Приезд Вирхова в университет должен был насторожить некоторых его сослуживцев-преподавателей. Благодаря раскрытию фундаментальной основы тромбоза и эмболии, открытию сущности лейкемии и резким нападкам на всеми почитаемого Рокитанского Вирхов завоевал в академических кругах авторитет, каким не мог похвастаться никто из его новых коллег, а также репутацию человека, непреклонно отстаивающего свою точку зрения. Он самостоятельно изучил английский: вместе с французским, итальянским и голландским у него в распоряжении были пять языков, на которых было написано все сколько-нибудь важное в современной науке; достаточно хорошее знание греческого, латинского, иврита и арабского обеспечивало ему доступ к древним источникам медицинских знаний. Кроме того, еще до приезда профессора в Вюрцбург стало известно о его политических взглядах. Недаром министерство Баварии сопротивлялось назначению Вирхова, и только непрекращающийся натиск со стороны Сканцони и берлинских чиновников заставил их согласиться.
Но у них не было причин для волнений. Хотя, работая в Вюрцбурге, Вирхов продолжал свою общественную реформаторскую деятельность, он не был ни революционером, ни бунтарем-одиночкой. В Берлине он оказался слишком близок к полному уничтожению своей карьеры, поэтому на новом месте вел себя более чем осмотрительно. Вирхов осознал, что, если он хочет добиться прогрессивных преобразований в научных и социальных аспектах медицины, ему не следует идти по пути провокации. Он начал собственную трансформацию, позволив медицинской реформе погибнуть в безмолвии. Следующие семь лет он целиком посвятил науке.
Рудольф Вирхов был лишь одним из многочисленных потерпевших фиаско революционеров, боевой пыл которых остыл с окончательным провалом революции 1848 года. По всей Европе молодые идеалисты либо чувствовали разочарование, либо из соображений целесообразности погружались в работу, не имевшую отношения к политике. Двадцатилетний немец Фердинанд Кон, впоследствии ставший первым бактериологом, выразил свой пессимизм в отношении к либералам в записи дневника от 25 сентября 1849 года: «Германия мертва, Франция мертва, Италия мертва, Венгрия мертва, только холера и трибунал бессмертны. Я оставил этот недружелюбный мир, похоронив себя в своих книгах и исследованиях; общаясь с немногими людьми, много изучая, вдохновляясь только природой».
Время пребывания в Вюрцбурге стало самым продуктивным периодом жизни Вирхова. Он работал с небольшой группой талантливых исследователей, быстро доказав, что способен мирно сотрудничать с людьми, которых критиковал до того, как присоединился к их компании. Он руководил первой кафедрой патологической анатомии в Германии; большое количество студентов хотели учиться у него и у Кёлликера, который приехал в университет лишь на год раньше Вирхова. На самом деле, некоторые его биографы полагают, что если бы кроме целой галактики звезд, которых он обучил в то время, он не оставил никакого другого наследия, этого было бы достаточно, чтобы признать его одним из величайших преподавателей в истории медицины.
Ученики собирались вокруг профессора не просто так. Кроме того, что он был ученым высокого уровня, он занимался разработкой проектов, которые увлекали и восхищали молодых врачей, изучавших новую научную медицину. За неполные пять лет, прошедшие с того времени, когда Вирхов окончил университет, он внес значительные изменения в учебную программу, по крайней мере, в Вюрцбурге. То, чему он учил своих студентов, было новой эпохой медицины по сравнению с тем, что ему доводилось слышать в лекционных залах института Фридриха-Вильгельма. В круг его интересов входило изучение воспалительных процессов, рака, туберкулеза, брюшного тифа, кисты печени, заболеваний почек, холеры, кретинизма, амилоидоза, а также исследование анатомии кожи, ногтей, костей, хрящей и соединительной ткани. Вместе с другими учеными он опубликовал шеститомный «Справочник по специальной патологии и терапии», а также принимал участие в работе над руководством по общей патологии. В 1851 году он и двое его коллег начали выпускать «Ежегодник достижений и прогресса в медицине», который продолжал редактировать до самой смерти, к тому времени уже давно известный как «Ежегодник Вирхова».
Именно во время работы в Вюрцбургском университете Вирхов разработал ряд педагогических методик, которые будет использовать на протяжении всей своей преподавательской карьеры. Самой запоминающейся среди них была так называемая настольная железная дорога, которая представляла собой движущуюся дорожку, перемещавшую демонстрационные микроскопы от одного студента к другому, с тем чтобы каждый из них мог просмотреть слайды, подготовленные их учителем. Грохот установленных на транспортную систему инструментов во время их путешествия по аудитории часто сопровождался указанием Вирхова: «Учитесь видеть самые мелкие детали».