Одновременно с процессом создания пьесы шли работы по оформлению спектакля. Декорации были поручены Александру Александровичу Осмеркину, яркому, жизнерадостному художнику, влюбленному в Пушкина и прожившему два лета в Михайловском. Уже были выполнены эскизы костюмов и чудесные макеты декораций. Написать музыку уговорили С. С. Прокофьева. Это было довольно трудно. С. С. решительно отказывался работать над "Евгением Онегиным" после Чайковского. На чтение пьесы он пришел мрачный, недовольный, сел в кресло в дальнем углу огромного таировского кабинета, первые сцены слушал, глядя себе под ноги. Потом незаметно для себя стал двигаться вместе с креслом по диагонали прямо на Кржижановского. По окончании чтения включался в разговор, спор - и окончил тем, что дал согласие на музыкальное сопровождение, уже увлеченный какими-то одному ему известными творческими возможностями. Написанные им музыкальные фрагменты были ярки, оригинальны, особенно интересны контрасты музыки провинциального оркестра на именинах Татьяны и холодной, чинной - на петербургском рауте.
Беспокоясь за судьбу постановки и желая обеспечить ей наилучшие условия, Таиров решил провести еще одно чтение - с пушкинистами. Присутствовали Вересаев, Цявловский, Бонди. Мнения разделялись в частностях, но серьезность и ответственность работы признавалась всеми. Вересаева пугали новшества, Бонди их охотно принимал. Некоторые из замечаний пушкинистов все же пришлось учесть. Упрямый в вопросах переделки, Кржижановский уступил на этот раз просьбам Таирова и написал второй вариант. Гораздо хуже дело обстояло с реперткомом. По настоянию его пришлось делать третий и четвертый варианты. Они уже не радовали С. Д. Пьеса от раза к разу становилась все хуже, приближаясь к обычным, стандартным инсценировкам.
Несмотря на принятые меры предосторожности беда все же пришла, но не оттуда, откуда ждали. Театр не пользовался вниманием правительства и высшей администрации. Высшие чины сюда редко заглядывали. В театрах, посещаемых представителями власти, для высоких гостей устраивали отдельный вход, особенно там, где бывал Сталин. Таиров не искал высоких посещений, придерживаясь мудрой философии грибоедовской Лизы: "Ах, от господ подале. У них беды себе на всякий час готовь".
Жизнь в театре шла своим чередом, готовилась постановка комической оперы Бородина "Богатыри". Декорации были написаны мастерами Палеха. В труппе были актеры с хорошими вокальными данными. Спектакль обещал быть интересным.
На генеральную репетицию нежданно-негаданно приехал Молотов. Бородин, создавший глубоко патриотический бессмертный образ князя Игоря, задумал отразить некоторые черты древних богатырей в шутливом плане. Молотов в комическом разрезе образов богатырей увидел умаление русского духа, русского патриотизма, что представлялось ему опасным при создавшейся политической обстановке. На следующий день последовало запрещение спектакля. Пошли слухи о готовящемся закрытии театра, якобы не отвечающего своим репертуаром требованиям времени. В труппе царила паника. Рассказывали, что Алиса Георгиевна ездила к жене Молотова хлопотать о театре. Неизвестно кем инспирированная, появилась в газете статья, посвященная творчеству Коонен. О ней писали как о лучшей трагической актрисе современности.
Таиров метался, разыскивая пьесу для замены "Богатырей". Поставили "Дети солнца" Горького с Коонен в заглавной роли. Слухи о закрытии театра постепенно рассеивались, но в труппе еще долго держался страх. О постановке "Евгения Онегина" не могло быть и речи. Захлопнулась еще одна калитка.
Пронесшаяся было над театром гроза все же разразилась, но много позже. Театр вернулся из эвакуации, торжественно отпраздновал сорокалетие своего существования. Храпченко, как представитель власти, произнес прочувствованную речь, воздав хвалу театру и Таирову, а через два года Александр Яковлевич, отставленный от руководства, был вынужден уйти из театра. Вместе с ним ушла и Коонен. Оставались здание, сцена, кулисы, оставалась труппа, но ушел великий мастер, и театр потерял имя, потерял лицо.