Хотя основной специализацией Морганьи была анатомия, совершить главное открытие своей жизни ему помогло убеждение, что прежде всего он является врачом, первостепенная обязанность которого – лечить больных. Анатомия служила ему лучшим инструментом в стремлении проникнуть в тайны болезни, и позволила стать хорошим специалистом. Он занимался медицинской практикой на протяжении всей своей долгой карьеры, при этом постоянно консультируя коллег из многих европейских стран. Свои рекомендации он часто оформлял в виде писем, поскольку пациенты находились вдали от своего лечащего врача. Сотня историй болезни, которую он передал своему ученику Микеле Жирарди незадолго до смерти в 1771 году, была издана и переведена на английский язык Саулом Ярхо, писавшим: «Хотя мы имеем основания полагать, что он рассматривал анатомические исследования в качестве средства, а не конечной цели своих научных изысканий, именно они оказались самым важным источником его клинических возможностей». Изучив письма Морганьи, Ярхо оценивал его способности лечащего врача следующим образом: «Читая некоторые его консультации, можно как наяву увидеть великого врача у постели больного. Каждый описанный им случай представляет собой образец наивысших достижений академической медицины восемнадцатого века».
В историю медицины Морганьи вошел не столько как ученый, сколько как талантливый врач-клиницист. Его главной целью было излечение больного, и именно достижения на этом поприще оказывали решающее влияние на его профессиональную самооценку. Глубокий интерес к клинической медицине и постоянные эксперименты в области физиологии привели его к поиску разумных, подтверждаемых фактами объяснений проявлений болезни с целью классификации и описания каждого патологического процесса как отдельного элемента заболевания.
Преемники научного наследия Морганьи, опираясь на принципы, изложенные ученым в De Sedibus et Causis Morborum per Anatomen Indagatis, сформулировали основополагающие принципы всей современной клинической медицины. В 1894 году Рудольф Вирхов, благодаря блестящему таланту которого патологическая анатомия достигла наивысшего развития, отмечал, что только после появления De Sedibus медицина приобрела свое истинное значение. Говоря о влиянии Морганьи на методы научных исследований и преподавания медицины в девятнадцатом веке, он подчеркивал: «Зерна, посеянные Морганьи, дали богатые всходы в Лондоне и в Париже, в Вене и в Берлине. Поэтому мы можем сказать, что благодаря его работе догматизм старых школ был полностью разрушен, и именно Морганьи положил начало новой медицине». Исследователи девятнадцатого века, составляя свои программы, руководствовались ориентирами, намеченными кропотливыми наблюдениями и методами профессора анатомии в Падуе.
Невозможно переоценить масштаб заслуг Морганьи. В 1874 году, спустя столетие после публикации De Sedibus, У. T. Гайрднер, президент общества клинической патологии в Глазго, выступая перед ведущими представителями шотландской медицины, сказал:
Несмотря на то, что выдающиеся современные ученые опираются на последние достижения физиологии, гистологической [микроскопической] анатомии и органической химии, а также имеют возможность применять в своих исследованиях новейшие средства и приборы… все они являются последователями и полноправными наследниками трудов и методологии Морганьи… Ибо именно его методы и его образ мыслей составляют сущность отличия современного врача или хирурга… от человека, которого изобразил Мольер в знаменитой эпатажной карикатуре… Я утверждаю, что не только редкие признанные патологоанатомы, но также – и, пожалуй, в еще большей степени – почти все выдающиеся врачи и хирурги нашего и предыдущего столетий являются законными преемниками Морганьи и наследниками его научного метода… Диагностика была проведена точно, а статистические выводы представляют собой, возможно, просто результат буквального применения многими разнообразными умами принципов, которые в значительной степени ведут свое происхождение от трудов Морганьи.