Профессиональный дипломат Сергей Приходько был назначен на пост помощника президента по проблемам международных отношений. Он работал на этом посту и в 2000–2003 годах. Многие считали почему-то, что на второй срок В. Путин возьмет себе в помощники другого дипломата. Но Путин вновь назначил Сергея Приходько своим помощником по вопросам внешней политики. Он остается влиятельной фигурой, однако сообщения некоторых газет о том, что именно С. Приходько является основной фигурой, формирующей российскую внешнюю политику, и что роль МИДа в этом деле сводится только к исполнению решений, явно преувеличивают роль аппаратных структур Кремля. Формирует и направляет внешнюю политику России ее президент, используя справки, полученные и из МИДа, и из управления, которым руководит на Старой площади С. Приходько. В делах внешней политики Сергея Приходько дополняет на европейском направлении и такой известный дипломат, юрист и руководитель информационных служб, как Сергей Ястржембский.
30 марта 2004 года В. Путин назначил С. Ястржембского не только своим помощником в новой администрации, но и специальным представителем по вопросам развития отношений с Евросоюзом. Еще недавно этот пост занимал Михаил Фрадков. Остался помощником президента и Игорь Шувалов — опытный чиновник, занимавший в 1980–1990-е годы многие посты в разных отраслях бизнеса и управления. Начальником Контрольного управления в администрации в ранге помощника президента назначен уже после инаугурации Александр Беглов, бывший вице-губернатор Санкт-Петербурга. Считается, что этот управленец исполняет функцию некоей внутрикремлевской спецслужбы. Владимир Путин сам занимал эту должность в 1997–1998 годах и подбирал кандидатуру на нее до конца мая 2004 года.
В качестве отдельного подразделения Администрации функционирует Управление делами президента, или УДП, которое подчиняется непосредственно Владимиру Путину. По положению УДП осуществляет «материально-техническое, транспортное, социально-бытовое и медицинское обслуживание» Администрации президента, правительства, парламента и высших судов. Соответствующие управления и группы в министерствах подчинены УДП. Еще в январе 2000 года В. Путин назначил начальником УДП Владимира Кожина, инженера-электротехника по специальности и своего давнего соратника по работе в питерской мэрии. В. Кожин был очень активен и в управлении огромным имуществом «кремлевского сектора», и в коммерческой деятельности — с целью самофинансирования и хозрасчета. Во времена Ельцина значительная часть имущества УДП подверглась разграблению, а около тысячи гектаров «президентских» земель в Одинцовском районе Московской области вдоль Рублево-Успенского шоссе были незаконно проданы частным компаниям под коттеджное строительство.
Отдельной структурой, примыкающей к Администрации президента, является и Совет безопасности Российской Федерации, статус которого, согласно Конституции РФ, «определяется федеральным законом». Влияние Совета безопасности во многом зависит от влияния того лица, которое занимает пост секретаря Совета безопасности, так как председателем этого совета является сам президент. В 2001–2003 годах во главе Совета безопасности стоял такой известный деятель из окружения Бориса Ельцина, как Владимир Рушайло. В конце марта 2004 года Рушайло был перемещен на пост исполнительного секретаря СНГ, а секретарем Совета безопасности стал недавний министр иностранных дел Игорь Иванов. «Я вас всех поздравляю с этим назначением», — сказал Владимир Путин, представляя аппарату Совета безопасности нового начальника.
Из числа полпредов президента в федеральных округах не был утвержден в прежней должности генерал-полковник Виктор Казанцев, отличившийся во время второй чеченской войны, но оказавшийся малопригодным на посту руководителя Южного федерального округа. Его место ненадолго занял Владимир Яковлев, бывший губернатор Санкт-Петербурга, а потом и вице-премьер по проблемам ЖКХ. Никакой другой должности В. Казанцеву предложено не было. Летом 2004 года, проводя перестановки в силовых структурах, Владимир Путин освободил Анатолия Квашнина от должности начальника Генерального штаба, но назначил его полпредом Сибирского федерального округа — на место Леонида Драчевского. Сохранили свои посты Сергей Кириенко (Приволжский ФО), Илья Клебанов (Северо-Западный ФО), Петр Латышев (Уральский ФО), Георгий Полтавченко (Центральный ФО), а также Константин Пуликовский (Дальневосточный ФО). Все эти назначения и перемещения показывали, что Владимир Путин очень дорожит как эффективностью, так и стабильностью своего аппарата. Способный, добросовестный и порядочный чиновник высшего ранга всегда может рассчитывать на поддержку президента и на то, что его работа будет замечена. Малоспособным, а тем более коррумпированным людям, которых так много пришло во власть в 1990-е годы, следует держаться подальше от президентских структур власти.
Вторая инаугурация президента В. В. Путина прошла 7 мая 2004 года по тому же точно сценарию, что и первая.