Закончив обычное для того времени начальное образование, пятнадцатилетний Андреас переехал из Брюсселя в Левен, чтобы учиться там в университете. Сегодня молодой человек пятнадцати лет может показаться слишком юным, но тогда именно в этом возрасте начинали занятия в колледже. Курс обучения в Левене позволял получить степень магистра искусств, эквивалентную современной степени бакалавра и необходимую для поступления в аспирантуру. Большая часть учебной программы посвящалась изучению латинского и греческого языков, а также философии и риторики. С самых ранних лет, будучи еще под опекой матери, и на протяжении всей жизни Везалий был очарован классической культурой. (Возможно, именно в Левене он получил начальные знания иврита.) Ко времени окончания курса в университете восемнадцатилетний стипендиат решил продолжить семейную традицию, начав карьеру в медицине. Поскольку в Левене не было хорошей медицинской школы, в августе 1533 года он отправился в Париж.
В отличие от итальянских, парижские университеты были средоточием самой консервативной медицинской доктрины и косных методов обучения. Как кандидат на получение степени бакалавра медицины, Андреас провел первый год, изучая трактаты Гиппократа и работы Галена в компиляции Павла Эгинского и некоторых арабских переводчиков. Второй год был полностью посвящен анатомии Галена, которую преподавали стандартным способом «под руководством» профессора, монотонным, наводящим дремоту голосом читающего латинские тексты. В курсе анатомии, который читал Жак Дюбуа, или, как его иначе называли – Якоб Сильвия, было много неточностей, так как профессор проводил вскрытие собак для иллюстрации фактов, установленных Галеном. В последующие годы Везалий напишет, что он практически ничего не узнал из анатомии человека за годы обучения в Париже. По его словам: «За исключением восьми мышц живота, безжалостно искромсанных и в неправильном порядке, никто… никогда не показал мне ни единой мышцы или какой-нибудь кости, не говоря уже о сети нервов, вен и артерий».
Но юный мятежник не хотел ни тратить свое время, ни хоронить свои таланты. Он был настолько нетерпелив и импульсивен, что не стал скрывать свой опыт в области вскрытий. Поддавшись на уговоры своих товарищей-студентов, уже на третьем по счету вскрытии он взял нож цирюльника-хирурга и выполнил более искусную диссекцию, чем любой из его молодых коллег и даже профессоров могли наблюдать когда-либо. Его опыт самоучки не остался незамеченным. Когда один из его учителей Гюнтер Андернах готовил компиляцию небольшого неопубликованного анатомического трактата Галена, он обратился за помощью к своему, очевидно, самому одаренному студенту. В публикации, которая вышла в результате их общих усилий, Гюнтер описал своего ассистента как «молодое дарование с замечательным знанием медицины, греческого и латинского языков и весьма умелого в искусстве вскрытия». Везалий был не из тех, кто поет дифирамбы недостойным или преуменьшает свои заслуги; он с меньшим пиететом отнесся к своему наставнику, написав несколько лет спустя:
Я глубоко его почитаю и в своих сочинениях всегда называю учителем; но я бы хотел, чтоб мне досталось столько же ударов в жизни, сколько он произвел разрезов на телах людей и животных, за исключением тех, что были сделаны за обеденным столом. И я не думаю, что он обидится, если я скажу, что он, как никто другой, обязан мне за свои знания в анатомии, не считая тех, что есть в книгах Галена, которые являются общим достоянием.
Везалия не удовлетворял скудный материал, доступный для него в тех редких случаях, когда он мог вскрывать человеческие трупы. Он собирал кости из старых разрушенных могил на парижском Кладбище Невинных и вместе с несколькими однокурсниками совершал серии поисковых экспедиций на могильный курган в Монфоконе. Эта мрачная насыпь – невысокий холм – за северной стеной города, где находилась, говоря словами одного писателя, «лучшая виселица королевства». Там был построен большой склеп, украшенный шестнадцатью каменными колоннами более девяти метров в высоту, соединенными деревянными балками. Трупы преступников, казненных в разных частях Парижа, свозили в это место и подвешивали на балках, где они болтались до тех пор, пока не разлагались настолько, что их убирали в хранилище. Это было не очень приятное место. Современная бродячая собака – симпатичный песик по сравнению со свирепыми клыкастыми мародерами, слоняющимися по кургану, и студентам часто приходилось вступать в опасные состязания с ними и вездесущими воронами за остатки разлагающейся селезенки или небольшой части почки.
В отношении этих событий Зилбург также не мог не высказаться. Обсуждая участие Везалия в этих жутковатых приключениях и подчеркивая его лидерство, биограф ученого находит в них признаки того, что он был «пленником своих некрофильных и копрофильных наклонностей» и вообще был молчаливым, меланхоличным, непредсказуемым, угрюмым, душевно больным человеком».