В Указе от 9 марта 2004 года говорилось о создании в составе правительства нового объединенного Министерства транспорта и связи РФ. Однако уже через несколько недель стало ясно, что такое объединение связи и транспорта под одной крышей ошибочно. Без больших споров было восстановлено прежнее Министерство связи РФ, а его руководство поручено Леониду Рейману, который уже занимал пост министра связи с 1999 года, а в 1994–1999 годах работал первым заместителем генерального директора АО «Петербургская телефонная сеть». Рейман — один из «питерцев», которые пришли в правительство вместе с В. Путиным. На пост министра транспорта РФ назначен новый в правительстве человек — профессиональный военный и одновременно крупный менеджер Игорь Левитин. Это офицер железнодорожных войск, который окончил в свое время не только училище военных железнодорожников, но и Высшую военную академию тыла и транспорта. И. Левитин работал в 1970–1990-е годы на многих железных дорогах, несколько лет был военным комендантом одного из участков на БАМе. В 1998–2004 годах он занимал пост заместителя генерального директора АО «Северстальтранс». Он специалист по военным и грузовым перевозкам, а также кандидат политических наук.
Пост министра финансов РФ сохранил Алексей Кудрин, который лишился при этом статуса вице-премьера. Алексея Кудрина считают не только членом команды Владимира Путина, но и одним из лидеров «питерских либералов». Он окончил еще в 1983 году экономический факультет ЛГУ, несколько позже — аспирантуру Института экономики АН. Он кандидат экономических наук. Еще в самом конце 1980-х годов А. Кудрин вошел в образованную А. Чубайсом группу разработчиков Ленинградской зоны свободного предпринимательства. Этот проект стал одним из наиболее любимых проектов Анатолия Собчака, но его удалось воплотить в жизнь лишь в очень малой части. В ленинградском правительстве, а потом и в мэрии Санкт-Петербурга А. Кудрин последовательно занимал посты в руководстве Комитета по управлению зоной свободного предпринимательства, Комитета по экономическому развитию и инвестициям, Финансового комитета, начальника Главного финансового управления мэрии, первого заместителя мэра города по экономике и финансам. Все эти годы главным авторитетом для Кудрина оставался даже не Анатолий Собчак, а Анатолий Чубайс, и Кудрин в 1990-е годы выказал себя одним из наиболее верных последователей либерализма по Чубайсу. Алексей Кудрин не преуспел в Санкт-Петербурге, так же как Чубайс не преуспел в Москве. После поражения на выборах А. Собчака Кудрин остался не у дел, и А. Чубайс, занимавший тогда пост руководителя Администрации президента, пригласил его в свой аппарат на пост начальника Главного контрольного управления Президента РФ. Когда А. Чубайса назначили в 1997 году министром финансов, А. Кудрин стал его первым заместителем. В сообществе российских экономистов мало кто считает А. Кудрина сильным экономистом. Финансовые проблемы он знает хорошо, но он скорее аппаратчик, чем экономист. Кудрин не продуцирует новых идей и концепций, это не лидер, а исполнитель. Он не проявил особых административных талантов. Финансовая ситуация в России в последние годы была очень хорошей, но не благодаря работе Министерства финансов. Нельзя не отметить, что, хотя статус А. Кудрина снизился, объем полномочий у него возрос. В состав Министерства финансов вошли не только Федеральная служба финансово-бюджетного надзора и Федеральная служба по финансовому мониторингу, а также Федеральное казначейство, но и Федеральная служба страхового надзора, а также Федеральная налоговая служба, которая составляла в прежнем составе кабинета отдельное и очень влиятельное министерство.
Пожалуй, в самом сложном и трудном положении в составе нового кабинета оказался Герман Греф. Он также утратил статус вице-премьера, хотя полномочия Министерства экономического развития и торговли РФ, которое возглавил Г. Греф, были расширены. В состав этого министерства вошли Федеральная служба государственной статистики и три федеральных агентства: по государственным резервам, по управлению федеральным имуществом и по кадастру и картографии. В подчинении у Г. Грефа оказалась и Федеральная таможенная служба. При этом вместо семнадцати прежних заместителей министра Грефу оставили только двух. Некоторые из его прежних соратников все же сохранили место в структуре при более низком статусе, но некоторые ушли в другие структуры и в бизнес.