После прихода к руководству академией Тухачевского и переименования ее в Академию РККА, Снесарев формально понижается в должности – теперь он совмещает руководство восточным факультетом и факультетом военной географии и статистики. Однако он продолжает разрабатывать курсы лекций, начинает работу в Военно-исторической комиссии, в Высшем военно-редакционном совете, а также становится председателем Главной военно-научной редакции. С 1924 гона он профессор и старший руководитель Военно-воздушной академии имени Жуковского, Наконец, в 1927 году Снесарев создает в Москве Институт востоковедения и становится первым его руководителем. Интересная деталь – с 1926 года Снесарев по воспоминаниям его дочери, доцента МГУ Е. А. Снесаревой, в частном порядке вел индивидуальные военно-теоретические занятия с С. М. Буденным по просьбе последнего, причем первый раз посетил Буденного вместе с А. А. Брусиловым. Заметим, что с Семеном Михайловичем Снесарев был знаком еще по Царицыну.
На опалу это ничуть не похоже: крупный ученый получает возможность заниматься любимым делом – исследованием Центральной Азии – и в полной мере раскрыть свои таланты. Трудно представить себе больший простор для ученого: он везде, он занимается всем, под его шагами буквально прогибается мир. Не удивительно, что в 1928 году – уже после поражения во внутриполитической борьбе когда-то покровительствовавшего ему Троцкого и усиления позиций Сталина – Снесарев удостаивается только что учрежденного звания «Герой Труда».
Но вскоре все обрывается. 27 января 1930 года Снесарева арестовывают по обвинению в участии в контрреволюционной монархической организации «Русский национальный союз». Позднее это дело было слито с делом «Весна» – о заговоре «старых офицеров» в Красной армии. Уже в тюрьме он рассказывал своему сокамернику, преподавателю Военно-морской академии капитану В. И. Белли (тому самому, что когда-то командовал эсминцем «Капитан Белли», будущему контр-адмиралу и профессору) что ему вменялись в вину «Георгиевские вечера» – собрания георгиевских кавалеров, проводившиеся у него каждый год в день Святого Георгия (26 ноября по старому стилю). По документам ГПУ, такие вечера у Снесарева проводились с 1924 года. Однако Тинченко добавляет сюда еще одну деталь: когда бывший генерал-лейтенант Д. Н. Надежный пришел на вечер с орденом Красного Знамени, другой бывший генерал, А. В. Новиков при всех упрекнул его, заявив, что это «знак Сатаны». Надежный смутился, свинтил орден и сунул его в карман.
Вот как описывал эти вечера бывший полковник, участник корниловского мятежа, а затем руководитель воздушных сил Красной армии В. Н. Гатовский:
«Каждый раз перед чаем на стол подавался крендель, иногда с изображением георгиевского креста. Все перечисленные участники вечеров обычно приходили с георгиевскими крестами на груди в штатской одежде, а если кто и в военной форме, то без знаков отличий. Надежный Дмитрий Николаевич, имевший орден Красного знамени, приходил также с крестом, но без ордена. Вечера носили форму салонных разговоров, политики совершенно не касались. Помню, что Надежный иногда рассказывал о своих боевых подвигах во время империалистической войны. Во время вечеров кресты оставались на груди и в таком же виде, мы расходились. Устройство вечеров происходило на средства Снесарева. В 1927 году последний раз был устроен такой же вечер 26 ноября по старому стилю на квартире Голубинцева. Были те же лица, за исключением Новикова. Вечер сопровождался в такой же обстановке, участники приходили с крестами. Вечер у Голубинцева был устроен в складчину. Помню, что лично я уплатил 5 рублей».
Трудно сказать, о чем говорили на таких и подобных им собраниях бывшие царские офицеры, а главное – что из этого говорилось всерьез. Даже из внимательного чтения исследования Ярослава Тинченко «Голгофа русского офицерства» возникает впечатление, что если не заговор, то антисоветские разговоры и планы в этой среде все-таки имели место – несмотря на то, что автор пытается доказать совершенно обратное.
Также известно, что Снесарев вместе с В. Н. Гатовским после смерти А. А. Брусилова по просьбе его вдовы занимался «редактурой» мемуаров бывшего генерала