15 ноября 1937 года ВКВС осудила к расстрелу за участие в антисоветской троцкистской террористической организации начальника Финансового управления НКВТ М.В.БАРЫШНИКОВА. В тот же день Тройка УНКВД Ленинградской области за участие в антисоветской организации приговаривает к высшей мере наказания группового капитана Мурманского управления Севморпути С.И.ГАДИЛЛО; а в тысячах километров от Ленинграда Тройкой УНКВД Омской области приговорены к расстрелу моторист Салехардского затона Севморпути И.В.КОРОЛЬКОВ и счетовод Салехардской торговой конторы ГУСМП Н.В.СУББОТИН. 17 ноября Тройка УНКВД ДВК приговаривает к высшей мере за «шпионскую деятельность» управляющую делами Управления по организации тихоокеанской воздушной линии ГУСМП М.А.ЗАЗОВСКУЮ. 19 ноября Тройкой УНКВД Красноярского края за контрреволюционную деятельность приговорён к десяти годам лагерей исполнявший обязанности начальника службы пути Енисейского пароходства М.Г.ЗАХАРОВ и к расстрелу – ответственный исполнитель по паспортизации судов Красноярского управления ГУСМП В.Е.ИВАЧЁВ. 21 ноября Тройка УНКВД Омской области выносит решение о расстреле за контрреволюционную деятельность трёх сотрудников гидрографического отдела Омского управления ГУСМП: метеоролога Б.В.КОЛОБАКИНА (КОМОБОКИНА) и гидрографов В.Н.КОСТЕРКИНА и Н.Н.ГАКЕНА (см. выше), последнему вменено в вину то, что его контрреволюционная деятельность проявилась в участии в «офицерско-повстанческой организации». 22 ноября Комиссия НКВД и Прокурора СССР приговорила к расстрелу за измену родине и диверсии помощника капитана ледокола «Силач» Балтийского пароходства Г.Р.ГРЕВЕ. 24 ноября к семи годам лагерей Водно-транспортным судом в Мурманске за АСА приговорён кочегар парохода «Поморье» Н.К.ФАЛЕЕВ. 26 ноября Верховный Суд ЯАССР за участие во вредительской контрреволюционной организации осудил на двадцать лет заключения начальника затона «Хатыстах» Якутского территориального управления ГУСМП С.Ф.ЯРУШИНА, но в феврале 1939 года дело пересмотрено Верховным Судом РСФСР, вместо участия в ВКРО ему вменяются лишь «сношения с иностранным государством» и срок заключения сокращается до трёх лет. А.И.КОВАЛЁВ, плановик-экономист графитовой фабрики ГУСМП в Красноярске, за один месяц был приговорён к смертной казни дважды – 26 ноября Тройкой УНКВД по Красноярскому краю и 14 декабря – ОСО НКВД: чекистские чиновники умудрились включить его в два расстрельных списка. 27 ноября Тройка УНКВД Красноярского края приговаривает к десяти годам лагерей за АСА начальника группы торговой конторы территориального Управления ГУСМП Г.В.АЛЬХИМОВИЧА и сотрудника Управления А.Г.БУЛАНОВА (должность и обвинение в источнике не приводятся). В конце ноября наказаны члены обнаруженной в совхозе ГУСМП «Полярный» в Игарке контрреволюционной повстанческой организации трудпереселенцев и спецпоселенцев: 27 ноября та же Тройка УНКВД Красноярского края приговаривает к расстрелу заведующего хозяйством совхоза Т.В.ДОЛГОВА и заместителя главного бухгалтера В.Н.ЗАХВАТКИНА. 28 ноября ВКВС выносит смертный приговор сотруднику ГУСМП, бывшему красному партизану и партийному работнику, своими действиями спровоцировавшего восстание хантыйских охотников и оленеводов в 1931 году Ф.Я.БАБКИНУ. 30 ноября тройка УНКВД Красноярского края приговаривает за АСА к десяти годам лагерей заместителя главного бухгалтера Рыбной конторы ГУСМП в той же Игарке С.В.ГЛУЩЕНКО.
Конец 1937-го – первая половина 1938 года – время резкого возрастания репрессий. Для ГУСМП и смежных организаций это усугублялось тем, что к началу зимы 1937-го года явно обозначился провал прошедшей арктической навигации. Сложные условия навигации и ее действительно плохая организационная и хозяйственная подготовка были усугублены тем, что лучшие ледоколы и почти вся авиация были брошены на поиски пропавшего экипажа С.А.Леваневского. Тщеславный любимец Сталина, он добился разрешения на амбициозный трансарктический перелёт, спешно и плохо подготовленный и трагически закончившийся не только для него, но и для десятков, если не сотен, полярников. Однако свою роль в провале навигации сыграла и деятельность «органов». В конце 1936 – январе-мае 1937 года, когда ГУСМП был занят работой по планированию и подготовке предстоящей навигации, и в июне-сентябре 1937 года, когда что-то можно было ещё исправить, было заметно «прорежено» руководство Управления и других работавших в Арктике организаций: арестованы И.А.Ландин (15 марта), М.Ф.Зяблов (5 апреля), М.Э.Плисецкий (30 апреля), И.Я.Резник (30 апреля), С.П.Нацериус (5 июля), И.Л.Баевский (7 августа), А.В.Воробьев и Д.И.Поляков (14 сентября), А.Н.Бобров (25 сентября), А.А.Стукатер (26 сентября) – все они были осуждены в январе 1938 года (см. ниже), при этом многим из них было предъявлено обвинение в срыве навигации, на языке чекистов – «вредительстве». В Мурманске в конце 1936 – начале 1937 года арестами была почти полностью разрушена система снабжения территориального управления ГУСМП и некоторых производственных арктических организаций.