Вывезенных с гор Тянь-Шаня монахов отправили в город Бийск. Здесь неподалеку от города была разрушенная деревенька с сохранившейся церковью. Они построили себе землянки и стали служить в церкви по монастырскому уставу. Вскоре была амнистия.
Братии многим достались паспорта, о. Мисаилу – «волчий билет», разрешавший жить в каком-либо населенном пункте не более трёх недель. Стал он переезжать из города в город по всей Средней Азии. Вскоре, устав от бесконечных переездов, он ушёл в бега. Был объявлен во всесоюзный розыск. О. Мисаил узнал об этом позже, иначе бы не отправился тайно в родной Оренбург. Находясь на квартире у сестры, о. Мисаил обнаружил, что дом оцеплен. Едва сумел скрыться, выйдя из дома, надев поверх рясы женское пальто, а на голову накинув платок.
Где только не пришлось скрываться о. Мисаилу от ищущих его солдат. На чердаке в сене, которое прокалывали штыками, в коптильне, в колодце, в овраге. Один раз под койкой, на которой сидел энкаведешник, который допрашивал хозяев.
– Вот проклятый одноглазый поп! – жаловался он. – На него всесоюзный розыск объявлен, а мы не можем его схватить.
В 1955 году о. Мисаил благополучно вернулся в Среднюю Азию. Там его всё-таки арестовали. Епископ Ташкентский Ермоген (Голубев, 1896—1978 годы жизни), взяв его на поруки, отправил в Пржевальск. С 1955 по 1956 год о. Мисаил был псаломщиком Троицкой церкви города Пржевальска Иссык-Кульской области.
О своей дальнейшей судьбе отец рассказывал так:
– В начале 1956 года владыка Ермоген (Голубев) с сопроводительным письмом отправил меня в Москву к Патриарху Алексию I (Симанскому, 1877—1970 годы жизни). Девять дней прожил я у Святейшего в Чистом переулке, а потом, по его благословению, уехал в Одессу. С марта 1956 года пребывал в числе братии Свято-Успенского монастыря города Одессы на различных послушаниях, в том числе – помощником уставщика и келейником митрополита Нестора (Анисимова, 1885—1962 годы жизни) и архиепископа Даниила (Юзвьюка, 1880—1965 годы жизни).
Шёл 1956 год. В этот год многие репрессированные архипастыри возвращались из мест заключения. Время было тревожное, но светлая память о сотнях, тысячах наших братьев во Христе, пострадавших за веру, отнимала у нас страх и вселяла упование на что-то светлое впереди.
Только приехал о. Мисаил в Одессу, звонит из Москвы Даниил Андреевич Остапов, с детских лет бывший келейником у Патриарха Алексия I, и даёт задание: встретить прибывающего из тюрьмы владыку Даниила (Юзвьюка).