Теперь Александр мог в полной мере выразить свой гнев по поводу заговора против его сына и отвоеванных городов Церкви. Он утверждал, что у него есть доказательства того, что кардинал Орсини вместе со своими родственниками замышлял убийство Цезаря;75 Он приказал арестовать кардинала и еще нескольких подозреваемых (3 января 1503 года); он захватил дворец кардинала и конфисковал все его имущество. Кардинал умер в тюрьме 22 февраля, вероятно, от волнения и истощения; в Риме предполагали, что папа отравил его. Александр посоветовал Цезарю полностью искоренить Орсини из Рима и Кампаньи. Цезарь не был столь озабочен; возможно, он тоже был измотан; он откладывал возвращение в столицу, а затем с неохотой отправился в путь.76 осаждать могущественную крепость Джулио Орсини в Цери (14 марта 1503 года). В этой осаде — а возможно, и в других — Борджиа использовал некоторые из военных машин Леонардо; одной из них была подвижная башня, вмещавшая триста человек и способная подниматься на вершину вражеских стен.77 Джулио сдался и вместе с Цезарем отправился в Ватикан просить мира; папа даровал его при условии, что все замки Орсини на папской территории будут переданы церкви; так и было сделано. Тем временем Перуджа и Фермо спокойно приняли губернаторов, присланных им Цезарем. Болонья все еще оставалась неискупленной, но Феррара с радостью приняла Лукрецию Борджиа в качестве своей герцогини. Если не считать этих двух крупных княжеств, которые будут занимать преемники Александра, отвоевание папских земель было завершено, и Цезарь Борджиа в двадцать восемь лет оказался правителем королевства, равного по размерам на полуострове только Неаполитанскому королевству. По общему мнению, теперь он был самым выдающимся и могущественным человеком в Италии.
Некоторое время он оставался в Ватикане в непринужденной тишине. Мы должны были ожидать, что в этот момент он пошлет за своей женой, но он этого не сделал. Он оставил ее с семьей во Франции, и она родила ему ребенка во время его войн; иногда он писал ей и посылал подарки, но больше он ее не видел. Герцогиня де Валентинуа вела скромную и уединенную жизнь в Бурже или в замке Ла-Мотт-Феуи в Дофине, с надеждой ожидая, что за ней пришлют или что ее муж приедет к ней. Когда он был разорен и покинут, она пыталась прийти к нему; когда он умер, она завесила свой дом черным и оставалась в трауре по нему до самой смерти. Возможно, он послал бы за ней позже, если бы ему дали больше нескольких месяцев покоя; скорее всего, он рассматривал этот брак как чисто политический и не испытывал никаких обязательств по нежности. По-видимому, в нем была лишь малая толика нежности, и большую ее часть он хранил для Лукреции, которую любил так сильно, как только можно любить женщину. Даже когда он спешил из Урбино в Милан, чтобы обойти своих врагов с Людовиком XII, он значительно отклонился от своего пути, чтобы навестить свою сестру в Ферраре, которая в то время была опасно больна. Возвращаясь из Милана, он снова остановился там, держал ее на руках, пока врачи пускали ей кровь, и оставался с ней до тех пор, пока она не вышла из опасности.78 Цезарь не был создан для брака; у него были любовницы, но недолго; он был слишком поглощен волей к власти, чтобы позволить какой-либо женщине войти в его жизнь.
В Риме он жил уединенно, почти скрытно. Он работал по ночам, а днем его редко видели. Но он много работал, даже в этот период кажущегося отдыха; он внимательно следил за своими ставленниками в государствах Церкви, наказывал тех, кто злоупотреблял своим положением, одного ставленника предал смерти за жестокость и эксплуатацию, и всегда находил время встретиться с людьми, которые нуждались в его указаниях по управлению Романьей или поддержанию порядка в Риме. Те, кто его знал, уважали его проницательный ум, способность вникать в суть дела, использовать любую возможность, которую предоставлял случай, и принимать быстрые, решительные и эффективные меры. Он был популярен среди своих солдат, которые втайне восхищались спасительной строгостью его дисциплины. Они высоко ценили взятки, уловки и обман, с помощью которых он уменьшал число и упорство врагов, а также количество сражений и потерь в войсках.79 Дипломаты с досадой обнаружили, что этот стремительный и бесстрашный молодой генерал способен перехитрить их и уличить в самых тонких хитросплетениях, а в случае необходимости может сравниться с ними по обаянию, такту и красноречию.80