Итак, в 1247 году в возрождавшемся из пепелища городе появился правитель, которого Новгородская 4-я и Тверская летописи называют «князь великий Михайло Ярославич Московский». Это был брат Александра Невского, получивший за дерзость и отвагу прозвище Хоробрит. Опираясь на свои московские владения, Михаил Хоробрит умудрился захватить Владимирское княжество и некоторое время владел им. Пал Михаил Ярославич в 1248 году в одном из сражений с литовцами.
В 1261 году у Александра Невского родился сын Даниил, который в пятнадцать лет стал следующим московским князем (по традиции его называют первым).
В 1272 году в городе был восстановлен собор Спаса Преображения на Бору, существование которого молва связывает с возникновением самой Москвы. Во всяком случае, археологические раскопки свидетельствуют о том, что в XII веке на его месте находилось кладбище, а это предполагает существование храма.
1280-е годы отмечены и другим деянием молодого князя Даниила Александровича – распрей его со старшим братом Дмитрием Александровичем. Вместе с другим своим братом, Андреем, московский князь осадил Дмитрия в его стольном граде Переяславле-Залесском.
К княжеским междоусобицам добавилась другая беда – так называемая «Дюденева рать» (1293). Это был набег на Москву татарского царевича Дюденя. Обманом («обольстиша») татары взяли Москву и разорили её вместе с волостями и сёлами. Случилось это через 56 лет после уничтожения города ордами Батыя. Но на этот раз нашествие не было столь бедственным и смертоносным, Москва довольно быстро оправилась от него.
Храм Спаса на Бору. Больше шести столетий (1272–1933) за постройками, место которых занимает теперь Большой Кремлёвский дворец, находился храм Спаса на Бору. Возникновение его легенда связывает с отшельником Букалом, который некогда совершал свой душеспасительный обет среди густых зарослей лиственничного и соснового бора, занимавшего междуречье Москвы-реки и Неглинной. Когда здесь появились первые постройки, на месте хижины давно умершего отшельника собрали из крепких дубовых брёвен церквушку.
Во время нашествия Батыя церквушка (как и весь город) была предана огню. Восстановили её спустя 36 лет, когда город был ещё уделом Владимирского княжества. Александр Невский завещал его своему младшему сыну, который стал первым московским князем. Он и учредил при храме Спаса иноческую обитель.
При Иване Калите вместо деревянного храма был поставлен каменный. 10 мая 1330 года митрополит Феогност освятил его. По желанию князя в храм Спаса Преображения перевели братию Данилова монастыря, объединив обе обители под началом первого московского архимандрита Иоанна.
Новый каменный храм Спаса Преображения был небольшим и приземистым, с барабаном под шлемовидной главой. Убранство его отличалось монастырской скромностью. В 1350 году повелением князя Симеона Гордого в западной части храма соорудили притвор, а с северо-западной – придел. В дальнейшем из-за частых пожаров храм Спаса неоднократно обновляли.
Первый архимандрит Спасособорского монастыря Иоанн был «муж сановитый словесный и любомудрый». По его почину в обители была собрана большая библиотека. Под своды монастыря приходили смиренные и послушные иноки, искусные в богословии. Иоанн твёрдо следовал строгим канонам монастырского устава и был добрым пастырем своей братии. Спасская обитель во многом способствовала развитию богословских наук. Просветительскую славу она делила с Крутицким и Чудовым монастырями Москвы.
На рубеже XIII–XIV столетий Спасособорский монастырь стал средоточием влиятельного духовенства. Многие его настоятели были духовниками московских князей. Особенно заметна в этом плане судьба коломенского священника Михаила, покорившего великого князя Дмитрия Ивановича всесторонними знаниями, исключительной памятью и истовостью проповеди слова Божьего. Уступая настояниям великого князя, отец Михаил принял в Спасособорском монастыре иноческое имя Митяя и в тот же день был избран братией архимандритом этой обители, Дмитрий Иванович видел в нём преемника митрополита Алексия.
В 1382 году Москва подверглась очередному разорению. Деревянные постройки обители сгорели, обгорел и храм Спаса. Татары убили архимандрита Симеона и многих иноков, другие сгорели в бушующем пламени. По указанию Дмитрия Донского обитель восстановили, и жизнь её постепенно вошла в привычное русло монашеского послушания. Долгое время Спасособорский монастырь был местом последнего уединения высоких особ. В нём приняли постриг и схиму Иван Калита, Симеон Гордый и многие члены княжеских семей. В 1452 году под сводами храма Спаса на Бopy (вопреки существовавшим правилам) совершилось бракосочетание Ивана Васильевича, сына Василия Тёмного, и тверской княжны Марии Борисовны.
Под сводами Спасского храма покоились тела многих князей. Среди них – убитого в Орде тверского князя Михаила Ярославича, Ивана Калиты и жены его Елены. В 1396 году под своды собора поместили саркофаг с останками епископа Стефана Пермского, который вошёл в историю как просветитель народов пермских лесов.