Наиболее характерная реакция «органов» на провал навигации 1937 года видна в так называемом «деле гидрографов». С осени 1937 года в Гидрографическом управлении ГУСМП в Ленинграде начались увольнения и аресты. Последним, уже в мае 1938 года, был арестован вернувшийся с «зимовки трех кораблей» («Садко», «Малыгин», «Г.Седов») заместитель начальника управления Н.И.ЕВГЕНОВ. Всего же по «делу гидрографов» было арестовано 12 человек, в том числе начальник управления П.В.ОРЛОВСКИЙ, известные полярные гидрографы «челюскинец» П.К.ХМЫЗНИКОВ, Е.С.ГЕРНЕТ, «красинец» Ю.К.ПЕТРОВ. Их обвинили в измене родине и создании контрреволюционной диверсионно-террористической организации. Дело готовилось к передаче в Военную Коллегию, что, конечно, гарантировало смертный приговор. Однако чекистское рвение со сменой наркомов (Ежова сменил Берия) немного и ненадолго убавилось, в августе 1939 года дело рассматривал Военный трибунал Ленинградского военного округа и… направил его на доследование. Но дело затребовало Особое Совещание НКВД и без лишних разбирательств определило П.В.Орловскому и Н.И.Евгенову по восемь лет заключения, П.К.Хмызникову – пять, Е.С.Гернету и Ю.К.Петрову – по пять лет ссылки.
2-го декабря 1937 года ВКВС приговорён к расстрелу заместитель начальника «Арктикснаба» ГУСМП В.П.СТЕПАНОВ – за шпионаж и участие в КРТО. В тот же день Комиссией НКВД и Прокурора СССР был приговорён к расстрелу бывший начальник Мурманской конторы треста «Арктикуголь», переведённый в резерв ГУСМП Ф.П.КУЛАКОВИЧ – за измену родине и шпионаж. 3 декабря Особым совещанием НКВД приговорён к пяти годам заключения арестованный менее месяца назад начальник Чаунской геолого-поисковой экспедиции геолог-геохимик Н.И.САФРОНОВ. 3-го же декабря Комиссия («Двойка») приговаривает к высшей мере наказания директора Полярного института научного рыболовства и океанографии (того самого ПИНРО, что громили четыре года назад) Г.И.ХЛЫНОВСКОГО, его заместителя по науке и парторга института М.П.ОСАДЧИХ и лаборантку Р.С.КОРОБКИНУ. «Букет» обвинений им превосходит все разумные пределы: измена родине, вредительство, диверсии, АСА, КРО. Те же обвинения предъявлены и включённому чекистами в эту организацию бывшему учёному секретарю бюро технической экспертизы Главного управления рыбной и морской зверобойной промышленности П.И.НЕЗНАХИНУ. В тот же день по тем же обвинениям приговорён к расстрелу капитан парохода «Комсомолец Арктики» Г.Н.СЕМИКОЗ. 3-го же декабря Тройка УНКВД ДВК во Владивостоке выносит смертные приговоры «антисоветскому агитатору» Ф.Н.ТРОИЦКОМУ – юрисконсульту Дальневосточного управления ГУСМП и за контрреволюционную деятельность – С.Н.САХАРОВУ – старшему бухгалтеру рыбоконсервного завода в посёлке Чукоттреста ГУСМП. На следующий день, 4 декабря, по тем же обвинениям, что и её начальники днем раньше, была приговорена к десяти годам заключения научный сотрудник ПИНРО М.З.МАЛЬТ. 6 декабря Тройка УНКВД Красноярского края определяет десять лет лагерей за участие в контрреволюционной организации заведующему перевалочной базой треста «Севполярлес» в поселке Новосёлове на Енисее А.П.ИОРДАНСКОМУ, а 8 декабря то же наказание за контрреволюционную агитацию было определено бухгалтеру конторы «Севполярлеса» в Енисейске Д.М.КОНДРУКУ. 9 декабря Тройка УНКВД Дальневосточного края выносит приговоры сразу двум старшим бухгалтерам Дальневосточного управления ГУСМП, оба осуждены на десять лет ИТЛ, В.Н.ЖУРАВЛЕВ – за контрреволюционную агитацию, В.Г.КУЗИЧКИН – за контрреволюционную же, но – деятельность. Тем же решением осуждены к тем же десяти годам ИТЛ старший помощник капитана парохода «Лок Батан» Дальневосточного пароходства И.В.ЛУКАШЕВИЧ – за АСА (18 апреля 1940 года УНКВД Приморского края дело прекратит и Лукашевич будет освобожден) и 2-й помощник капитана парохода «Лозовский» Г.Т.СТЕПАНОВ – за измену родине (27 января 1940 года то же УНКВД ПК дело прекратит и Степанов выйдет на свободу), матрос парохода «Ненец» АКОфлота С.И.БУЗЫРИХИН приговорен к расстрелу за шпионаж. 11 декабря Комиссией НКВД и Прокурора СССР вынесены смертные приговоры за участие в шпионской контрреволюционной организации капитану парохода «Северный» Енисейского пароходства А.П.ВАРНИКОВУ и механику того же парохода А.Е.КАЗАНЦЕВУ. 14 декабря Военный трибунал Тихоокеанского бассейна вынес приговор старшему помощнику капитана известного своими арктическими рейсами парохода «Анадырь» А.В.КОСИЦИНУ – десять лет ИТЛ за антисоветскую агитацию (в марте 1944 года Косицин умер в Колымских лагерях).