Теперь Каганович добивался укрепления идеологического контроля Москвы над Украиной. Главной жертвой развязанной им охоты на ведьм стал поэт-неоклассик Максим Рыльский, до ноября 1946 года — председатель Союза писателей УССР. Осенью 1947 года пресса разбранила его за украинский национализм. Хотя Сталин вскоре отозвал Кагановича в Москву и Хрущев снова возглавил КП(б)У, нападки на деятелей украинской культуры не прекратились. Травля писателей и художников за “безыдейность”, “буржуазный индивидуализм”, “низкопоклонство перед Западом” развернулась тогда по всему Советскому Союзу. Руководил ею Андрей Жданов, один из главных блюстителей идеологической чистоты. В число жертв кампанейщины попали русский сатирик Михаил Зощенко и украинский Остап Вишня. Авторам было позволено выводить только один конфликт — между хорошим и лучшим. Сатирики попросту лишились работы. Начав с писателей, партийные руководители продолжили искать крамолу среди музыкантов и ученых-историков. На Украине охота на “буржуазных националистов” достигла пика в 1951 году, когда в “Правде” раскритиковали знаменитого поэта Владимира Сосюру за патриотические стихи “Люби Украину”, изданные еще в конце войны. То, что годилось для мобилизации патриотов родного края на борьбу против иностранных оккупантов, стало национализмом теперь, когда Кремль жестко закручивал гайки на территории, что была под оккупацией.
Великая Отечественная война — так окрестили в СССР советско-германскую войну 1941–1945 годов — обеспечила дополнительную легитимность режиму, который выстоял перед вторжением Третьего рейха и отбросил врага. Но война изменила политический ландшафт Союза, дала простым людям такую самостоятельность, какой у них не было со времен Гражданской войны. Москве было нелегко внедрить заново идеологическое единообразие и привести всех к покорности, как до войны, — особенно в такой республике, как Украина. Вооруженная борьба националистов на западе Украины продлилась до середины 1950-х годов. Галичина и Волынь (также Буковина и Закарпатье) оставались много лет фактически на военном положении, а власти не могли проводить там ту же политику, что в других частях УССР.
Украинская повстанческая армия не позволяла новой власти прочно утвердиться в западноукраинской глубинке еще в начале 1950-х годов — когда остальные антисоветские партизаны в Восточной Европе давно уже сложили оружие. Приблизительно в 1947 году командование УПА изменило подход к ведению войны: крупные соединения разбили на отряды численностью не более полусотни, затем на еще меньшие — до десяти человек. Прямых столкновений с мощной армией противника теперь избегали, сохраняя людей для третьей мировой. Противостояние СССР и Запада, казалось, должно было со дня на день перейти в открытую фазу. Но даже мелкие группы боевиков не давали режиму покоя: атаковали партийных и государственных чиновников, срывали коллективизацию села и советизацию населения через школу. Кремль ответил волной репрессий, в том числе высылкой в Сибирь сотен тысяч украинцев, заподозренных в сочувствии подполью.
Только весной 1950 года сотрудники МГБ смогли выследить и убить Романа Шухевича, главнокомандующего УПА. Его сменил Василь Кук, но за несколько лет организованное сопротивление было в общем подавлено. Отдельные группы, которым удавалось уйти от преследования, теряли контакты друг с другом. Кое-кто пробрался на Запад через Польшу или Чехословакию и пристал к националистической эмиграции в ФРГ, где первую скрипку играл Степан Бандера. В 1951 году США и Великобритания стали забрасывать (точнее, сбрасывать на парашютах) членов бандеровской ОУН и других организаций на Украину, используя их как разведчиков. После этого Москва усилила охоту на вождей украинской эмиграции в Западной Германии. Осенью 1959 года агент КГБ Богдан Сташинский убил Бандеру, прыснув ему в лицо цианистым калием из особого пистолета. В 1961 году киллер перебежал на Запад и сознался в убийстве Бандеры и Льва Ребета, еще одного политэмигранта. Его показания в суде ФРГ развеяли какие бы то ни было сомнения: в обоих случаях приказ отдавали высшие руководители Советского Союза.
Украинский национализм, истинный либо мнимый, не был единственным объектом нападок правительственной пропаганды и операций МГБ в эпоху позднего сталинизма. В конце 1940-х годов на роль заклятых врагов назначили и советских евреев. Конечно же, немало их погибло в ходе террора конца 1930-х, но теперь они страдали именно за происхождение. К такой перемене привели начало холодной войны и появление Израиля на карте мира. Диктатор заподозрил подданных-евреев в лояльности к новому государству, посчитал их потенциальными сторонниками Запада внутри страны.