Триумф России знаменовал новую эру в отношениях киевского духовенства и государственной власти. Осенью 1708 года Петр вынудил киевского митрополита отлучить Мазепу от церкви и предать анафеме как изменника. После Полтавской битвы Феофан Прокопович, ректор Киевской академии, который не так давно сравнивал гетмана с князем Владимиром, в присутствии царя произнес многословную филиппику против бывшего благодетеля. Гетман назвал бы иерарха предателем, зато царь услышал клятву верности. Вскоре Прокопович станет главным идеологом петровских реформ, благословит укрепление абсолютной монархии и обоснует право царя назначать наследником кого угодно, а не только первенца. Петр замучил в тюрьме старшего сына — непокорного Алексея, не предвидя, что вскоре умрет и младший (Петр, от будущей Екатерины I). Феофан, уже епископ, был главным автором “Духовного регламента”, которым оправдывал упразднение патриаршества и замену его Священным Синодом, где фактическая власть принадлежала светскому обер-прокурору. Ему же пришло на ум назвать Петра отцом отечества — этот древнеримский эпитет в России внедрили именно киевские духовные лица, те самые, что немного раньше славили таким образом Ивана Мазепу.
Блестящая карьера Феофана Прокоповича служит иллюстрацией типичного для той эпохи привлечения в духовное ведомство империи выпускников Киевской академии, с культурной точки зрения — полуевропейцев. Петр I нуждался в них для обновления российской церкви, вестернизации общества в целом. Десятки, а затем и сотни православных иерархов уехали в Центральную Россию и заняли там высокие должности — от местоблюстителя патриаршего престола до епископов и полковых священников. Митрополита Димитрия Ростовского (в миру Данило Туптало, еще один киевлянин) даже канонизировали за его борьбу против старообрядцев. Эти люди помогли царю не только приблизить Россию к Западу, но и начать ее преобразование в национальное государство. Они заложили фундамент идеи России-Отечества и трактовки русского народа как общерусской нации, в которой украинцам (малороссиянам) будет отведена роль одной из составных частей.
Если высшему духовенству политика царя по укреплению самодержавия и государственного аппарата открыла новые и весьма выгодные перспективы, то на казацкой старшине реформы Петра сказались очень тяжело. Переход Мазепы на сторону шведов усилил желание царя растворить Украину в общеимперских структурах. Над Иваном Скоропадским, новым гетманом, маячил царский резидент (посланник). Столицу из лежавшего в руинах Батурина перенесли еще ближе к Москве — в Глухов. На землях Войска Запорожского теперь постоянно располагались части российской армии. Арестам подверглись члены семей тех, кто последовал за Мазепой в изгнание, их имущество конфисковали. Победа России в Северной войне в 1721 году принесла новые невзгоды. На следующий год гетман умер, и царь использовал это, чтобы лишить Украину правителя вообще, поручив заведовать ею Малороссийской коллегии. Коллегию возглавил назначенный им сановник. Казаки протестовали, ссылаясь на свои права, и отправили в Петербург делегацию — без толку. Глава оппозиционного течения, полковник Павел Полуботок, был арестован и умер на берегах Невы, в камере Петропавловской крепости.
Мазепа поставил на карту и проиграл не только свою судьбу, но и будущее государства, ради которого пошел на риск. Никому не известно, что стало бы с Войском Запорожским, если бы Карла XII не ранили перед Полтавской битвой, а казаки массово поддержали Мазепу. Но мы знаем, о какой Украине мечтали в окружении гетмана, — благодаря документу под названием “Договоры и постановленья прав и вольностей войсковых” (в латинском варианте: