатами Джанпаоло Бальони, повелителя Перуджи, и привлек Вителлоццо Вителли для командования артиллерией. Людовик XII прислал ему небольшой полк улан, но Цезарь больше не зависел от французских подкреплений. В сентябре 1500 года, по настоянию Александра, он атаковал замки, занятые враждебными Колонна и Савелли в Лациуме. Один за другим они сдавались. Вскоре Александр получил возможность совершить безопасное и триумфальное путешествие по регионам, давно потерянным для папства. Везде его встречали с восторгом,65 ведь феодальные бароны не пользовались любовью своих подданных.
Когда Цезарь отправился в свой второй крупный поход (октябрь 1500 года), у него была армия в 14 000 человек, а также свита поэтов, прелатов и проституток для обслуживания его войск. В ожидании его прибытия Пандольфо Малатеста покинул Римини, а Джованни Сфорца бежал из Пезаро; оба города встретили Цезаря как освободителя. В Фаэнце Асторре Манфреди оказал сопротивление, и народ преданно поддержал его. Борджиа предложил щедрые условия, Манфреди их отверг. Осада длилась всю зиму; в конце концов Фаэнца сдалась, пообещав Цезарю снисхождение ко всем. Он красиво обращался с горожанами и так тепло хвалил решительную оборону Манфреди, что побежденный, видимо, влюбился в победителя и остался с ним в качестве члена его штаба или свиты. Так же поступил и младший брат Асторре, хотя оба были вольны отправиться туда, куда пожелают.66 В течение двух месяцев они следовали за Цезарем во всех его странствиях, и к ним относились со всем уважением. Но вдруг, достигнув Рима, они были брошены в замок Сант-Анджело. Там они пробыли год; затем, 2 июня 1502 года, их тела были выброшены в Тибр. Что заставило Цезаря — или Александра — осудить их, неизвестно. Как и сотни других странных событий в истории Борджиа, этот случай остается загадкой, которую могут разгадать только несведущие.